Kun Turku paloi, muutettiin yliopisto Helsinkiin. Runeberg siirtyi myös sinne. Hän jatkoi opiskeluaan ja tutkimuksiaan aikoen jäädä pysyvästi yliopistoon. Hänet nimitettiinkin »kaunopuheisuuden», s.o. latinankielen ja kirjallisuuden, dosentiksi. Mutta siitä ei hänelle tullut palkkaa. Elääkseen hänen täytyi hankkia itselleen kaikellaisia pieniä töitä: yliopiston konsistoorissa hän sai vähäpalkkaisen toimen, ja edelleen hänellä oli yksityisoppilaita, joiden lukujen opastamisella hän saattoi vähän ansaita.
Näihin aikoihin perustettiin »Lauantaiseura», josta ennen jo on kerrottu. Henkevä seurustelu toisten etevien nuorten miesten kanssa oli omansa kehittämään ja antamaan vakavuutta seuran jäsenten pyrkimyksille. Tässä seurassa lausuttiin Suomalaisen kirjallisuuden seuran syntysanat, ja tämän seuran jäsenten toimesta perustettiin Helsingin yksityinen lyseo, jossa sitten Runebergkin oli opettajana.
Hän sai olla myöskin sanomalehtimiehenä. Hän toimitti Helsingin Aamulehteä (Helsingfors Morgonblad) ja kirjoitti siihen huomiota herättäneet arvostelunsa Ruotsin kirjallisuudesta.
Tällä tavalla hän ansaitsi sen verran, että juuri toimeen tuli. Näinä aikoina hän meni naimisiinkin. Eläminen oli alotettava hyvin vaatimattomasti. »Vuokrattiin kaksi pientä huonetta, joissa vasta oli ollut puusepänverstas. Omin käsin morsian paperoitsi ja maalasi seinät ja katot, osti sitten vanhoja huonekaluja, joita veljensä kanssa korjaili, sai lahjaksi pari käytettyä hametta, joilla päällysti huonekalut, ja niin tulivat huoneet vallan hauskoiksi.» Näin puuhasivat he, vaikka morsian oli arkkipiispan veljentytär ja sulhanen opettajana yliopistossa. Myöhemmin he vuokrasivat itselleen suuremman huoneuston ja pitivät luonaan täyshoitolaisia.
Niukoilla tuloilla eläminen Helsingissä kävi kuitenkin ajan pitkään raskaaksi. Runeberg oli toivonut saavansa pysyväisen viran yliopistossa ja hän oli tehnyt paljon työtä valmistuakseen siihen. Hän ei kuitenkaan saanut sitä, vaikka tunnustettiinkin kilpailijaansa pätevämmäksi, sillä häntä pidettiin nuorisolle vaarallisena kiihkoilijana. Jonkun vuoden kuluttua hän siitä syystä siirtyi:
Porvooseen
lukion lehtoriksi. Porvoo oli pieni kaupunki, koulussa vallitsi huono järjestys, niin ettei paikka ollut erittäin houkutteleva. Mutta siellä oli kuitenkin vakinaiset tulot, jotka takasivat huolettoman toimeentulon.
Helsingistä hän ei lähtenyt mielellään. Hän oli tottunut ottamaan osaa ylioppilaiden rientoihin ja asumaan pääkaupungissa. Mutta meidän nähdäksemme Porvooseen muutto oli onni. Helsingin levottomassa elämässä hän kenties ei olisi saanut omistetuksi runoilutyölleen niin paljon aikaa kuin Porvoossa.
Koulutyönsä Porvoossa Runeberg teki mallikelpoisesti. Vaikka koulussa vallitsi aivan ilmeinen kurittomuus, ei hänen tunneillaan juuri kujeiltu. Hän oli tarvittaessa ankara, mutta osasi myöskin tepsivällä leikillä antaa ojennusta laiminlyömisestä tai vallattomuudesta. »Kerran tunnilla näpäytteli eräs poika teräskieliä, jotka oli pingoittanut pöytää vastaan. Samalla tunnilla sattui toinen poika, joka kävi tanssikoulua, osaamaan läksynsä huonosti. Ensinmainitun määräsi Runeberg 'soittamaan’ kielillään ja jälkimäinen sai tanssia, jotta toverit näkisivät, että he olivat oppineet 'edes jotakin’.»
Runeberg sai tilaisuuden saattaa koulun elämän järjestykseen, kun hänet pian valittiin koulun rehtoriksi. Aluksi, kouluun tultuaan, hän joutui useiden opettajatoveriensa epäsuosioon, vaatimalla ankaraa järjestyksenpitoa, johon he eivät olleet tottuneet. Mutta tämä vaali osotti, että hän silloin jo oli saavuttanut suosiota.