Paroni Nicolay ei ollut tietämätön tästä asiaintilasta. Hän oli huomannut virkatovereissaan, niin senaatissa kuin valtakunnankansliassa, epärehellisyyttä ja laiskuutta, noissa muuten miellyttävissä, sivistyneissä miehissä, ja hän oli nähnyt vankiloissa vilaukselta "hukkaanmennyttä elämää", ihmisiä, jotka olivat nähneet parempia päiviä, mutta jotka olivat menneet alaspäin kohtalokkaiden olosuhteiden painosta, joita vastaan he eivät olleet jaksaneet taistella. Hän oli nähnyt joutuvan hukkaan jaloja luonteita, jotka kaipasivat vain hoitoa kehittyäkseen täyteen kauneuteensa ja luodakseen uusia, rikkaita elämänarvoja lohduttomalle maailmalle. Kun muut kysymykseen: mistä apu? vastasivat: vallankumouksesta, perustuslaista, yhteiskunnan kansanvaltaistuttamisesta, sivistyksen lisääntymisestä — muodostui vastaus Paul Nicolayn mielessä olennaisesti toiseksi. Ohi ulkonaisten hän näki sisäisiin — ei mikään järjestelmä voinut pelastaa, kun puuttui ihmisiä, jotka olisivat kyenneet pitämään sitä voimassa. Vie sairaalle mitä herkullisinta ruokaa, ja hän on kääntyvä siitä pois tai syö sen omaksi turmiokseen — mutta tee hänet terveeksi, niin hän voi käyttää ravinnokseen kovintakin leipää. Venäjä tarvitsi — sen Nicolay käsitti — yksityisten ihmisten koko olemuksen uudistusta elävän ihanteen ja katoamattoman toivon avulla — sitä elämänvoimaa, joka saadaan kosketuksesta elämämme vapahtajan Jeesuksen Kristuksen kanssa. Tämä tietoisuus auttoi hänet kuilun yli, joka erotti hänet venäläisistä ylioppilaista — ja hän tuli heidän tähtensä heikäläiseksi, "kreikkalaiseksi kreikkalaisten joukkoon", kirjoitti eräs, joka näki hänet työssä, "kaikeksi kaikille voittaakseen enimmät". Kun hän sittemmin ylioppilaitten maailmanliiton konferensseissa teki selkoa Venäjän ylioppilaselämästä — puhui yksityisten kaameasta yksinäisyydestä, terveydelle vahingollisista elämänoloista, siveellisestä neuvottomuudesta — ei hän enää puhunut siitä ulkopuolelta-katselijan tavoin, vaan hän oli eläytynyt kuvattavaansa, kärsimällä ja rakastamalla saavuttanut sen olemuksen.
Mottin lähdettyä paroni Nicolay ryhtyi levollisella, velvollisuudentuntoisella tavallaan, laatimatta suuria tulevaisuussuunnitelmia, työskentelemään käyttääkseen hyväkseen niitä virikkeitä, joita tämä käynti ehkä oli antanut. Kesän lopulla hän oleskeli ulkomailla ja oli ahkerassa kirjeenvaihdossa muutamien ylioppilaiden maailmanliiton johtajien ja työntekijäin, m.m. saksalaisen lähetyssaarnaajan Wittin kanssa. Oli toistaiseksi lähinnä varattava ulkomaalaisia puhujia, jotka olisivat halukkaat esiintymään Pietarissa, ehkä myös muissa Venäjän kaupungeissa, ensi lukuvuotena. Kuten tiedämme, oli paroni Nicolay jo ennen ulkomaanmatkaansa, heti kesällä saaristoon tekemäinsä lähetysmatkojen jälkeen, lähettänyt erohakemuksensa. Marraskuun 12:ntena siihen suostuttiin, ja nyt hän oli vapaa antautumaan uuteen tehtäväänsä. Olemme jo ennen nähneet, ettei hän kohta samalla luopunut vankilalähetyksestä. Tästä hän lakkasi vasta 1905 — ja silloinkin vastahakoisesti, työtaakan pakottamana, joka yhä kasvoi ylioppilastyön palveluksessa.
Marraskuussa Witt saapui Pietariin pitääkseen esitelmäsarjan saksalaisille ylioppilaille, ja hänen käyntinsä aikana kokoontui ryhmä kristillistä ylioppilasliikettä harrastavia henkilöitä neuvotteluun kirjakauppias Groten taloon. Kokous pidettiin marraskuun 18:ntena 1899, josta päivästä siten tuli Venäjän ylioppilasliikkeen syntymäpäivä. Siihen ottivat osaa, paitsi paroni Nicolayta, Witt, Grote ja muuan tämän ystävistä sekä neljä saksalaista ja yksi puolalainen ylioppilas, joka oli roomalaiskatolisesta perheestä, joskin itse protestantti. Tämän nuorukaisen oli johtanut omakohtaiseen uskonratkaisuun eräs Moodyn kirjanen, joka oli sattunut hänen käsiinsä pienessä antikvariaatissa. — Oli kokoonnuttu keskustelemaan työmahdollisuuksista ja keinoista — mikään muu ei ollut vielä ajateltavissakaan. Mutta tapahtuma tuntui kuitenkin suurelta ja tärkeältä. Paroni Nicolay kirjoitti siitä päiväkirjaansa: "Me odotamme Jumalan johtavan meitä askel askelelta, ja me käsitämme tämän alun merkityksen, se kun voi kehittyä sinapinsiemenestä suureksi puuksi. Kuinka tärkeätä on päästä alkamaan oikein!"
Hyvin pieni, todellinen sinapinsiemen tulikin ensi vuosien toiminta ylioppilaitten keskuudessa olemaan. Valtiollisen ja uskonnollisen pakkotilan vuoksi ei ollut työnvapautta, ei ollut toivoakaan, että evankeliumin sanoma pääsisi heti tunkeutumaan suuriin joukkoihin, vaan oli taistelemalla saatava lupa ja mahdollisuudet viedä se edes pienelle parvelle. Ensin saatiin kohdistaa työ vain protestanttisiin ylioppilaisiin. Heitä koetettiin kerätä lukemaan yhdessä raamattua ja kutsua kuulemaan ulkomaalaisten vierasten — Witten, Hartwigin, Baedekerin — esitelmiä. Suuremmat kokoukset pidettiin luterilaisen kaupunginlähetyksen huoneistossa. Eikä sinnekään päästy vaikeuksitta, sillä luterilainen pastori, joka oli tottunut viranomaisten aiheuttamiin selkkauksiin ja sitäpaitsi epäili uutta liikettä lahkolaismielisistä tarkoitusperistä, pysytteli aluksi verrattain torjuvalla kannalla. Paroni Nicolay näki paljon vaivaa selittääkseen hänelle, ettei hän "ollut mitään kirkkokuntaa vastaan tai niitten puolella, vaan Jumalan puolella syntiä vastaan". Vähitellen kuitenkin hälveni pastorin epäluuloisuus, ja hän osoittautui halukkaaksikin ottamaan osaa työhön, joskin hän vaati, että oli hankittava asianmukainen poliisilupa, ja että toimintaa oli varmuuden vuoksi pidettävä ikäänkuin saksalaisen N.M.K.Y:n työhaarana.
Raamattua tutkimaan ylioppilaat kokoontuivat kerran viikossa osaksi pastorin, osaksi paroni Nicolayn johdolla ja tämän kodissa. Näiden yksityisluontoisten kokousten osanottajain lukumäärä oli hyvin vaihteleva, mutta ei koskaan suuri: vielä toisena toimintavuotena oli tavallista, että vain kolme neljä ylioppilasta tuli koolle. Paroni Nicolay oli selvillä alusta alkaen, että liikkeen täytyi alkaa voittamalla jotkut harvat yksityiset — mutta oli joka tapauksessa masentavaa nähdä, kuinka harvat hän pystyi saavuttamaan, varsinkin, kun hänen ei ensi vuosina onnistunut johtaa ketään raamattupiirinsä jäsenistä todelliseen kristinuskolle suotuisaan ratkaisuun. Puolalainen S—sky oli kauan näistä nuorista miehistä ainoa, joka oli kääntynyt.
Kevät 1900 oli paroni Nicolayn työlle kuitenkin varsin rohkaiseva, hän kun sai kutsuja eri maitten ylioppilaskokouksiin: Turun suomalaiseen, Eisenachin saksalaiseen ja Versailles'n kansainväliseen. Kahteen jälkimmäiseen saamansa kutsun johdosta hän kirjoitti Mr. Mottille:
"Ehdotuksenne, että minä saapuisin Versailles'n kokoukseen, oli minulle yllätys, mutta kun toivon olevani Keswickissä heinäkuussa, teen parhaani ollakseni Versailles'ssa elokuussa. Tapahtukoon tässä suhteessa Jumalan tahto. Jos mahdollista, matkustaisin mielelläni Eisenachiin elokuun 9:ntenä. En tiedä toista työtä, joka minua niin viehättää ja johon niin suurella ilolla omistaisin elämäni kuin juuri Herran työhön ylioppilaitten parissa. Mutta toistaiseksi en ole saanut täysin ratkaisevaa merkkiä siitä, että Hän kutsuu minut siihen, ja siksi pysyttelen vielä pidättyväisenä, odottaen Mestarin määräyksiä, olivat ne minkälaisia tahansa. Joh. 3: 27." ["Ei ihminen voi ottaa mitään, ellei hänelle anneta taivaasta.">[
Paroni Nicolaylle tuotti myös paljon iloa, että hänet haluttiin mukaan Turkuun. Vaikka hänen osanottonsa Suomen ylioppilastyöhön tulee lähemmin käsiteltäväksi toisessa yhteydessä, voinee olla huvittavaa jo nyt, kun hän on ylioppilasjohtajanuransa alussa, kosketella hänen Turun kokouksesta saamiaan vaikutelmia ja hänen osuuttaan siinä. Molemmat ovat kuvaavia hänen käsitykselleen työstä, johon hän oli antautunut. Hän iloitsi Turussa siitä, että sai nähdä "150 henkeä, enimmäkseen mies- ja naisylioppilaita, koolla tällaisessa tarkoituksessa", mutta kokouksen järjestelyä vastaan hän teki erinäisiä muistutuksia. Ensinnäkin hän oli tyytymätön itse nimeen: "studentmöte med kristligt program" — ei vain ohjelman, vaan koko kokouksen tuli olla kristillinen, hän arveli. Toiseksi hän toivoi, että tulevat ylioppilaskokoukset kestäisivät vähintään neljä päivää eikä, niinkuin nyt, runsaasti kaksi; ohjelmaa ei saanut ahtaa niin lyhyeen aikaan. Nyt oli "liian paljon saarnoja, vähän lepoa, niukasti hengellisyyttä" — tarvittiin aikaa rukouskokouksiin ja yksityisiin keskusteluihin ja kuullun sulattamiseen. Ainakin yksi ilta piti eristää "jälkikokousta" varten yksityisiin keskusteluihin pääsemiseksi ylioppilaitten kansa, sillä "nuotta on vedettävä maalle, ja rauta taottava, niin kauan kuin se on kuuma". Yleisö ei saisi olla läsnä kokouksissa, sillä puheitten tuli ensi sijassa ottaa huomioon ilmoittautuneitten ylioppilaitten tarpeet, ja "yleisö häiritsi ja pinnallisti ja vei tilaa". —
Hyvin luonteenomainen on se määrätietoinen ote, jolla hän tarttuu ylioppilastyön niihin aikoihin asettamiin probleemeihin. Mutta varsinkin on hänelle kuvaava tuo pyrkimys kristillisen työn syventämiseen, sydämellistämiseen ja hengellistämiseen, joka ilmenee kaikissa hänen ehdotuksissaan. Tämä pyrkimys vallitsi myös hänen puheitaan, hänen osanottoaan keskusteluihin, ja jo nyt kävi selväksi, että hänellä oli aikanaan oleva huomattava sija Suomen ylioppilasliikkeessä.
Versailles'n kokoukseen paroni Nicolay matkusti, niinkuin oli aikonut, oltuaan ensin Keswickissä. Vaikka hän koko konferenssinajan tunsi itsensä hyvin sairaaksi, sai hän kuitenkin mielestään paljon mielenkiintoisista selostuksista, joita eri kansallisuuksien edustajat esittivät. Varsinkin häntä miellytti Kiinan edustajan esitys, hän kun sen kautta tuli ensi kerran välittömästi kosketuksiin Kaukaisen Idän kristinuskon kanssa. Itse hän pysyi tässä tilaisuudessa etupäässä kuulijana ja huomioittentekijänä.