Jos kukaan, sopi Krysostomus suuren kaupungin papiksi. Hienosti sivistyneenä ja oppineena tajusi hän oikein arvostella kaikkia noita vaihtelevia, monivärisiä ilmiöitä, joihin ihmiselämä tämmöisissä paikoissa pukeutuu, sekä oikein sovittaa sanansa eri olojen mukaan. Mutta hän ei ollut noita omaa kunniaansa etsiviä saarnaajia, jotka säilyttääkseen maailman ystävyyttä, huutavat: "rauha, rauha", vaikkei rauhaa olekaan; säälimättä paljasti hän Antiokian seurakunnan turmeluksen, säästäen yhtä vähän rikkaiden ja ylhäisten, kuin köyhäin ja alhaisten syntejä. Krysostomus oli oikeauskoinen, hän vihasi harhaoppisuutta sekä vastusti ankarasti kaikkea raamatun mielivaltaista selittämistä, joka tapa tähän aikaan oli käynyt hyvinkin yleiseksi, mutta tämä ei suinkaan ollut hänen ainoa ansionsa. Oppiriitojen aikakaudella, jonka kuluessa n.s. puhdasoppisuuden kuollut poostavi sai yhä suuremman merkityksen ja kristillisen elämän ehdot ja tunnusmerkit jäivät syrjäseikoiksi, tähtäsi Krysostomuksen saarna aina sanankuulijoitten sydämmiin, joita hän pyrki herättää elävään synnintuntoon, katumukseen, uskoon, toivoon, rakkauteen. Hänen saarnansa ytimenä oli tuo jumalallinen totuus "Jumalan valtakunta ei ole puheessa, vaan voimassa", ja tätä totuutta tahtoi hän sovitetuksi kaikkiin elämän oloihin. Eikä tarvinnut hänen sanoja hakea, ne oli hänellä aina valmiina, sujuen ihmeen helposti pukemaan hänen ajatuksensa mitä kauniimpaan muotoon. Krysostomus oli vanhan kirkon suurin puhuja; salaman kirkkaudella valasi hänen saarnansa synnin pohjattomat syvyydet, mahtavan kevättulvan voimalla särki se pirstaleiksi nimikristillisyyden rakentamat heikot tukeet, joilla tämä koetti suojella noita muka viattomia huvejansa maailman iloisilla rannoilla. Mutta hän ei saarnannut ainoastaan lakia, hän oli päinvastoin evankeelinen paimen, vaikka hän ei julistanut syntien anteeksiantamisen autuaallista sanomaa muille kuin katuvaisille syntisille, jotka isoivat ja janoivat vanhurskautta. Voimakkaasti hänen puheessaan kaikui Siinain pitkäisten jylinä, sanomattoman suloisesti kuului siinä evankeliumin todistus syntisten pelastuksesta Karitsan veressä. 12 vuotta vaikutti Krysostomus pappina Antiokiassa arvaamattomaksi siunaukseksi sikäläiselle lukuisalle seurakunnalle, kunnes hän sai toisen, vielä laajemman vaikutusalan.
Teodosius Suuren kuoltua olivat hänen poikansa Honorius ja Arkadius jakaneet valtakunnan keskenänsä; edellinen otti länsimaat, jälkimmäinen itämaat hallitaksensa. Suuren keisarikunnan mahtavuuden päivät olivat menneet; kaikkialla ilmaantui sen perikadon enteitä. Etenkin oli turmeluksen rutto nähtävänä suurissa kaupungeissa. Itäisen valtakunnan pääkaupunkina oli Konstantinopoli. Ulkonaisen mahtavuuden ja prameuden loistavan peitteen alla vietti pimeyden ruhtinas suuria voittoja, uhaten kokonaan tukehuttaa kaiken kristillisen elämän tässä kuuluisassa kaupungissa. Turhaan oli Konstantinopolin kokous (381), josta ennen on kerrottu, täkäläiselle piispalle omistanut patriarkan arvon: ulkonaista, maailman silmiin pistävää loistoa oli ennestään yltäkyllin, eikä Jumalan valtakuntaa milloinkaan ole edistetty arvonimillä, ihmiskunnian ja maallisen voiton etsimisellä. Muualta oli apu tuleva, ja se tulikin. Pelastuksen Jumala tahtoi vielä kerta herättää Konstantinopolin seurakuntaa synnin unesta. Välikappaleena käytti Hän Krysostomuksen.
Eräs Arkadiuksen hovin mahtava virkamies nimeltä Eutropius oli kuullut Krysostomuksen saarnaavan Antiokiassa, ja hänen vaikutuksestaan kutsuttiin tämä pääkaupungin piispaksi (397). Hyvin tietäen, miten vaikea tämä virka oli, ei Krysostomus millään ehdolla tahtonut sitä vastaanottaa, mutta turhat olivat kaikki hänen yrityksensä saada hovin päätöstä muutetuksi ja seuraavana vuonna hän vihittiin Konstantinopolin patriarkaksi. Raskaat olivat tästä alkaen hänen päivänsä, kovaa taistelua loppuun asti hänen elämänsä, mutta hän ei vaikeroinnut, masentunut, sillä hän tiesi Kristuksen seuraajan tien olevan ristin tien eikä odottanut lepoa ja rauhaa täällä viheliäisyyden ja synnin laaksossa.
Moni jalo opettaja oli ennenkin saarnannut Konstantinopolin seurakunnalle, mutta ei ollut kukaan niin voimakkaasti todistanut ristiinnaulitusta Vapahtajasta, kuin Krysostomus. Kun hän nousi saarnatuolille, ei silloin nukuttu kirkossa, miten lukuisa ja sekalainen kuulijakunta sitten olikin. Jumalan sanan terävällä miekalla iski hän sanankuulijoittensa sydämmiin, repien palasiksi kaikki nuo itsevanhurskauden kurjat verhot, joilla kääntymätön ihminen huolellisesti koettaa muilta ja itseltänsä salata kadotetun tilansa. Eikä Krysostomus nuhdellut ainoastaan noita törkeitä, kaikkea siveellisyyttä loukkaavia syntejä; rohkealla kädellä riisti hän maailman kevytmielisiltä huveilta ja turhilta menoilta sen vaipan, jonka alla tämän maailman jumala sivistyksen, ihannetaiteen y.m. varjonimellä levitti valtakuntaansa Kristuksen seurakunnassa, sekä todisti Jumalan sanalla, miten mahdoton on kahden herran palveleminen. Yhteiskunnan kaikkiin oloihin loi hän tarkan silmänsä, kaikkea pystyi hän arvostelemaan, kaikkeen uskalsi hän koskea. Keisarillisen palatsin komeat muurit, sen kullasta ja kalliista kivistä hohtavat huoneet eivät häikässeet häntä; teaterit, kilpa-ajonäytelmät, tämän maailman mahtavain loistavat seurat ja ylölliset pidot eivät voineet häntä pettää, sillä hän punnitsi nämä kaikki kristinuskon vaa'alla, jolla niiden arvo supistui höyhenen painoksi. Synti vain painoi äärettömästi — sen pohjaton turmelus oli havaittavana kaikkialla. Sitä vastustamaan, sitä vastaan taistelemaan oli Krysostomus tullut pääkaupunkiin — vaan eikö taistelu ole turha, eikö hän siinä ole horjuva, sortuva, lukemattomat ja mahtavat kun ovat hänen vastustajansa? Ei, hän ei pelkää, kuinka voimaton ja heikko hän itsessään onkin, sillä hän taistelee totuuden puolesta, Jumala on hänen kanssansa ja näkymättömät, taivaalliset sotajoukot vartioitsevat häntä.
Saiko Krysostomus esteettömästä, kenenkään häntä häiritsemättä saarnata parannusta valtakunnan suuressa pääkaupungissa, jonka pimeyden ruhtinas oli valloittanut? Jos niin olisi ollut, epäilisimme täydellä syyllä, ansaitsiko hän todella sen nimen [Nimi Krysostomus merkisee kultasuu.], jonka jo hänen oman aikansa kristityt hänelle omistivat. Ei ole vielä kukaan oikein, s.o. Jumalan sanan vaatimuksen mukaan, koskenut ihmissydämmen turmelukseen, hankkimatta itselleen vihamiehiä, eikä ollut Krysostomus monta kertaa saarnannut Konstantinopolissa ennenkuin kaupunki oli täynnä hänen vihamiehiänsä.
Heti alussa riitaantui hän yllämainitun Eutropiuksen kanssa. Tämä oli koettanut riistää kirkolta n.s. asyyli-oikeuden, jonka mukaan jokainen vainottu, paettuaan kirkon alttarin juurelle, oli turvassa, ja Krysostomus puolusti jäykästi tätä, samoinkuin muita kirkon oikeuksia, maallisen vallan sortoa vastaan. Sitä paitsi oli piispa monesti julkisestikin moittinut tuon mahtavan miehen hurjaa ja jumalatonta elämää. Eutropius koetti kostaa saattamalla piispan epäluulon alaiseksi hovin silmissä, toivoen tällä tavoin saavansa hänen poistetuksi kaupungista. Yrityksestä ei tällä kertaa kuitenkaan mitään tullut, Eutropius kun itse takertui toisten turmioksi kutomiin verkkoihinsa. Petoksillaan ja röyhkeän ylpeällä käytöksellään oli näet hänkin saavuttanut monta vihamiestä. Hovinkin luottamuksen oli hän ennen pitkää kadottanut eikä hänellä lopuksi ollut muuta neuvoa kuin, turvaten kirkon asyyli-oikeuteen, jota hän itse oli sortanut, paeta Herran huoneesen. Täällä tapasi hänen Krysostomus eräänä päivänä pelosta vapisevana alttarin juurella. Käyttäen tilaisuutta kuvasi hän tämän kohtauksen johdosta seurakunnalle maallisten olojen vaihtelevaisuutta, turhuutta, muistuttaen onnetonta, miten hän hyvillä ja ankarilla sanoilla oli häntä neuvonut, varoittanut, nuhdellut, vaan aina turhaan. Saarna, jonka hän silloin piti, on meille säilynyt; se sisältää syviä totuuksia, joita Krysostomus tapansa mukaan on pukenut verrattoman kauniisin sanoihin ja vertauksiin. Jalolla saarnallaan sai piispa onnettoman hengen tällä kerralla pelastetuksi vimmastuneen kansan ja sotamiesten vihalta, mutta kun Eutropius myöhemmin pakeni kirkosta ja matkusti Kyproon, vangittiin hän siellä ja mestattiin.
Mutta Krysostomuksella oli muitakin mahtavia vihollisia, niiden joukossa keisarinna Eudoxiakin, jonka jumalattomuutta hän monesti oli nuhdellut. Hyvin hän tiesi, miten vaarallinen hänen asemansa oli, vaan eivät varoitukset eivätkä uhkaukset saaneet häntä muuttamaan saarnatapaansa. Yhdeltä ainoalta kerjäsi hän armoa, ja Hänelle tahtoi hän pysyä uskollisena elämänsä loppuun asti, huolimatta ihmisten ystävyydestä, pelkäämättä heidän vihaansa. Näin asiain ollen leimahti maailman viha häntä kohtaan piankin ilmituleen.
Länsimaissa oli Origineksen teoksia jo kauan luettu epäluulolla. Itämaissa sitä vastoin arvosteltiin häntä toisin, ja puhdasoppisuuden täkäläiset etevimmät edustajatkin, niinkuin Atanasius, Basilius y.m., jotka suureksi osaksi olivat koonneet jumaluusopillisen sivistyksensä juuri tuon mainion kirkkoisän uskonopista, pitivät häntä suuressa arvossa. Kuitenkin oli täälläkin vastapuolue syntynyt, joka väitti ariukselaisen harhaopin saaneen alkunsa Origineksen vääristä väitelmistä ja senvuoksi kovasti vastustivat hänen kirjoituksiaan. Alussa taistelivat egyptiläiset munkit keskenänsä tämän riitakysymyksen johdosta, mutta sittemmin levisi kiista muuallekin. Etenkin Palestinassa kävi se hyvin kiihkosaksi. V. 394 tuli Salaminin piispa Epifanius (k. 403) Jerusalemiin, Hän saarnasi Originesta vastaan, jota taas täkäläinen piispa Johannes innokkaasti puolusti. Yhä kiivaammaksi yltyi riita, kunnes Aleksandrian piispa Teofilus, joka oli mieltynyt Originekseen, sai sen täällä asettumaan. Tämä kunnianhimoinen, tämän maailman tavaroihin rakastunut mies oli kuitenkin syynä siihen, että sama kiista ennen pitkää syntyi uudelleen. Taistelu siirtyi tällä kertaa Konstantinopoliin, tarjoen Krysostomuksen lukuisille vihamiehille kauan odotetun tilaisuuden hyökätä häntä vastaan.
Asian laita oli seuraava. Teofilus oli suuttunut entisille ystävilleen, muuttanut mielipiteensä, niinkuin senkaltaiset miehet helposti tekevät, sekä ajanut maanpakoon suuren joukon egyptiläisiä munkkeja. Vainotut pakenivat Konstantinopoliin ja Krysostomus otti suojellaksensa heitä. Hän kyllä selvästi näki näiden munkkien joutuneen harhateille opin suhteen eikä suinkaan puolustanut niitä Origineksen mielipiteitä, jotka olivat antaneet aihetta heidän eksytyksiinsä, mutta hän ei saattanut hyväksyä Teofiluksen menetystapaa heitä kohtaan sekä oli liiaksi valistunut kannattaaksensa niiden käsitystä, jotka muutamien erehdyksien vuoksi vaativat kirkkoa kiroomaan miestä, semmoista kuin Origines. Saatuansa kuulla, että Krysostomus ystävällisesti oli munkit vastaanottanut, lähti Teofilus Konstantinopoliin. Hän tiesi, miten voimakkaasti Krysostomus oli vastustanut syntiä ja todistanut Herrasta tässä kaupungissa, mutta tämä seikka ei arveluttanut häntä, päinvastoin oli se hänelle kehotukseksi ryhtymään taisteluun tuota kuuluisaa miestä vastaan, jolla juuri täällä oli monta vihamiestä. Ystävällisesti pyysi Krysostomus Teofilusta luonansa asumaan, mutta tämä kieltäysi ja sai nyt asunnokseen erään keisarillisen huvilan kaupungin ulkopuolella. Täällä hän ahkeraan kutoi verkkojaan, sepitteli juoniaan, ja kaikkialta tulvasi hänen luoksensa samanmielisiä hengellisiä. Kun nämä, peläten kansaa, eivät uskaltaneet esiintyä Konstantinopolissa, kokoontuivat he kirkolliskokoukseen Kalcedoniin, missä Krysostomuksen kanta päivän kysymyksen suhteen muka oli tutkittava. Mitä törkeimmällä tavalla tuli kokouksen oikea tarkoitus heti ilmi. Krysostomusta vastaan tehtiin jos minkälaisia syytöksiä: hän oli muka tuhlannut kirkon omaisuutta, laiminlyönyt kristillisen vieraanvaraisuuden vaatimuksia, nukuttanut seurakuntaa myötäänsä kehottamalla sitä parannusta tekemään sekä yllyttänyt kansaa kapinaan. Yksimielisesti päätettiin, että Krysostomus oli erotettava virastansa. Päätös lähetettiin keisarin vahvistettavaksi; sitä seurasi näin kuuluva kirjoitus: "Hurskas keisari valvokoon tuomitun poistamista kirkosta sekä että hän saa erityisen rangaistuksen majesteetirikoksestaan, sillä ei sovi meidän, piispojen, sitä tutkia".
Näitä vehkeitä toimitettaessa, oli Krysostomus tyyni, horjumaton, niinkuin kallio myrskyn lähestyessä. Noin neljäkymmentä uskollista paimenta oli kokoontunut hänen luoksensa. Heille hän puhui lohdullisia, vakavia sanoja, jommoisia ainoastaan se puhuu, joka Kristuksen seuraamisessa on oppinut voittamaan maailman. Saatuansa tiedon Kalcedonissa tehdystä päätöksestä, kiiruhti kansa joukottain rakkaan piispansa luoksi, puolustaaksensa häntä väkivaltaa vastaan. Krysostomus esiintyi asumuksensa edustalla. "Aallot kuohuvat" lausui hän "mutta me emme pelkää hukkua, sillä me seisomme kalliolla. Meri pauhaa, mutta Jesuksen laiva ei milloinkaan joudu haaksirikkoon. Sanokaat, mitä me pelkäisimme? Kuolemaako? Kristus on minun elämäni ja kuolema on minun voittoni. Maanpakoako? Maa on Herran ja kaikki mitä sen päällä on. Tahi pelkäisimmekö kadottaa maallisen omaisuutemme? Emme ole mitään maailmaan tuoneet emmekä saata mitään täältä viedä muassamme. Minä ylönkatson mitä tämä maailma kutsuu pelättäväksi, sen loistoa minä pilkkaan. Köyhyyttä en pelkää enkä halaja rikkautta. En kammoksu kuolemaa enkä toivo saavani elää, ellei se ole teille hyödyksi. Sentähden kehotan teitä levollisuuteen. Ei kenkään ole minua teistä erottava, sillä Jumala on meidät yhdistänyt… En minä omiin voimiini luota: minulla on Herran lupaus, joka kuuluupi näin: minä olen läsnä teitä joka päivä maailman loppuun asti. Kristus on minua läsnä, ketä minä pelkäisin! Kohotkoot meren aallot vaikka kuinka korkeiksi, raivotkoon tämän maailman ruhtinas minua vastaan — kaikkea tätä pidän hämmähäkin verkkoa heikompana. Alituisesti minä huokaelen: tapahtukoon Herra sinun tahtosi, ei niin eikä näin, vaan niinkuin Sinä tahdot. Hänen sanansa on minun linnani, minun kallioni, se sauva, johon luottamuksella saatan turvautua. Jos meidän paikan suhteen täytyisiki toisistamme erota, olemme kuitenkin rakkaudessa yhdistetyt. Ei kuolemakaan voi meitä toisistamme erottaa; jos ruumiini kuolee, on minun sieluni elävä ja muistava seurakuntaa. Olen valmis tuhannen kertaa uhraamaan henkeni teidän edestänne; älkäät minua siitä kiittäkö — minä teen vain velvollisuuteni, sillä jokainen hyvä paimen antaa henkensä lampaitten edestä. Kuolema vie minun kuolemattomuuteen, vainot tuottavat minulle oikean turvan. Ei minua vainota synnin tähden, rakkauteni tähden teitä kohtaan minua maailma vihaa, koska olen taistellut poistaakseni pahaa seurakunnastani, jotta ei viekas vihollinen pääsisi raatelemaan lampaita".