Suoritettuaan tutkintonsa ja valmistettuaan väitöskirjan Snellman nimitettiin dosentiksi yliopistoon. Hän oli mies, joka järkähtämättä teki mitä oikeana piti. Hän ilmoitti kerran pitävänsä luentoja akateemisen vapauden todellisesta luonteesta. Se oli yliopiston rehtorin mielestä aivan mahdotonta. Vapaus — huh, sehän oli hirveätä! Vapaudesta ei saanut hiiskahtaakaan ja nyt tämä maisteri aikoi yliopistolla julkisesti luennoida vapaudesta ylioppilaille, jotka muutenkin ottivat silloin tällöin itselleen liikoja vapauksia. Rehtori kielsi puhumasta semmoisesta aineesta. Snellman valitti rehtorin kiellosta yliopiston konsistorioon. Ei apua. Hän uudisti pyyntönsä saada puhua ilmoittamastaan aineesta, mutta ei saanut vastaustakaan. Ja ettei hän tekisi asiaa julkiseksi, kiellettiin asiasta syntyneiden pöytäkirjojen painattaminen. Lisäksi varakansleri kutsutti hänet luokseen ja uhkasi karkoituksella Siperiaan. Asiasta ilmoitettiin kenraalikuvernöörille, uhattiinpa se saattaa itse keisarin tietoon. Snellman koetti painattaa luentonsa, mutta sen esti sensuuri.
Hyvän huolen pitivät vallassa-olijat siitä, ettei ilmoille päässyt mitään vaarallista.
Mutta Snellman ei ottanut parantuakseen. Hän joutui uusiin rettelöihin yliopiston viranomaisten kanssa. Ylioppilaissa oli silloin tällöin ilmennyt vallattomuutta, jopa suoranaista tottelemattomuutta. Parhaaksi keinoksi heidän vastarintansa ja uppiniskaisuutensa taivuttamiseksi arveltiin ylioppilasyhdistysten, osakuntien, jakamista pienemmiksi. Aikaisemmin oli jaettu kahtia suuri Viipurilainen osakunta ja nyt jaettiin Pohjalainen, jonka v.t. kuraattorina Snellman oli ollut aikaisemmin. Kun uudet osakunnat, Eteläpohjalainen ja Pohjoispohjalainen, eivät itse valinneet kuraattorejaan, mihin heillä asetusten mukaan oli oikeus, määrättiin Snellman Pohjoispohjalaisten kuraattoriksi. Hän kieltäytyi selittäen syyksi, että osakunnilla oli oikeus itse valita kuraattorinsa. Seurasi nuhteita ja varoituksia, joista ei ollut mitään apua, ja lopulta häntä vastaan nostettiin syyte virkavirheestä. Konsistorio määräsi hänet erotettavaksi puoleksi vuodeksi dosentintoimesta ja menettämään yliopistosta saamansa apurahan ja hovioikeus, johon oli vedottu, tuomitsi hänet 100 taalarin sakkoon, vastaava 24 päivän vankeutta vedellä ja leivällä.
Asian päätyttyä näin, Snellman lähti ulkomaille, aluksi Ruotsiin.
Ulkomailla.
Ruotsissa oli Snellmanilla tuttuja, sillä siellä hän oli käynyt pikimmältään jo ennenkin. Tunnettu oli myöskin hänen toimintansa tiedemiehenä ja alottelevana sanomalehtimiehenä. Vuotta ennen lähtöään hän oli Suomessa julaissut muutamia numeroita aikakauskirjaa »Espanjan kärpänen» ruotsiksi. Kun Espanjan kärpänen puree, tuntuu se kipeältä. Ottamalla lehdelleen tällaisen nimen hän jo sillä tahtoi osottaa, että hän siinä aikoi lujasti iskeä sivistyselämämme arkoihin puoliin. Lehden kirjoitukset herättivät siksi toisaalla suurta ihastusta, toisaalla vihaa.
Kun nyt Snellman tuli Ruotsiin, vetivät hänen ystävänsä siellä kohta hänet kirjallisiin töihin ja yhteiskunnalliseen elämään. Se olikin Ruotsissa paljon vilkkaampaa kuin Suomessa. Tosin sielläkin sensuuri oli kova, sanomalehtiä lakkautettiin tuontuostakin, nostettiin painokanteita, määrättiin ankaria rangaistuksia, mutta tällä ei oltu saatu elämää niin tukahdutetuksi ja hiljaiseksi kuin Suomessa. Päinvastoin ankarat toimenpiteet aiheuttivat vastalauseita ja melskeitä yleisön puolelta. Suuri yleisö, talonpoikainen rahvaskin, seurasi siellä jo maan asioita, se jo luki sanomalehtiä. Se voi sen tehdä, sillä sivistynyt sääty ja sanomalehdet käyttivät samaa kieltä kuin sekin. Toisin siis kuin Suomessa. Oli sen vuoksi luonnollista, että Snellmania suuresti viehätti päästä sanomaan sanansa yhteiskunnallisista, valtiollisista ja sivistyskysymyksistä ja hän kirjoitti ahkerasti nuorten ruotsalaisten kirjailijain sanomalehteen »Frejaan». Hän kirjoitti siihen tapansa mukaan suoria sanoja, jotka nostattivat häntä vastaan vihaisia kirjoituksia ja henkilökohtaisia parjauksia, toisaalta uusia ystäviä.
Mutta teki hän siellä vakavampaakin työtä. Pääasiallisesti tieteellisten opintojen vuoksi matkalle lähdettyään hän tutki uutterasti filosofiaa ja julkaisi tieteellisen teoksen »Akatemisista opinnoista» ja jatkon teokseensa »Filosoofinen alkeiskurssi». Sitten hän kirjoitti novellin »Sopii» jatkoksi erään ruotsalaisen samannimiselle kirjalle. Tämä ruotsalainen kirjailija oli koettanut todistella, ettei avioelämässä tarvita mitään muuta sidettä kuin rakkaus. Jos rakkaus loppuu, saa asianomaisten yhdyselämäkin katketa. Ja hän kertoo kahdesta nuoresta ihmisestä, jotka tällä tavalla olivat alkaneet elämänsä papin heitä yhteen vihkimättä. Samassa talossa he asuivat, mutta kummallakin oli oma taloutensa, omat tulonsa ja menonsa, joista toisen ei tarvinnut mitään tietää. Kun tähän teokseen ilmestyi jatko, luultiin yleisesti, että kirjailija itse oli siinä tahtonut kumota edellisessä osassa esittämänsä näkökannan. Vasta vähitellen selveni, että sen olikin kirjoittanut Snellman. Hän kuvasi, mitenkä noiden ihmisten elämä edelleen kehittyi. He eivät olleet ottaneet kantaakseen niitä velvollisuuksia, joita yhteiskunta avioliittoon meneville asettaa. Heitä eivät sitoneet yhteiskunnalle sen viranomaisten välityksellä annetut lupaukset, eikä heillä siis ollut mitään ulkoapäin tulevaa velvoitusta huolenpitoon toinen toisestaan ja lapsistaan. Kun sitten mies joutui asumaan kaukana vaimostaan, ei hänen velvollisuudentuntonsa, jota ei tukenut mikään ulkonainen side, ollutkaan kyllin luja. Vaimo ja lapset jäivät kurjuuteen. Mutta yhä surkeammaksi kävi miehen omakin elämä, samoin kuin toisen naisen, jonka hän oli sitonut itseensä yhtä löyhillä perusteilla. Kun hän sitten huomasi kaiken kurjuuden ja onnettomuuden, jota hän oli ympärilleen levittänyt, oli ainoa keino päästä sen painosta jättää elämä.
Snellman oli sitä mieltä, että ihminen ei voi löytää onneaan yhteiskunnan ja sen lakien ulkopuolella. Ensi katsannolta tosin tuntuu siltä kuin lait ainoastaan rajoittaisivat hänen vapauttaan. Mutta itse asiassa ne suojelevat häntä asettamalla esteitä toisten mielivallalle, joka saattaisi tulla hänenkin vahingokseen. Ihmisen on vain sovellettava tahtonsa ja tekonsa lakien, s.o. yhteiskunnan etujen mukaiseksi, silloin hän on vapaa. Tällöin tietysti edellytetään, ettei laki ole kuollut kirjain, vaan laki, »joka elää yhteiskunnassa, se on: jota yhteiskunnan jäsenet pitävät kunniassa ja noudattavat».
Ruotsista Snellman meni Tanskaan, Saksaan ja Sveitsiin. Hän pääsi näkemään erilaista sivistystä, erilaisia oloja, tutustui eteviin tiedemiehiin ja niin kokosi matkalta tavattoman paljon uusia kokemuksia. Ettei hän siellä kulkenut vain levätäkseen, ihaillakseen kauniita maisemia ja nauttiakseen, siitä on todistuksena hänen matkan jälkeen kirjoittamansa teos »Saksanmaa, kuvauksia ja arvosteluja matkalta». Terävällä silmällä hän katseli ja arvostellen kirjoitti sikäläisestä yhteiskunnallisesta ja kirkollisesta elämästä, taloudesta, kulkuneuvoista, taiteesta y.m. Tieteellisten tutkimustensa tuloksena hän Saksassa ollessaan julkaisi saksankielellä filosoofisen teoksen »Personallisuusaatteen kehittyminen», mikä teos tuotti hänelle alallaan Pohjoismaiden etevimmän tiedemiehen maineen.