Herttua, joka kaikissa yrityksissään oli viisas ja miettivä, kokoili ja otti otteita kaikista asiakirjoista, joihin hän perusti sekä hengellisen että maallisen tuomitsemisoikeutensa herttuakunnassaan.
Syyskuussa samana vuonna hän oli kutsunut kokoon kaikki käskyläisensä Nyköpingiin, ja siellä hän velvoitti heidät vakavasti riippumaan oikeassa uskossa ja opissa hylkäämällä muut juhlamenot, paitsi mitä Kustaa kuninkaan ajoilta oli ollut siihen asti käytännössä, liturgiasta ei mainittu mitään, mutta jokainen ymmärsi asian.
Tämä vastahakoisuus oli liian suuri kuningas Juhanan siedettäväksi. Siitä saattoi talla vaarallinen esimerkki niiden henkilöiden korkean arvon vuoksi jotka asettuivat uutta järjestystä vastaan.
Useimmat papit olivat kieltäytyneet viettämästä Kristuksen ruumiin juhlaa kesäkuun 1 p:nä. Se oli liian läheisessä yhteydessä katolisten tapojen ja menojen kanssa, sanoivat he.
Kuningas syytti heitä sekä kirkkojärjestyksen rikkomisesta että tottelemattomuudesta esivaltaa vastaan.
Varsinainen rahvas oli vakaumukseltaan täydelleen katolista oppia vastaan.
Vanhan kuninkaan opetukset olivat jo juurtuneet. Missä hän oli kehottanut heitä pysymään, siitä heillä ei ollut halua luopua hänen poikansa vuoksi, johon ei kukaan oikein luottanut.
Ehkäpä useimmat ajattelivat sitäkin, mitä siitä seuraisi. Katolisen papiston mukana tulisi uusia veroja, ja niistä tahdottiin mieluimmin pysyä vapaina.
Kaiken tämän suhteen Juhana osoitti itsenäisyyden puutetta ja horjuvaisuutta. Ei kukaan ole ollut sellainen mestari kuin hän tinkimään vakaumuksestaan, etsimään perusteita yhdeltä taholta ja vetämään johtopäätöksiä toiselta.
Kokonaan vailla sisäistä suuruutta kun oli, täytyi hänen turvautua mahtavaan asemaansa.