Jo syksyllä 1526 lähti Hubmeier Augsburgista Mähriin "paljo kansaa mukanaan", ja hänet otti Nikolsburgissa vierasvaraisesti vastaan Leonard von Lichtenstein, joka kastatti itsensä. Seurakunta järjestettiin ja — mikä on varsin kuvaavaa — heti perustettiin kirjapaino, jossa Hubmeierin kirjotukset painettiin. Kirjanpainajana oli Simprecht Sorg Zürichistä.

Maine tästä uudesta "Emauksesta" levisi nopeasti talonpoikien keskuuteen, ja monet pakenivat vainoja välttääkseen sinne. Mutta vapaus ja menestyminen edistivät jo olevaa hajanaisuutta. Ilmeni selvästi uudestikastajien ankaramman ja lievemmän suunnan välinen ristiriita, joka oli ilmennyt jo Saksassa, mutta jonka vainot siellä olivat saattaneet taka-alalle. Molempien suuntien johtajat olivat Hubmeier ja Hut, joka pian oli seurannut Hubmeieriä Mähriin.

Lähestyvä turkkilainen vaara teki mielialan kiihkeäksi. Määrättiin vero uskottomia vastaan käytävää sotaa varten, ja silloin nousi kysymys, pitikö kastajien maksaa vaiko ei. He hylkäsivät kaikkinaisen sodan, ja Hutin suunnituksiin ei laisinkaan sopinut auttaa keisarillisia turkkilaisten vahingoksi, joiden voittokulun hän juuri toivoi kääntyvän kastajien eduksi. Tästä seikasta kiisteltiin monin ottein Nikolsburgissa ja sen ympäristöllä. "Kun huuto kuului", kertovat uudestikastajien aikakirjat, "v. 1527, että turkkilainen ryntäisi Itävallan Wieniin, kokoontuivat Nikolsburgin läheisen Pergenin seurakunnan veljet ja vanhimmat pappilaan — — — neuvottelemaan mainituista asioista, mutta eivät ole voineet päästä yksimielisyyteen". Ja toisessa paikassa: "Hans Hut ja muut kokoontuivat kaikki Nikolsburgin (Lichtensteinin) linnaan neuvottelemaan miekasta, pitäisikö sitä käyttää ja kantaa vaiko ei; myöskin siitä, pitääkö maksaa sotaveroa, ja muistakin säädöksistä, joista asioista he eivät kuitenkaan voineet sopia. He erosivat siis pääsemättä yksimielisyyteen. Mutta kun Hans Hut ei voinut eikä tahtonut yhdessä herra Leonard von Lichtensteinin kanssa äänestää miekan puolesta, on häntä vasten tahtoaan pidetty Nikolsburgin linnassa. Mutta muuan, joka tahtoi hyvää Hutille ja huolehti hänen kohtalostaan, on laskenut hänet yöllä jäniksenverkossa akkunasta muurin ylitse. Seuraavana päivänä nousi kaupungin kansan keskuudessa suuri nurina ja valitus herra Leonardia ja hänen kannattajiansa vastaan siitä, että he olivat väkisin pitäneet Hutia linnassa. Sen vuoksi oli Balthasar Hubmeierin pakko julkisesti selittää suhteensa miekkaan ja sotaveroon."

Näyttää siis silloin rauhallisten veljien keskuudessa olleen koko kuumaa kiistaa.

Hut ei viipynyt kauan Mährissä, vaan lähti v. 1527 Augsburgiin, missä hän, kuten ennen olemme kertoneet, kärsi marttyyrikuoleman.

Mutta Hubmeier jatkoi kiistaansa ankaramman suunnan kanssa. Hänen kirjasensa "Miekasta" on omistettu yksinomaan polemikille veljiä vastaan. Muutamia kuvaavia kohtia siitä lainattakoon. Aluksi Hubmeier viittaa siihen, että veljien pitää ottaa olevaiset, todelliset olosuhteet huomioon eikä elää unelmien maailmassa. Hän alkaa Kristuksen sanoilla: "Minun valtakuntani ei ole tästä maailmasta" ja selittää niiden merkitsevän: "Meidän valtakuntamme ei pitäisi oleman tästä maailmasta. Mutta, jumala paratkoon, se on tästä maailmasta… me olemme maailman, synnin, kuoleman ja helvetin valtakunnassa. Mutta isä, auta sinä meitä tästä valtakunnasta, me olemme siinä korviamme myöden emmekä voi siitä vapautua."

Samalla tavalla selvittää Hubmeier ne viisitoista muuta kohtaa, jotka ankarampi suunta oli esittänyt mielipiteilleen tueksi. Luonnollisesti ei hänen ole vaikea löytää Uudesta testamentista lauseita, jotka terottavat velvollisuuksia esivaltaa kohtaan. Mutta tämä tottelevaisuus ei kuitenkaan saa olla sokeata, huomauttaa Hubmeier. "Jos esivalta on lapsellinen tai mieletön tai ehkä vallan kykenemätön hallitsemaan ja jos voipi kohtuudenmukaisesti siitä luopua ja ottaa toisen, on se hyvä,[36] mutta ellei se voi kohtuudenmukaisesti ja rauhassa tapahtua, tai suuretta vahingotta ja meteleittä, niin kärsittäköön sitä."

Samaan aikaan Hubmeier julkaisi riitakirjotuksia Zwingliä ja tämän ystäviä vastaan, ja niistä käy selväksi, että hänen kommunisminsakin oli sangen lievää. Kirjasessaan "Keskustelua Ulrich Zwinglin lasten kastetta koskevan kirjasen johdosta" vastaa hän syytteeseen "yhteisyydestä", kommunismista: "Olen aina ja kaikkialla puhunut tavarain yhteisyydestä sitä tarkottaen, että jokaisen pitää sääliä toista, ruokkia nälkäisiä, antaa juomaa janoisille, vaatettaa alastomia, sillä mehän emme ole tavaramme herroja, vaan vain isännöitsijöitä ja jakajia. Tiettävästi ei ole ketään, joka sanoisi, että pitää ottaa toiselta hänen omansa ja tehdä se yhteiseksi, vaan pikemmin antaa takkinsa viitaksi". Ylentävää ei ole, että Hubmeier, kun hänet vangittiin, koetti päästä kuningas Ferdinandin armoihin muun, muassa sillä, että selitti, miten jyrkkä vastakkaisuus oli ollut hänen ja Hans Hutin välillä. Hän kirjottaa kirjasessaan "viimeisestä päivästä", mikä sen ajan puhetavan mukaan ei merkitse muuta kuin kapinaa: "Vaikka Kristus on antanut meille monta merkkiä meidän tietääksemme, miten lähellä hänen tulemisensa päivä on ovella, niin ei tätä päivää tiedä kukaan muu kuin jumala yksin. Olenkin sen vuoksi ollut melkein kova Johannes Hutia ja hänen kannattajiaan kohtaan, koska he väittävät tietävänsä, että viimeinen päivä olisi ensi helluntaina, ja ovat saarnanneet kansalle sellaista ja saaneet sen tämän kautta myymään talonsa ja tavaransa, jättämään vaimonsa ja lapsensa, ja taivuttaneet yksinkertaiset jättämään työnsä ja juoksemaan hänen perässään. Erehdys, joka on johtunut tavattomasta raamatunkäsittämättömyydestä". Danielin kolmesta ja puolesta vuodesta on Hut muka tehnyt neljä tavallista vuotta, mikä on suuri erehdys. Hubmeierin laskujen mukaan olisi Danielin vuoden yksi päivä yhtä pitkä kuin tavallinen vuosi, sen vuoksi merkitsevät nämä puoli neljättä vuotta 1277:ää vuotta, jotka puuttuvat Hutin laskuista. "Minkä olen hänen nenänsä alle julkisesti ja vakavasti sysännyt ja osottanut hänelle olevan rikollista puhua niin kansa paralle ja johtaa sitä harhaan, kuten voin todistaa sillä loppupuheella, jonka olen pitänyt häntä vastaan". Vallankumouksellinen, joka odotti vallankumousta vasta 1277 vuoden kuluttua, ei tosiaankaan ollut kovin vaarallinen.

Kirjasensa "Tilinteko" toisessakin kohdassa pauhaa Hubmeier Hutia vastaan: "Kasteeseen ja sakramenttiin (ehtoolliseen), sellaisena kuin Johan Hut seuralaisineen niitä opettaa, olen melkein suuttunut, tahdon myöskin opetuksella ja kirjotuksilla taistella sellaisia käsityksiä vastaan, mikäli jumala elämäni varrella minulle voimaa antaa… Minun opettamani kaste ja Hutin kaste ovat niin kaukana toisistaan kuin taivas ja helvetti. Myöskin ehtoolliseen nähden turvaan jumalaan."

Molempien suurten vastustajien kuoleman jälkeen ei taistelu molempien suuntien välillä ensinkään lakannut, joskin se joksikin aikaa hiljeni, kun kastajien vainoaminen (toistaiseksi) ulottui Mähriin asti ja samalla turkkilaisten hyökkäys veti yleisen huomion puoleensa.