Heti kun tästä saatiin tieto, pantiin Robertus viralta ja kuningas antoi ankaran käskyn, että hänen ja kaikkien samaan veljeskuntaan kuuluvien ulkomaalaisten kolmen viikon kuluessa pitää jättää Ruotsin valtakunta.
Omin päin toimitti Kustaa sinne toisen priorin ja kun saatiin tietää, että Arbogan luostarissa oli harjoitettu kaikkinaista vääryyttä, niin antoi kuningas panna johtajan pois viralta ja käski palvelijansa Lauri Sommarin asettua sinne linnaleiriin, kirjoittaa luettelon kaikista luostarin kalleuksista ja tavaroista ja yhdessä kaupungin pormestarin ja neuvoston kanssa määrätä toisen luostarinjohtajan.
Tunnettu asia oli, että munkit suuresti vaikuttivat kansaan ja että kaikkinaiset pahat huhut kuninkaasta levisivät pitkin maata juuri heidän kauttaan. Sentähden rupesi Kustaa pitämään heitä ankaran valvonnan alaisina ja sekaantumaan luostarien omaisuutta koskeviin asioihin sekä laskemaan niiden tuloja.
Brask, joka aina pysyi valppaana ja joka suurella mielikarvaudella kuuli tämän, oli ryhtynyt tekemään luetteloa Nydalan luostarin omaisuudesta, voidakseen tulevaisuudessa ja suotuisampien olojen vallitessa vaatia takaisin, mitä luostarin nyt täytyi antaa. Kustaa kehoitti häntä vakavasti luopumaan aikeesta, sillä hän tahtoi yksin hallita maataan ja itse hoitaa luostarien asiat. Samaan aikaan sai kuningas tiedon Olavi Tystesta ja luostariryöstöstä. Yleinen luulo oli, että hän ja hänen nuori morsiamensa sylitysten nukkuivat Venerin pohjalla, mutta heidän surullinen kohtalonsa oli tehnyt rikoksen syvän myötätunnon arvoiseksi: olivathan he niin onnettomat ja miehestä mieheen kuiskaeltiin, että tyttö oli mahtanut olla kovan pakon alaisena.
Kustaa tahtoi lähempiä tietoja asiasta ja hänelle vastattiin, että luostareissa tapahtui paljon sellaista, jota ei maailma koskaan saanut tietää.
Nyt puuttui kuningas kirkon tuomiovaltaankin. Piispa Brask oli julistanut karanneet kirkon pannaan; kuningas peruutti omalla vallallaan kirouksen ja julisti heidät vapaiksi kaikesta rangaistuksesta, jos he vielä elivät. Mutta piispa sai nuhteet siitä että hän vastoin hänen tahtoaan oli vihkinyt nunnaksi kihlatun tytön, sillä tuo teko soti sekä Jumalan että mikäli hänelle oli sanottu kirkonkin lakia vastaan. Piispaa varoitettiin heittämään kaikki kiroukset, kunnes useampia pappia olisi koolla ja he silloin, muiden asioiden mukana, olisivat harkinneet, mikä oli oikein, mikä väärin.
Kuninkaan toimenpiteet ja kirjoitukset olivat sentään vaikuttaneet jotakin, sillä useat nuoremmat munkit tulivat pyytämään kuninkaan suojelusta jotta he voisivat jättää luostarinsa ja lähteä Lapinmaalle perustamaan kouluja lappalaisten ja muiden hyvien ihmisten lapsille. Kuningas sekä hyväksyi heidän aikeensa että antoi heille suojeluskirjeen, jottei kukaan koko Ruotsin valtakunnassa saisi haastaa heitä oikeuteen.
Eikä siinä kyllä. Kuningas ulotti valtansa koko papilliseen hallintoon; hän asetti pappeja virkaan ja pani heitä viralta, ja pappien jättämästä perinnöstä vaati hän osan kruunulle.
Paavisuuden valta ja voima näytti olevan loppumaisillaan. Kustaa hallitsi valtakunnassaan sekä kuninkaana että paavina.
Kun Johannes Magnus palasi tarkastusmatkaltaan, kertoi hän kuninkaalle Norjassa rukoiltavan hänen puolestaan, että hän pysyisi ainoalle autuaaksi tekevälle kirkolle uskollisena.