Mutta nyt tapahtui käänne, jolla oli suuret seuraukset.
Johannes Magnus ei vielä ollut ehtinyt takaisin Roomaan, kun paavilta saapui kirje, jossa kirkkorangaistuksen uhalla käskettiin Ruotsin kuningasta asettamaan arkkipiispa Kustaa Trolle takaisin hänen entiseen arvoonsa.
Kustaassa leimahti suuttumus, mutta hän vastasi tyynesti ja varmasti, että pyhän paavillisen istuimen käsky tarkoitti sen rauhan hävittämistä, jonka voittamiseksi juuri oli uhrattu veri ja henki. Oli odotettu, että jollakin lailla ryhdyttäisiin rankaisemaan Kristiania siitä että hän oli teurastanut piispat, mutta sensijaan rupeaa paavillinen istuin puolustamaan arkkipiispa Trollea, joka on pääsyy pahaan, ja tahtoo asettaa hänet Ruotsin kirkon etunenään… "Me kunnioitamme roomalaisen kirkon arvoa niin suuresti, että sen eteen olisimme valmiit uhraamaan veremme ja elämämme, mutta arkkipiispa Trollen asettamista takaisin virkaansa tulemme kaikin voimin, tarvittaessa, vaikka verellämme, vastustamaan." Kustaa lisäsi, että vastauksesta tähän kirjeeseen tulisi riippumaan, "josko apostolisen istuimen huolimattomuuden takia, meidän kuninkaallinen mahtimme ryhtyy panemaan toimeen uskonpuhdistusta Ruotsin kirkossa."
Kardinaaleille lähetettiin vielä, ankarampi kirje; sitte asetettiin tuomioistuin, joka juhlallisesti julisti Kustaa Trollen virkaansa arvottomaksi, ja senjälkeen valittiin Johannes Magnus yksimielisesti arkkipiispaksi. Hänen veljensä Olavi Magnus lähetettiin Roomaan saamaan paavin vahvistusta, mutta se retki ei onnistunut. Ei paavi myöskään tahtonut vahvistaa noiden ennen valittujen piispojen virkoja ilman rahalunastusta.
Omituista on, että suurten mullistusten tapahtuessa, kun uuden ajan järjestys työntää tieltään vanhan, mädäntyneen mahdin, tämän vanhan mahdin johtajat aina itse, Rehabeamin tavoin, seuraavat hullujen neuvoja. Paavivalta ei milloinkaan olisi voinut valita varmempaa keinoa Ruotsin kansan rakkauden jäähdyttämiseksi kuin tyrkyttämällä sen kirkon johtajaksi vihattua Kustaa Trollea.
Niinikään lankesi pyhälle istuimelle varjo, kun ei paavi suostunut ilman rahalunastusta vahvistamaan vasta valituita piispoja heidän virkoihinsa. Kansan tyytymättömyys ainaisesta rahankiskonnasta kasvoi senkautta suuresti.
Ne, joiden virkoja ei roomalainen istuin ollut vahvistanut tai vihkinyt, eivät saaneet toimittaa pappisvihkimisiä eikä muita kirkollisia menoja, heidän vaaliaan ei ollut pakko tunnustaa, vaan saattoi sen peruuttaa, heidän asemansa oli epämääräinen, he riippuivat kokonaan kuninkaasta.
Piispa Brask taas valitti: "jos me irtaudumme roomalaisesta istuimesta ja kirkollisesta yhteydestä, niin en käsitä, mihin voimme päämme kallistaa".
Kun Vadstenan valtiopäivillä kuninkaan kruunaus tuli keskustelun alaiseksi, huomattiin ettei löytynyt tarpeeksi monta vihittyä piispaa sitä toimittamaan, sillä paavi ei ollut suonut heille vahvistusta ilman maksoa. Kuningas kehoitti heitä jättämään asian siksensä, mutta itse he joutuivat epäilykseen.
V. 1523 valittiin sentään tuomiorovastin mestari, Knut, arkkipiispaksi ja Pietari Sunnanväder piispaksi Vesteråsiin. Skaran piispaksi valittiin arkkiteini Maunu Haraldinpoika ja Strängnäsiin sikäläinen tuomiorovasti Maunu Sommar.