Viimeisessä oikeusasteessa lykättiin juttu kuninkaan ratkaistavaksi, ja tämä selitti, että koskei ollut täysin todistettu, että Messenius oli ollut vihollisten kanssa yhteydessä "valtakunnan vahingoksi ja turmioksi", niin lievennettiin rangaistus elinkautiseksi vankeudeksi Kajaanin linnassa. Ettei kuningas tahtonut tätä tehdä Messeniukselle vaikeaksi, siitä on todistuksena se, että hän käski sikäläisen linnanpäällikön pitää tarkoin huolta, ettei Messenius eikä hänen perheensä, joka oi häntä vapaaehtoisesti seurannut vankeuteen, kärsisi puutetta, vaan oli heitä kohdeltava kaikin puolin hyvin.
Tätä sukua oli kirous painanut alusta alkaen. Johannes Messeniuksen isä oli ollut mylläri ja hevosvaras, äiti kutojatar jostakin mäkituvasta Örebron ulkopuolelta. Vehkeilyiden tähden isänmaata vastaan mestattiin isä vuoden 1598 paikkeilla.
Poika lähetettiin tunnettuun Braunsbergin jesuiittakouluun, jonka hän kävi läpi kaikella kunnialla. Hän kävi sen jälkeen useissa maissa ja oleskeli jonkun aikaa Roomassakin. Saksaan palattuaan nimitettiin hänet filosofian maisteriksi Ingolstadtissa 1605.
Hänellä oli tavaton työkyky ja -halukin, mutta samalla kaikki ne virheet ja heikkoudet, joiden täytyy seurata jesuiittojen venyvästä moraalista ja horjuvasta siveysopista.
Ingolstadtista lähdettyään asettui hän Danzigiin, avasi siellä opetuslaitoksen ja nai Lucia Grothusenin, kuningas Sigismundin opettajavainajan tyttären.
Johannes Messenius oli aina hulluuteen saakka rakastunut nuoreen vaimoonsa, mutta tämä oli innokas katolilainen, ja Lucia rouvan rippi-isä, joka ei ollut Messeniukselle suopea, sai vaimon osoittamaan kylmyyttä ja välinpitämättömyyttä miestään kohtaan.
Kaunis Lucia kutsuttiin melkein joka päivä ripille, ja roomalaisessa kirkossa oli silloin, kuten kai monin paikoin vielä nytkin, pappi vaimon mies paljon suuremmassa määrin kuin se, johon hänet alttarilla oli vihitty. Pappi sai parhaan osan; vaimolla oli kaksi herraa toteltavana, mutta hän rakasti ja palvoi sitä, joka oli toista niin paljon korkeammalla kuin taivas maata. Pappi oli hänen aina palavan rakkautensa esine, papille avasi hän sydämensä salaisimmatkin ajatukset, ilonsa ja surunsa. Maallista, syntistä miestään, johon hänet oli vihitty ja jonka inhimillinen vajavaisuus hänelle oli syynä jokapäiväiseen itsetutkisteluun ja kärsimyksiin, häntä kohtaan vaimo pysyi välinpitämättömänä.
Johannes Messenius kärsi mitä katkerimpia tuskia, kun hän huomasi, että vaimon sisäinen elämä aina oli pysyvä hänelle suljettuna kirjana.
Hän oli ollut Ingolstadtissa kyllin kauan tietääkseen, että vaimo on rippi-isän omaisuutta ruumiineen sieluineen, ja kun hän oli mustasukkaisuudesta suunniltaan, silloin Lucia heitti sytykkeitä tuleen puhumalla rippi-isänsä enkelimäisestä kärsivällisyydestä, hänen jumalanpelostaan ja rakkaudestaan ja kuinka hän itse kaipasi viettää jälleen muutamia hetkiä hänen kanssaan.
Mitä rajuimmin purkauksin kirosi Messenius katolista uskonoppia ja ennen kaikkia salarippiä, josta kaikki paha koitui.