Kaarle otti kiinni sellaisista sanoista, kutsui neuvoston koolle ja puhui, että oli välttämätöntä kutsua valtiokokous muutamain tärkeäin asiain, mutta ennen kaikkea uskonopin tähden. Sillä jos protestanttisuus oli ollut vainolle alttiina jo Juhanan aikaan, mitä silloin saattoikaan odottaa kuninkaalta, jonka tunnonvelvollisuus oli toimia paavin käskyjen mukaan. Sigismundille oli tosin luovutettava kruunu niin tehdyn valan kuin maailman arvostelunkin tähden, mutta ei ollut sallittava mitään kruunausta, ennenkuin kuningas oli vahvistanut ja vakuuttanut valtakunnan lait ja alamaisten oikeudet.
Neuvosto myönsi herttuan olevan oikeassa, pelkäsi vain kuninkaan tyytymättömyyttä. Joku huomautti, että uskonasioissa tarvittiin ainoastaan kirkolliskokous, ei valtiopäiviä.
"Uskonasioissa", vastasi Kaarle, "on ruotsalaisten itse katsottava ja päätettävä eikä jätettävä niitä katolisten tavoin paavin voidelluille ja ajelluille palkkajuhdille".
Herttuan sanoissa oli niin paljon pontta ja vakavuutta, hän oli aina niin varma maalistaan toisten hoippuessa kahdenvaiheilla, että valtiopäivät päätettiin kutsua koolle helmikuun 25 päiväksi 1593.
Muutamia herttuan miehistä lähetettiin ympäri maaseutuja valmistamaan mieliä. Itse matkusti hän läpi Vestmanlannin vuoriston ja Taalainmaan ja sieltä Upsalaan, missä jo oli eloa ja liikettä.
Valtiosäädyt, mutta erittäinkin papit, riensivät saapuville kaikilta suunnilta. Oli saapunut neljä piispaa ja 332 pappia, kun herttua saapui helmikuun 27 päivänä. Neuvosto vitkasteli, erittäinkin äskettäin syytetyt jäsenet. Heitä olivat jälleen kalvaneet epäilykset ja pelko, ja lopulta olivat he — antaneet myöten. Vihdoin olivat kaikki saapuneet, ja maaliskuun 1 päivänä avasi valtakunnan-drotsi Niilo Gyllenstjerna kokouksen.
Herttua oli vaatinut häneltä sitä — epäsuosionsa uhalla. Ja ovela hovimies, joka ei löytänyt mitään lymypaikkaa, mihin piiloutua, vastasi, että hän tunsi kiitollisuutta saamastaan tehtävästä, häntä huolestutti vain tunto omasta arvottomuudestaan.
Hänen puheensa oli sangen pyöristelty. Hän neuvoi jokaista pysymään siinä opissa, joka oli sopusoinnussa valtakunnan lain ja perintösopimuksen kanssa. Jokainen sai vapaasti sanoa mielipiteensä, ja mitä täällä päätettiin, se täytyi kuningas Sigismundin hyväksyä ja vahvistaa, ennenkuin hänet tunnustettiin kuninkaaksi.
Silloin nousi nöyrä, kumarteleva Linköpingin piispa Pietari. Narisevalla, mahtipontisella äänellä hän kiitti herttuaa ja neuvostoa uskonopin suojaamisesta ja hellimisestä, samoinkuin hän oli suojannut liturgiaakin Juhana kuninkaan aikaan. Lopuksi kysyi hän millaiseksi kokouksen meno oli aiottu.
Mutta samassa nousi hillitön, häikäilemätön Schepperus, kiinnitti salamoivan katseensa piispaan ja nuhteli häntä ankarin sanoin siitä, että oli tässä asiassa liehakoinut herttuaa ja neuvostoa, samoinkuin liturgioineen oli liehakoinut Juhana kuningasta. Vapaan kirkolliskokouksen ei tarvinnut ottaa vastaan määräyksiä maalliselta vallalta.