Samalla kun hän toimitti lehteään, hän yhä luki ja tutki varsinkin historiaa ja saavutti tohtorin arvon. Hän oli jonkun ajan opettajana Helsingin lyseossa ja haki sitten lehtorinvirkaa Vaasan kymnaasissa, päästäkseen vakinaiseen työhön. Jos tämä aie olisi saanut toteutua, on vaikea sanoa, minkälaiseksi olisi muodostunut Topeliuksen kirjailijatyö. Hänen ystävänsä ainakaan eivät pitäneet sitä suotavana ja he saivat vaikutetuksi asioihin niin paljon, että Topelius nimitettiin Suomen historian ylimääräiseksi professoriksi 1854 — virkaan, joka oli perustettukin juuri häntä varten. Näin hän voi jäädä Helsinkiin. Myöhemmin hänet nimitettiin Suomen, Venäjän ja Pohjoismaiden historian professoriksi, minkä viran hän taas vaihtoi yleisen historian professorin virkaan. Tällöin hän jo oli palvellut yliopistoa, jonka rehtorinakin hän oli, niin kauan, että parin vuoden kuluttua, 1878, hän pyynnöstään sai virkaeron täysin palvelleena, ja samalla hänelle annettiin valtioneuvoksen arvonimi.
Topelius oli äärettömän hyväsydäminen. Hän oli rakkauden saarnaaja. Tällä rakkauden pohjalla hän tahtoi tehdä työtä. Lapsille varsinkin hän tahtoi osottaa rakkauttaan. Lasten kasvatukseen ja koulukysymykseen hän uhrasi paljon huomiota. Hän ei ollut tyytyväinen, että koulu kasvatti vain älyä, antoi vain tietoja, mutta pani liian vähän painoa lasten siveelliseen kehittymiseen, siihen, että lapsista kasvaisi hyviä ihmisiä. Hän sanoi, että jokaisen koulun ovella pitäisi olla kirjoitus Täällä kasvaa lapsia Jumalan valtakuntaa varten. Tätä tunnuslausetta noudattaen vasta koulu olisi sitä, mitä sen tulisi olla.
Hänen rakkautensa ulottui eläimiin asti. Siitä ovat todistuksena hänen eläinsuojeluspuuhansa. Hän perusti lapsia varten yhdistyksiä, joissa heitä opetettiin rakastamaan pikkulintuja. Hän oli hyväntekeväisyyttä harjoittavan naisyhdistyksen sihteerinä j.n.e. Koko hänen Helsingissä-olonsa aika oli erittäin virkeää toimeliaisuutta.
Erottuaan yliopistosta hän muutti loppu-iäkseen asumaan Koivuniemeen Östersundomin pitäjään Uudellamaalla. Tämän kauniin paikan lepoa ja rauhaa hän sai nauttia lähes kaksi vuosikymmentä. Tämä aika on hänen suuruutensa aikaa. Sanomalehtimiehenä hän oli ehtinyt voittaa yleisön suosion täydellisesti. Yliopistomiehenä hän oli saanut opettajatoveriensa luottamuksen ja ylioppilaiden kunnioituksen osakseen. Runoilijana ja kirjailijana häntä ihailtiin kaikkialla ja jännityksellä aina odotettiin, mitä uutta Koivuniemestä tulisi.
Oli ollut aika, jolloin monet henkilöt syyttivät Topeliusta melkein suoraan isänmaan kavaltamisesta. Täällä oli sellaisia, jotka haaveilivat Suomen yhdistämistä takaisin Ruotsiin. Kun sitten tuli Itämainen sota ja englantilaiset hävittivät meidän rantojamme, kirjoitti Topelius paheksuvansa moista menettelyä. Tästä syystä alettiin häntä parjata, että hänet muka oli lahjottu venäläisillä rahoilla ja hän siksi näin esiintyi. Se aika oli Topeliukselle ylen katkera, mutta hän ei voinut ruveta puolustelemaan itseään, koska silloin kenties olisi ryhdytty ahdistelemaan hänen parjaajiaan. Halpamainen epäluulo, jonka laatuista on moniaiden muidenkin suurmiestemme osaksi tullut, haihtui vähitellen, ja yhä kasvavalla ihailulla luettiin hänen teoksiaan. Ja yhä suuremmalla kunnioituksella keräännyttiin hänen ympärilleen, milloin hän Koivuniemestään tuli Helsinkiin.
Hänen miehuutensa aika oli myöskin toisten suurmiestemme toimintakautta. Nuorempana miehenä jäi Topelius aluksi jonkun verran varjoon heidän suuruutensa rinnalla. Mutta kuitenkin jo hänen oma aikansa käsitti, että hänkin oli yksi meidän suurmiehiämme ja että hänen työnsä oli kansamme kehitykselle tavattoman suuriarvoinen. Hänen täyttäessään seitsemänkymmentä vuotta ja samoin, kun hän oli saavuttanut kahdeksankymmenen iän, pidettiin hänen kunniakseen Helsingissä kauniita juhlia, joissa Suomen kansan kiitollisuus rakastettua runoilijaa kohtaan lämpimänä ja vilpittömänä puhkesi ilmi.
Viimeisen juhlan jälkeen hän ei enää kauan elänytkään. Tyynesti ja rauhallisesti vaipui hän muutamaa viikkoa myöhemmin haudan lepoon v. 1898.
Mutta hänen työnsä elää yhä. Ne vaikutteet, joita hänen aikalaisensa saivat hänen historiallisista novelleistaan ja hänen monen monista näytelmistään ja lyyrillisistä runoistaan, uusiutuvat joka kerta, kun hänen teoksiaan luetaan tai katsellaan hänen näytelmiään. Kansakoululapsetkin tunsivat Setä Topeliuksen, kun hän käveli Helsingin kaduilla tai tuli kouluun lapsia tervehtimään, ja ilon humahdus kävi aina läpi koko lapsijoukon. Nyt hän ei enää tule luoksemme sillä tavalla. Mutta hänen saduissaan, Luonnonkirjassa ja Maamme-kirjassa tapaamme hänet yhtä lämpimänä, yhtä sydämellisenä ja yhtä hyviä opetuksia antavana. Tuohan jokainen satu, jokainen kertomus mieleemme jotain hyvää, johon meidän tulee pyrkiä. Ja tällä tavalla vaikuttaa Topelius yhä edelleen koko kansan suurena kasvattajana.
Hänen neuvojaan kuunnellaan varakkaimmissa kodeissa, niitä noudatetaan köyhimmissä majoissa. Kaikkialla luetaan hänen kirjojaan. Ja kun hän lapsille kirjoitti, hän tunsi työnsä vastuunalaisuuden. Pienet lukijat olivat herkkiä. Niille täytyi saada mahdollisimman hyvää. Maamme kirjaa hän valmisteli 19 vuotta, mikä osaltaan osottaa, kuinka tärkeänä hän tätä työtä piti. »Lapsille ei paraskaan ole kyllin hyvää», oli hänellä tapana sanoa.
Hän itse puhuu työstään: