Vankilassa sai Horn istua koko syksyn, eikä mihinkään enempiin toimenpiteisiin ryhdytty hänen asiassaan, paitsi että hänet julkisesti julistettiin maankavaltajaksi, vaikka olikin tuomitsematta.
Tämä oli hänestä liikaa, ja hänen kärsivällisyytensä loppui. Tammikuun 27 p:nä 1591 Kaarle Horn kirjoitti kuninkaalle kirjeen, jossa hän muun ohessa sanoo:
'Olen saanut tietää, että teidän majesteettinne on antanut Klaus Flemingin markkinoilla julistaa minut valtakunnan kavaltajaksi, vaikka en tiedä koskaan sanoin enkä töin antaneeni aihetta sellaiseen nimitykseen, eikä sellaista myöskään ole laillinen tuomio minulle tuominnut. Mutta koska teidän kuninkaallinen majesteettinne on luvannut alamaisilleen puolustaa totuutta ja oikeutta eikä ketään, olkoonpa hän köyhä tai rikas, vahingoittaa, ellei hän ole Ruotsin lain mukaan tuomittu; pyydän minä alamaisimmasti ja nöyrimmästi tulla asetetuksi laillisen tuomioistuimen eteen syyttäjineni sekä huoveineni ja päällikköineni, jotka olivat saapuvilla Narvan piirityksessä. Sitä myöskin pyydän, että teidän kuninkaallinen majesteettinne antaisi veljilleni anteeksi, että he ovat luovuttaneet Ivangorodin ja Kaporien. Syy ei ole heidän, vaan yksin minun, joka olen kehottanut, melkeinpä pakottanut heitä siihen.'
Juhana oli kuin tulta ja liekkiä; sellainen kirje hänelle, sitä hän ei voinut antaa anteeksi!
Asetettiin erityinen tuomioistuin, jossa Klaus Fleming oli samalla syyttäjänä ja puheenjohtajana, Olavi Sverkerinpoika kirjurina. Lautakuntaan kuului aatelisia, mutta muuten hyvin vähäpätöisiä henkilöitä.
Helmikuun 15 p:nä kutsuttiin Horn kuulusteltavaksi.
Kun hän tuli saapuville, sanoi hän olevansa pitkällisen vankeutensa vuoksi niin sairas ja heikko, ettei luullut voivansa antaa oikeita vastauksia suullisesti, etenkin kun hänellä ei ollut mitään hyvää puhelahjaa. Sentähden hän pyysi saada kirjallisesti vastata syytöksiin.
"Se ei käy laatuun", huudahti Fleming. "Kuningas tahtoo saada viipymättä asian ratkaistuksi."
Ennen voimakas, sodan vaivoissa karaistu mies oli painunut kokoon; vankila-ilma oli ikäänkuin huumannut hänet. Nyt hän oikaisihe sanoen voimakkaasti: "Minä olen valmis."
Fleming kysyi: "Mitenkä olette voinut olla niin rohkea, että kirjeessänne 27 p:ltä tammikuuta olette muistuttanut kuningasta hänen valastaan ja velvollisuuksistaan, ikäänkuin hänen majesteetillaan olisi joskus tapana unhottaa ne tai kuin hän tarvitsisi muistutuksia siinä suhteessa?"