Sydämessään tunnusti Kustaa hänen sanansa oikeiksi, mutta hän ei koskaan antautunut tunteidensa johdettavaksi. Tutki ensin, arveli hän, ja tuomitse sitte.
Pian hän saikin tilaisuutta tutkimiseen.
Heti kuninkaanvaalin tapahduttua oli Johannes Magnus palannut Roomasta. Paavi oli lähettänyt hänet legaattinaan Ruotsiin vastustamaan siellä ilmaantunutta kerettiläisyyttä ja yleensä pitämään huolta kirkon asioista.
Sten Sture nuorempi oli valinnut Johannes Magnuksen Kustaa Trollen seuraajaksi ja lähettänyt, hänet saamaan vahvistusta paavi Hadrianukselta. Hän palasi nyt paavin legaattina ja vastaanotettiin suurilla kunnianosoituksilla Strängnäsissä.
Odotettiin että uusi legaatti ryhtyisi tutkimaan Kustaa Trollen ja Kristian II:sen menettelyä Ruotsissa, sekä että ensimainitun kuolemantuomio julistettaisiin, mutta siihen ei Johannes Magnuksella ollut valtaa. Hänen tuli ainoastaan pitää huolta siitä, että usko vahvistuisi ja kerettiläisyys hävitettäisiin.
Säädyt ilmoittivat tyytymättömyytensä ja legaatti sai palata Roomaan kertomaan paaville, millä kannalla asiat olivat, sekä hankkimaan itselleen laajempaa toimintavaltaa.
Samalla lähettivät säädyt ja neuvosto paaville kirjoituksen, jossa he pyysivät vahvistusta ja vihkimystä synnynnäisesti ruotsalaisille piispoille, piispoille jotka edistivät maan asukkaiden rauhaa ja hyvää sopua paremmin kuin arkkipiispa Kustaa Trolle, joka, väärinkäyttäen papillista arvoansa, oli yllyttänyt valtakuntaa sotaan ja eripuraisuuteen, josta syystä he yksimielisesti olivatkin ajaneet hänet maanpakoon.
Paavia he sitävastoin tahtoivat palvella, antaa kirkolle takaisin sen vapauden ja puhdistaa sen niistä harhaopeista, jotka yleisen sekasorron aikana olivat syntyneet. Mutta tämän kaiken aikaansaamiseksi toivoivat he, että paavillisen istuimen valtuutetulle, Johannes Magnukselle annettaisiin täysi valta ryhtyä tarpeellisiin keinoihin kirkon saattamiseksi järjestykseen.
Kustaa kirjoitti itsekin paaville, lausui julki omansa ja kansan ilon legaatin tulosta, mutta valitti ettei tämä ollut voinut saada mitään aikaan ja pyysi sentähden kristikunnan isää vahvistamaan tuomiokapitulien valitsemat piispat. Myöskin pyysi hän paavia antamaan anteeksi apostoliselle kamarille tulevat maksot, koska kirkot olivat perin köyhtyneet, taistellessaan vihollisiansa vastaan kirkon vapauden puolustamiseksi ja kruunun oikeuksien suojelemiseksi.
Kustaa ei siihen aikaan laisinkaan ajatellut kirkon vapauksien ja oikeuksien supistamista. Sen osoittaa parhaiten hänen vahvistuskirjansa piispa Braskille, jossa hänelle vakuutetaan "kaikki tuomiokirkon ja sen kapitulien oikeudet, vapaudet ja tilukset kiinteimistöineen ja irtaimistoineen, semmoisina kuin esi-isät niitä ovat nauttineet ja pitäneet, kymmenyksineen, sakkorahoineen, maaveroineen, palvelijoineen, lampuoteineen, semmoisina kuin edelliset kuninkaat, herttuat ja muut ruhtinaat ne suoneet ja antaneet ovat".