Tällaisista tapauksista annettiin heti tieto kuninkaalle, joka kuitenkin otti asian tyynesti ja vastasi, että jos neuvosto tuollaisista tapauksista piti melua niin vähän kuin suinkin, raukesivat ne pian itsestään. Mutta samalla kertaa käski hän, että rahvasta oli kohdeltava varovaisesti, niin etteivät kavalat kirjeet saisi pahaa aikaan.
Suurempaa huomiota herätti eräs toinen salahanke, joka keksittiin vähää ennen kuninkaan saapumista Suomesta ja joka sekin oli Puolasta saanut alkunsa.
Valtakunnan korkeimman tuomioistuimen jäsentä, Johannes Messeniusta, syytettiin näet siitä, että hän oli ollut yhteydessä valtakunnan vihollisten kanssa. Hän oli ollut ennen professorina Upsalan yliopistossa ja monta kertaa herättänyt pahennusta esiintymisellään. Virkaveljensä Johannes Eudbeckiuksen kanssa oli hän alituiseen sotajalalla, ja kun tämä valittiin rehtoriksi, vaati Messenius hänet kaksintaisteluun ja yllytti ylioppilaita julkiseen väkivaltaan.
Kerran, kun konsistoriumin istunnossa professorit neuvottelivat rangaistuksesta, johon muuan rikoksellinen ylioppilas oli tuomittava, syöksyi Messeniuksen vaimo sisään ja haukkui arkkipiispaa ja professoreja silmät korvat täyteen; ylioppilas kuului hänen miehensä ystäviin, eikä häntä sentähden saanut syyttää.
Muuten olivat tappelut ja muut väkivaltaisuudet Messeniuksen ja Eudbeckiuksen kannattajain välillä sangen tavallisia, ja kuninkaan kirje vuodelta 1613 puhuu "juopottelusta, hurmailusta, melusta, rähinästä, ikkunain särkemisestä" ja sellaisesta, joka on rangaistava.
Kuningas kävikin vakavasti käsiksi näihin epäkohtiin, ja niiden päämiehet, molemmat professorit, kutsuttiin Tukholmaan vastaamaan tuomiokapitulille.
On käsittämätöntä miten Messenius seuraavana vuonna nimitettiin jäseneksi Svean hovioikeuteen. Mutta tämä luultavasti saa selityksensä siitä, että Messeniusta pidettiin aikansa oppineimpana miehenä.
Sentähden herättikin kuulumatonta huomiota, kun eräänä päivänä syytettiin tätä miestä yhteydestä "puolalaisten ja jesuiittain" kanssa. Tutkintoja pantiin toimeen, mutta asia ei koskaan täydellisesti selvinnyt.
Messenius oli luonteeltaan turhamainen ja itserakas ja tahtoi kaikin mokomin loistaa opillaan. Sitä paitsi hän oli äärettömän ärtyinen ja teki itsensä usein syypääksi sellaisiin maltittomuuksiin, etteivät kovinkaan monet olleet pahoillaan hänen kukistumisestaan.
Hovioikeus tutki syytöksiä, ja vaikkei ollutkaan mitään todistuksia, tuomittiin Messenius kuolemaan.