Matkallakin ollessaan hän oli usein kirjoittanut Freja-lehteen ja palattuaan Tukholmaan hän jälleen liittyi sen toimittajiin taaskin herättäen huomiota kirjoituksillaan. Mutta tieteellisiin töihin hän aina ehti. Nyt hän kirjoitti ruotsiksi suuren tieteellisen teoksensa »Valtio-oppi». Teos tunnustettiin mestarilliseksi, ankaran vakaumuksen ja työn tulokseksi. Mutta vanhoillisille se ei täysin kelvannut, sillä olevien olojen loukkaamattomuuden ja muuttumattomuuden kannalle hän ei voinut asettua. Eivät liioin antaneet hyväksymystään vapaamieliset, niin lujia velvollisuuksia hän asetti jokaiselle yhteiskunnan jäsenelle perheeseen ja valtioon nähden.
Snellmanin mieli paloi jo kotimaahan. Hänen ruotsalaiset ystävänsä kehoittivat häntä jäämään Ruotsiin sanoen, että hän jotenkin varmaan ennen pitkää saisi professorinpaikan jossakin heidän yliopistossaan. Mutta Snellman ei antanut näiden houkutusten voittaa itseään. Vaikka hänen oli ollut puoli pakko lähteä Suomesta, vaikka hän tiesi, ettei häntä siellä ystävällisesti vastaan otettaisi, tahtoi hän sittenkin sinne mennä. Hän tiesi, miten paljon Suomen kansalta puuttui ja hänen rakkautensa siihen velvoitti häntä omalta osaltaan tuomaan apunsa kansalleen. Minkälaiseksi hän oli kansan tilan huomannut, näkyy kirjeestä, jonka hän aikaisemmin kirjoitti Suomeen eräälle ystävälleen.
Tässä kirjeessään hän sanoo, että »meidän isänmaaraukkamme on vuosisatoja vanhan epä-itsenäisyyden takia joutunut sille kannalle, ettei siinä ole mitään isänmaanrakkautta; sillä sivistynyt osa (ruotsalainen) ei vähintäkään välitä sivistymättömän (suomalaisen) henkisestä ja aineellisesta edistyksestä». Kansan enemmistö on pitkällisen sorron johdosta kääntynyt vain sisäänpäin eikä se osaa ajatella mahdolliseksikaan parempaa tilaa. »Ei suurta kansan enemmistöä koskaan voida kohottaa, niin kauvan kuin lainsäädäntö- ja opetuskieli on ruotsi. Siksipä ei voinekaan löytyä isänmaan ystäviä sivistyneiden joukossa; sillä näiden täytyy lähteä kansakunnasta, ei välinpitämättömästä vieraasta rodusta.» Jos asiat saavat jatkua tällaisina, on Suomen kansa tuomittu kuolemaan. »Sivistyksen voima on sen ainoa pelastus.» Omaksi tehtäväkseen hän tämän johdosta käsitti huutaa kaikkiin ilmansuuntiin, että näin todella olivat asiat. Ja sitä huutamaan hän nyt Suomeen palasi.
Kuopioon.
Hänen tuli saada jotain työtä elääkseen. Yliopistoon hän olisi mielellään tullut, mutta sinne oli tie suljettu. Konsistoriossa pidettiin häntä edelleen »valtaistuimen ja alttarin» vihollisena, vallankumouksellisena, jota ei mitenkään ollut päästettävä ylioppilaita villitsemään. Hän tarjoutui erään sanomalehden toimitukseen. Siellä pelättiin lehden hänen tähtensä joutuvan rettelöihin ja evättiin. Lopulta hän sai paikan Kuopion yläalkeiskoulun rehtorina. Vallanpitäjät olivat tyytyväisiä. Vaarallinen mies oli kuin maanpakoon ajettu, sillä olihan hän nyt kaukana sydänmaassa, korpien keskellä, josta ei suurikaan huuto herrojen rauhaa häiritsisi.
»Saima».
Mutta Snellman ei kuluttanut aikaansa Kuopiossa vain koulun johtamisessa. Hän alkoi v. 1844 julaista uutta ruotsinkielistä, kerran viikossa ilmestyvää sanomalehteä »Saima». Se oli todella »huutavan ääni korvessa». Sillä tavalla ei Suomessa oltu sanomalehteä ennen toimitettu. Kirjoituksissa käsitellyistä aiheista ei oltu ennen julkisesti keskusteltu. Ja vaikka muissa lehdissä puhuttiin samoistakin asioista, ei niissä kirjoitettu samalla tavalla kuin »Saimassa». Niin pirteitä, niin arvostelevia, niin ivallisia ja niin leikillisiä kirjoituksia kuin Snellmanin kynästä lähti, ei oltu totuttu näkemään. Siksi lehti sai tilaajia ja uteliaisuudella sitä aina odotettiin. Jo lehden ensimäisessä numerossa, kirjoituksessa, jolla lehteä yleisölle tarjottiin, oli pisteliäitä sanoja sivistyneitten harrastuksista:
»Ja sitä paitsi saattaa Saima yhtä hyvin kuin kuka muu hyvänsä vakuuttaa — — — hyödyttävänsä ja huvittavansa, tarjoovansa samalla valaisevaa ja viehättävää lukemista, suosivansa varsinkin isänmaallisuutta j.n.e., sillä hän tietää, että kunnioitettu yleisö ei missään tapauksessa ota hänen vakuutuksiaan todeksi, koska yleisö yhtä vähän kuin Saimakaan osaa vieraalla kielellä sanoa, mitä isänmaallisuus oikeastaan on, koska yleisö muuten on jo ennestäänkin valistunut ja koska ainoastaan kortinpeluu on viehättävää.»
Saiman tärkein merkitys on kansallisuuskysymyksen selvittely. Sivistyneelle säädylle siinä Snellman puhui, mitä kansallisuus on ja mikä oli tämän sivistyneen säädyn velvollisuus kansallista sivistystyötä kohtaan. Snellman sanoo, että »sivistys, joka ei ole kansallinen, ei voi myöskään olla totinen, yleisinhimillinen sivistys. Se on silloin ainoastaan ulkonaista tottumusta, samankaltainen kuin apinan tai koiran kouluutus. Sellainen sivistys ei voi saavuttaa mitään harrastusta kansakunnassa, siltä puuttuu kaikki itsenäisyys, kaikki kehittymisvoima. Ja kansan, joka ei koskaan pääse sen korkeampaan sivistykseen, täytyy itsensä kukistua ja hävitä kansakuntana olemasta». »Mutta itsenäisen sivistyksen jossakin kansassa täytyy tulla ilmi sen omalla kielellä.» Siksi kansakunnan kielen täytyy olla kirjallisuuden kielenä, koulujen opetuskielenä. »Koetetaan kai ehkäistä tämän sovittamista meidän oloihimme tuolla väitteellä: ruotsihan on maassamme sivistyneiden äidinkielenä.» Kuinka he voisivat kirjoittaa suomeksi? Ja toiselta puolen he, sivistyneet, ovat ainoat, jotka pystyvät kirjallisuutta luomaan. Tässä ei ole kuin kaksi mahdollisuutta: joko nämä sivistyneet, kuten usein tapahtuu, pitävät itseään suomalaisina, joten he, käyttämällä ruotsia, tunnustavat olevansa vieraan sivistyksen ja vieraan kielen orjia, ja silloin on tämä ies poistettava; tahi he väittävät ruotsalaista sivistystä ja ruotsinkieltä omikseen, jolloin he kokonaan luopuvat suomalaisesta kansallisuudesta, sanoi Snellman.
Nyt me tiedämme, että tämän perusteen mukaan jako sivistyneissämme tapahtuikin. Toiset myönsivät olevansa suomalaisia ja rupesivat palvelemaan suomalaista sivistystä, ajamaan suomalaisen kansan pyrkimyksiä. Toiset sanoivat olevansa ruotsalaisia ja joutuivat usein taistelemaan kynsin hampain suomalaisten sivistyspyrkimyksiä vastaan. Snellmanin kirjoitukset olivat niin voimakkaita, niin vaativia ja niin vaikuttavia, että ne pakottivat ihmiset ajattelemaan ja määräämään kantansa.