Mutta tulivat uudet ajat. Keisari Nikolai I kuoli ja valtaistuimelle nousi jalo Aleksanteri II. Samaan aikaan käyty sota ja tämä hallitsijanmuutos käänsi koko Venäjän sisäisen elämän uuteen suuntaan. Vapaammat ajat koittivat Suomellekin. Senaattiin ja maamme muihin korkeimpiin virkoihin tuli uusia miehiä ja ne ymmärsivät myöskin Snellmanin työn arvon. Niinpä yliopiston varakansleri kehotti Snellmania kirjoittamaan hänen, varakanslerin, nimessä keisarille, että yliopistoon tarvittaisiin opettaja, jonka neuvot suorastaan olisi tarkotettu herättämään nuorisossa vakaumuksellista halua hyviin tapoihin ja ahkeruuteen. Jotta virka näyttäisi mahdollisimman viattomalta, ehdotettiin uudelle opettajalle »siveysopin ja tiedetten järjestelmän» professorin nimeä. Tässä nimessä ei saanut tulla näkyviin sana filosofia, koska Venäjän kaikissa yliopistoissa oli edellisinä vuosina lakkautettu filosofian professorien virat. Korkeimmassa paikassa hyväksyttiin ehdotus ja tähän virkaan nimitettiin Snellman monien virkamiesten salahankkeiden, juonien ja keisarille asti kanneltujen panettelujen rauetessa tyhjiin. Ylioppilaat ottivat Snellmanin riemuiten vastaan. Mutta Snellmanin tie ei ollut vielä sileä.
Hän oli nyt päässyt työhön, johon hän alunpitäen oli valmistautunut. Hän sai istuttaa nuorukaisiin samaa totuudenrakkautta ja velvollisuudentuntoa, joka ohjasi hänen omaakin elämäänsä. Mutta edelleen tuli hänen voimakkaasti taistella ajamainsa asiain puolesta. Vaatipa yleinen asema häntä esiintymään tavalla, jonka monet selittivät hallituksen mielistelemiseksi. Suomessa oli joissain piireissä lausuttu mielipiteitä, joissa ilmeni tyytymättömyyttä ja halveksumista Venäjän valtaa kohtaan ja viittauksia siihen suuntaan, että parempi olisi ollut olo Ruotsin vallan alla. Näistä mielipiteenilmauksista saivat lisäyllykettä Ruotsin sanomalehdet, jotka muutenkin olivat sitä mieltä, että itämaisen sodan aikana Ruotsin olisi tullut koettaa valloittaa takaisin Suomi. Ja uskoteltiin, että se olisi ollut hyvin helppoa. Suomessa muka olivat olot kurjan kurjat, joten suomalaiset yleisesti olivat tyytymättömiä Venäjään, valmiit nousemaan kapinaan ja yhtymään Ruotsiin, kun vain merkki annettaisiin. Omankin maamme nuorissa miehissä, varsinkin täältä Ruotsiin muuttaneissa, oli sellaisia, jotka olivat mukana näitä uskomattomia juttuja laatimassa. Näitä sanomalehtikirjoituksia koottiin kirjasiksi ja niitä levitettiin Suomeen ja tieto niistä joutui keisarille asti. Suomessa tietenkään ei valmisteltu mitään kapinaannousua, selvänä todistuksena siitä olivat tapahtumat sodan aikana: kun englantilaiset tulivat pommittamaan ja hävittämään rannikoltamme, eivät he missään saaneet asukkailta apua eikä ystävällisyyttä, päinvastoin monessa paikassa heitä ammuskeltiin. Mutta levitetyt jutut saattoivat kuitenkin herättää hallitsijassa epäluuloa. Tämän ikävän asiaintilan sai Snellman hälvennetyksi kirjoittamalla sanomalehteen voimakkaita kirjoituksia, joissa hän osoitti, mistä nuo ilkeät jutut olivat kotoisin, ja lausui tuomionsa niistä sekä niiden kirjoittajista, jotka ajattelemattomilla teoillaan voivat aiheuttaa maalle vaikka minkälaisia vaurioita. Snellmanin vaikutusvalta yleiseen mielipiteeseen ja hänen sanojensa merkitys oli tähän aikaan jo niin suuri, että hänen kirjoituksensa sillä kertaa poistivat vaaran.
Hän oli tehnyt maalleen arvaamattoman palveluksen. Mutta hänen vastustajansa julkaisivat sekä Suomen että Ruotsin lehdissä kirjoituksia, joissa hänet leimattiin onnenonkijaksi, joka oli esiintynyt mieliksi vallanpitäjille saadakseen heidän suosionsa. Hän oli muka kieltänyt kaikki entiset oppinsa ja ryhtynyt ajamaan hallituksen pyyteitä. Todellisuudessa hän ei ollut luopunut kannastaan vähääkään. Hän oli aina ollut jyrkkä laillisuuden puolustaja, joka ei voinut hyväksyä minkäänlaista lain halveksimista. Jos hallituksen suhde häneen olikin muuttunut, oli se tapahtunut vain siitä syystä, että hallituksessa olevat miehet oppivat vähitellen paremmin tuntemaan hänet. He näkivät, että vaikka hän lujasti vaatikin parannusta epäkohtiin, hän ei silti ollut mikään vallankumouksellinen, vaan laillisten olojen kannattaja.
Snellman oli rohkea. Hän kirjoitti lehteensä asioista, joista siihen saakka ei oltu sallittu puhua julkisuudessa. Niinpä eräs kirjoitus sisälsi selonteon Suomen valtiovelasta. Toisessa kirjoituksessa oli taas viittaus säätyjen kokoonkutsumisen tarpeellisuudesta. Oli puhe suunnitelluista rautateistä ja Snellman sanoi, että niiden rakentamiseen tarvittava laina vaati säätyjen takausta. Se seikka, että Snellman sai näin puhua, lie johtunut hallituksen muuttuneesta suhteesta häneen. Ettei hän suosiota tavotellut, sitä osottaa hänen aikaisempi kirjoituksensa rautatieasiassa. Hän nim. asettui jyrkästi vastustamaan valtiovarain toimituskunnan päällikköä, joka oli ehdottanut ensimäisen rautatien sotilaallisista syistä rakennettavaksi Pietarista Turkuun. Snellmanin suunnitelmana oli: rautateiden kautta on yhdistettävä sisämaa meren rannikkoon, järvet mereen. Kansallisonnettomuus olisi minkään muun perusohjeen käyttäminen. Snellmanin kanta voitti. Hänen suunnitelmansa on myöhemmin täydellisesti toteutettu.
Maamme olot kirkastuivat yhä. Keisari käski senaatin valmistamaan selonteon asioista, jotka välttämättä vaativat säätyjen hyväksymistä. Tässä oli siis selvä lupaus valtiopäivien kokoonkutsumisesta. Suuri myönnytys maallemme oli myöskin oman rahan — hopeamarkan ja pennin saaminen (1860), vaikkakin toistaiseksi Suomessa käypien Venäjän seteleiden pakkokurssi teki rahamuutoksesta johtuvat edut vähäisiksi. Myöhemmin vasta saatiin rahalaitoksemme kokonaan riippumattomaksi Venäjän rahasta. Mutta valtiopäiväin kokoonkutsuminen lykkäytyi yhä tuonnemmaksi. Ja monien mielestä näytti siltä, kuin se siirtyisi aivan epämääräiseen tulevaisuuteen, jopa siltä, ettei valtiopäiviä kutsuttaisi koskaan, sillä annettiin julistus, joka määräsi kunkin säädyn valitsemaan 12 edustajaa valiokuntaan, joka tarkastaisi sille jätettävät asetusehdotukset maan olojen tilapäiseksi järjestämiseksi, kunnes valtiopäivät voitaisiin kutsua kokoon. Tämä oli surullinen pettymys kaikille. Tulisivatko valtiopäiväin tehtävät kokonaan siirtymään valiokunnalle? Osa senaattia pani vastalauseen tässä ilmennyttä perustuslain loukkausta vastaan ja yleisö oli kovin kiihtynyt ja levoton. Ne, jotka olivat olleet myötävaikuttamassa julistuksen syntyyn, huomasivat erehtyneensä ja pyysivät hallitsijaa peruuttamaan koko valiokunnan. Jalomielisesti hän antoikin selityksen, että valiokunta ainoastaan tulisi tekemään ehdotuksia, jotka lopullisesti käsiteltäisiin pian kokoonkutsuttavilla valtiopäivillä. Mutta tähän eivät tyytyneet kaikki äänet: toiset vaativat, että oli kieltäydyttävä valitsemasta jäseniä valiokuntaan, toiset, että vaalitilaisuuksissa oli pantava vastalause, koska valiokunta oli laiton. Nyt tarttui Snellman asiaan. Hänkin oli hyvin ymmärtänyt vaaran, minkä valiokunnan kokoontuminen täyttämään alkuperäisessä julistuksessa sille annettuja tehtäviä olisi voinut maalle tuottaa. Mutta kun asia kerran oli korjattu, kun oli nimenomaan selitetty, että valiokunnan käsittelemät asiat joutuisivat säätyjen ratkaistavaksi, ei hänen mielestään ollut mitään syytä vastustaa valiokunnan kokoontumista. Hän kirjoitti ankaria sanoja niitä vastaan, jotka kehoittivat kieltäytymään vaaleista, ja todisteli, että ainoa järkevä menettely oli luottamuksella suhtautua valiokuntaan. Jos niin tehdään, voidaan olla varmoja valtiopäiväin pikaisesta saamisesta, muuten oli kaikki epävarmaa. Ja valiokunta kokoontui 1862, täytti tehtävänsä, ja jo seuraavana vuonna, 1863, kutsuttiin koolle valtiopäivät.
Taas olivat Snellmanin neuvot osottautuneet oikeiksi. Mutta aivan hurjina hyökkäsivät hänen vastustajansa hänen kimppuunsa. Ylhäisten suosion tavottelussa hän muka oli mennyt niin pitkälle, että, hyväksymällä perustuslainvastaisen valiokunnan, oli kieltänyt maan valtiollisten oikeuksien olemassaolon. Taistelu, johon hän tällöin joutui, tuotti hänelle niin paljon katkeruutta, että muistot siitä säilyivät hänen elämänsä loppuun asti.
Korkeissa piireissä tultiin yhä enemmän vakuutetuiksi Snellmanin suurista kyvyistä ja nähtiin selvästi, että hän johti maan yleistä mielipidettä. Hänet oli siksi saatava maan asiain johtoon. Hänelle tarjottiin virka senaatissa kansliatoimituskunnan päällikön apulaisena. Snellman kieltäytyi. Hänelle oli rakas toimensa yliopistossa, hän oli täysin riippumaton sanomalehtimiehenä. Jos hän nyt ankarain kiistojensa jälkeen menisi senaattiin, pidettäisiin sitä todistuksena siitä, että hän oli niin jyrkkänä esiintynyt toivoen siitä palkkion saavansa. Hänelle tarjottiin saman toimituskunnan päällikön virkaa, mutta yhäkin hän kieltäytyi. Vasta kun hänen ystävänsä valtiovaraintoimituskunnan päällikkö sairastui ja sitä virkaa tarjottiin hänelle, suostui hän.
Vuosikymmeniä aikaisemmin, Snellmanin lähtiessä Ruotsista Suomeen, sanoivat hänen ystävänsä hänelle: »Joko sinut siellä hirtetään tai nimitetään senaattoriksi.» Tämä ennustus toteutui. Snellmanista, jota oli pidetty kansankiihottajana ja kumouksellisena, tuli senaatin jäsen.
Senaattorina.
Hänen ensimäisiä merkittävimpiä töitään senaattorina ollessa oli hallitsijan valtaistuinpuheen suunnitteleminen valtiopäiväin avajaisia varten. Tärkeimpiä kohtia tässä puheessa oli lupaus valtiopäivien määräajoittain kokoonkutsumisesta. Se oli perustuslaillisen elämän edellytys. Se oli kaikkien isänmaanystäväin harras toivo, joka nyt toteutui. Vähemmin muistettavia eivät ole sanat, jotka keisari itse puheeseen kirjoitti: »Ei mikään teko minun puoleltani ole voinut häiritä sitä luottamusta, jonka tulee vallita hallitsijan ja kansan välillä. Olkoon yhä edelleen, niinkuin tähänkin asti, tämä luottamus sen lujan sovun takeena, joka minut yhdistää Suomen rehelliseen ja uskolliseen kansaan.»