Yllämainittujen rakkaitten omaistensa hoitamana sairasti Paavo Ruotsalainen pitkällistä ja kovaa tautiaan. Jo siihen aikaan, jolloin puoluehengen nostamat riidat alkoivat hävitystyötään Pohjanmaan herännäisyyden mailla, oli hän niin heikko, ettei hän kyennyt ryhtyä tuhoa estämään. Niinkuin ennen on mainittu, oli hän jo 1840-luvun viimeisinä vuosina enimmäkseen vuoteen omana, ja vuodesta 1850 alkaen kiihtyi hänen tautinsa niin kovaksi, ettei hän kodissaankaan paljon ensinkään jaksanut omin voimin liikkua. Hengenahdistus ja siihen liittyvät tuskat heikensivät tuon tuostakin hänen voimansa niihin määrin, että omaisensa ja ne lukuisat ystävät, jotka kävivät häntä tervehtimässä, usein luulivat, että loppu oli hyvinkin likellä. Mutta hän eli vielä koko seuraavan vuoden, jaksaen joskus pitemmältäkin puhutella omaisiaan ja vieraitaan, vieläpä sanella kirjeitäkin oikaisuksi ja ohjeeksi herännäisyyden taisteleville johtomiehille sekä sielunsa tilasta häneltä neuvoa kysyville. Monesti kääntyivät hänen puoleensa hänelle persoonallisesti tuntemattomatkin henkilöt. On säilynyt jälkimaailmalle Paavon tämmöisiin tiedusteluihin vielä hänen elämänsä viimeisenä vuotena sanelemia kirjallisia vastauksia. Semmoinen on esim. hänen kirjeensä "Tuntemattomalle, rakkaalle Olov Helanderin rouvalle", jota hän varoittaa "pyrkimästä lain kautta vanhurskaaksi" sekä kehoittaa "uskossa harjoittamaan sisällistä ikävää, kunnes Kristus armossa katsoisi hänen puoleensa".
Ihmeteltävällä kärsivällisyydellä kesti vanhus kovat ruumiilliset tuskansa; ani harvoin kuului hänen suustansa valitusta, kärsimättömyyden purkauksia tuskin koskaan. Kun tuommoinen kova kohtaus meni ohi, ja hän sai vähän lievennystä, kehoitti hän omaisiaan tai vieraitaan, jos niitä talossa oli, kiittämään Herraa, usein määräten veisattavaksi lempivirtensä "Oi Herra, ilo suuri".
Kovaa hengellistä taistelua taisteli Paavo monesti kuolinvuoteellaan. Hänen paraikaa vireellä oleva oikeusjuttunsa ei näy suuremmassa määrässä hänen mieltään painaneen. Tässä asiassa oli hän, niinkuin ennen on mainittu, turvallisesti "vedonnut korkeampaan oikeuteen". Sensijaan painoi toinen huoli hänen mieltään, tuottaen hänelle usein mitä kovimpia kiusauksia. Olemme monesti ennen maininneet, että kyky tutkia henkiä Ruotsalaisen vastustajainkin todistuksen mukaan oli hänen huomattavimpia lahjojaan. Jos hän joskus itsekin ystäviensä kiittävien tunnustusten houkuttelemana tyytyväisenä oli laskenut ajatuksensa tuohon suuntaan, ei hän kuoleman kynnyksellä sitä enää tehnyt. Monesti kuultiin hänen valittavan: "Mitä minä tilinteon päivänä vastaan, kun usein olen lohduttanut, missä olisi pitänyt nuhdella, ja nuhdellut, kun olisi pitänyt lohduttaa". Niin ahtaalle joutui hän joskus tämän kiusauksen ahdistaessa, että Jumalan armo häneltä miltei kokonaan salautui. Kerran kun muuan ystävä, jota hän ei ensinkään tiennyt odottaa, tuommoisena hetkenä saapui hänen luoksensa, lausui Paavo: "Hyvä että tulit, olisin muutoin epäuskoon aivan hukkunut". Mutta oli kiusauksensa, tuskansa mikä hyvänsä, ja koetteli Herra hänen uskoaan jos kuinka kuumassa tulessa, ei eksynyt hän Jumalan "armolle määriä panemaan", ei silloinkaan kun häntä neuvottiin turvallisesti katsomaan vain Jumalan Karitsaa, vaan lausui: "Antakaa Herran toimittaa asiansa; tämä on minun osani". Hän odotti Jumalan todistusta ja kilvoitteli, kunnes hän sen sai. Näin saarnasi Paavo Ruotsalainen vielä kuolinvuoteellaankin omalla esimerkillään sitä oppia, jota hän pitkän elämänsä aikana oli ihmisille julistanut.
Kovia aikoja ennusti Paavo kuolinvuoteellaan herännäisyydelle ja koko Suomen kirkolle. Niinpä hän esim. muutamille, hänelle hyvästiä jättämään saapuneille ystäville pari viikkoa ennen kuolemaansa lausui: "Minä pääsen pois, mutta voi teitä, jotka tänne jäätte — teille tulee suuri eksytyksen henki". Epäilemättä tarkoitti hän näillä sanoilla alkaneen jaon tuottamaa onnettomuutta ja sitä seuraavaa hengellisen kuoleman valtaa monella herännäisyyden merkkipaikalla, mutta puhuipa hän sitäpaitsi toisestakin vaarasta, joka eksyttäisi suomalaisia "palvelemaan käsillä tehtyjä jumalia". Huomiota ansaitsee niinikään Paavon Nilsiän herännäisyydestä jo ennen lausuma ja kuolinvuoteellaan uudistama ennustus: "Täällä ei herää ihmisiä, ennenkuin kolmenkymmenen vuoden perästä".
Niistä henkilöistä, jotka Ruotsalaisen viime aikoina kävivät häntä tervehtimässä ja hänelle hyvästinsä jättämässä, ovat seuraavat eniten tunnetut: L. J. Niskanen, K. A. Malmberg, J. I. Bergh, P. J. F. Brofeldt ja B. K. Sarlin. Viimemainittu, joka siihen aikaan oli ylimääräisenä pappina Nilsiässä, antoi hänelle kahdesti Herran ehtoollista, 1851 vuoden lopussa ja seuraavan tammikuun alussa. Viimemainitulla kerralla hänellä ei ollut muassaan ehtoollisaineita. Paavon kysymykseen: "Onko sinulla välikappaleet muassa?" vastasi Sarlin: "Kyllä ne saadaan", valmisti tuvassa itse öylätin sekä viinin tiputtamalla pullon pohjassa löytyvän viinitilkan veden sekaiseen viinaan. Paavo kyllä huomasi, että ehtoollisaineet olivat talossa valmistetut, mutta tuo ei vähimmässäkään määrässä häntä häirinnyt — hän nautti ehtoollisen kiittäen ja ylistäen, hetken kuluttua riemuiten lausuen: "nyt on vihollinen voitettu".
Kului vielä pari viikkoa, ennenkuin Paavo Ruotsalaisen vapautumisen hetki joutui. Tämä aika oli kuitenkin lähinnä edelliseen verrattuna paljon helpompaa niin yhdessä kuin toisessa suhteessa. Usein pyysi sairas, että hänelle luettaisiin tai veisattaisiin, usein rukoili hän hiljaa itsekseen pitkät hetket. Poistumistaan poistuivat kiusaukset, autuuden päivän koitto sarasti hänen toivonsa nähtävänä. Lopun lähetessä, kysyivät hänen omaisensa, arvellen että tuo kyllä oli hänelle "sanottu", milloin hän oli pääsevä pois. "Kyllä Herra aikansa tietää", vastasi Paavo tyytyväisesti. He odottivat erinomaisempaa todistusta hänen huuliltaan, mutta hänen uskonsa oli viimeiseen asti etsivää ja kilvoittelevaa uskoa. Vielä odotti häntä kovakin taistelu. Tammikuun 26 p:nä illalla heräsi Paavo, hetken nukuttuaan, koviin ruumiinvaivoihin. Niihin liittyivät pian vielä kovemmat hengelliset tuskat, joita kesti aamuun asti. Kun talonväki huomasi, että sairas tahtoi olla yksin, pysyttelivät he oven takana, silloin tällöin vain tiedustellen, mitä hän tarvitsisi. Pari kertaa pyysi Paavo heitä veisaamaan, mutta ei näkynyt sekään hänelle lievennystä tuottavan. Vasta aamulla palasi Herran rauha kilvoittelevan matkamiehen sydämeen siitä ei enää poistuakseen. Hiljaisella, mutta voiton riemua ilmaisevalla äänellä lausui Paavo silloin: "Saatana sai luvan seuloa, niinkuin nisuja seulotaan, mutta sain toki voiton. En osaa minä sinua Herra kiittää, niinkuin tahtoisin, mutta ole sinä Jesus Kristus minun kiitoksena Jumalan edessä." Kello 5 aamulla seuraavana päivänä, tammikuun 27, sammui hiljaa Paavo Ruotsalaisen maallinen elämä.
Aholansaarelta toimitettiin heti tieto tästä tapahtumasta Kuopioon, Karjalaan, Ouluun-päin, Keski-Pohjanmaalle, mistä kutsuttiin vieraita maahanpanijaisiin. Paavon kuolemaa oli jo niin kauan odotettu, ettei uutinen tullut minäkään yllätyksenä. Mutta syvän vaikutuksen se kaikkialla teki. Tietoisuus siitä, että se mies oli kaatunut, joka voimallisilla hartioillaan oli kantanut yhdeksännentoista vuosisadan herännäisyysliikettä, järkytti kaikkien tosiheränneitten mieltä. Tuntui kuin koko tuo suuri uskonnollinen aikakausi, joka oli kuin personoituna hänessä, olisi hänen kuolemassaan särkynyt pirstaleiksi. "Kuka nyt neuvoo?" kysyttiin epäröiden, peläten. Paavon pitkän sairauden aikana oli etäisimpiinkin seutuihin tuon tuostakin saatu joku oikaiseva tahi kehottava tervehdys Syvärin saarelta — nyt oli suuren opettajan ääni ainaiseksi vaiennut. Oli niin vaikea elää sen neuvon turvissa, jonka Paavo kuolinvuoteellaan oli antanut muutamalle hänen poislähtöään valittavalle ystävälle: "Jos teillä on tosi tarve kuulla, niin kivetkin teille saarnaavat".
Paavon omaiset toivoivat, että hautajaisiin saapuisi niin paljon ystäviä kuin suinkin. Sentähden lykättiin tämä tilaisuus maaliskuun 8 päivään. Jaon aiheuttamat riidat vaikuttivat kuitenkin, että vierasten luku oli paljon pienempi, kuin olisi ollut syytä olettaa. Oulun puolelta ei tullut ketään, Suupohjasta vain Gabriel Keisala ja Y. Luoma, kumpikin Malmbergin kiivaimpia vastustajia, ja Keski-Pohjanmaan heränneitä edustamassa oli vain Wilhelm Niskanen. Ainoastaan muutamia harvoja pappeja, ulkoseurakunnista kaikkiaan viisi, otti osaa ruumissaattoon. Näistä mainittakoon J. F. Bergh, J. I. Bergh, L. A. Landgren ja P. J. F. Brofeldt. Paavon muista huomatuista etäällä asuvista ystävistä nähtiin tilaisuudessa ainoastaan K. A. Malmberg ja K. A. Colliander; sairauden estämänä jäi L. J. Niskanen kotia. Hautajaisten edellisenä päivänä pidettiin suuret seurat vainajan kodissa. Surusaatossa, joka maaliskuun 8 p:nä aamulla lähti Syvärijärven kuuluisalta saarelta Nilsiän kirkolle, oli noin tuhat henkeä; hevoisten luku laskettiin 300. Jos Paavo olisi kuollut pari vuotta aikaisemmin, olisivat hänen hautajaisensakin saaneet vielä juhlallisemman leiman. Niin lamauttavasti olivat herännäisyydessä syntyneet riidat vaikuttaneet pappeihinkin, että he, peläten yhteentörmäyksiä, pysyivät kotona.
Kun ruumissaatto oli saapunut Rissasen, kirkon läheisyydessä olevaan taloon, johon vieraita oli pyydetty kokoontumaan, saatiin tietää, että seurakunnan kirkkoherra A. F. Hjelmman kieltäytyi antamasta kirkkoa hautajaisten yhteydessä ajan tavan mukaan aiotun ruumissaarnan pitämistä varten. Uudistettuunkin pyyntöön saatiin yhtä jyrkkä kieltävä vastaus. Collianderin ja K. A. Malmbergin seuraamana lähti J. I. Bergh pappilaan. Kuopion piispa R. V. Fosterisi oli tarkastusmatkoilla, ja tuomiorovasti M. Ingman nautti virkavapautta. Bergh oli tuomiokapitulin vanhin jäsen, mutta hän ei tahtonut valtaansa vedota, vaan kehoitti ystävällisesti, vaikka hyvin vakavin sanoin, Hjelmmania pyyntöön suostumaan, ilmoittaen samalla, että hän varmuuden vuoksi oli ottanut todistajat mukaansa, jotta, jos sitä vaadittaisiin, voitaisiin näyttää toteen, ettei kirkkoon väkivaltaisesti oltu rynnätty, vaan ruumissaarna pidetty seurakunnan kirkkoherran suostumuksella. Monta kertaa Berghillekin annettuaan kieltävän vastauksen, suostui Hjelmman vihdoin antamaan kirkon avaimet, sillä ehdolla, ettei ruumissaarna saisi olla pitkä. Merkille on pantava, että Ruotsalaisen omaiset jo ennen olivat pyytäneet tätä hänen kiivasta vastustajaansa siunaamaan ruumista haudan lepoon.
Ruumissaarnan piti J. F. Bergh. Alkulauseeksi oli hän valinnut Ilmestyskirjan sanat: "Katso, minä tulen niinkuin varas; autuas on se, joka valvoo ja säilyttää vaatteensa, ettei hän kulkisi alastomana, eikä hänen häpeätänsä nähtäisi". Saarnatekstinä oli Luukk. 12: 37: "Autuaat ovat ne palvelijat, jotka heidän herransa tullessaan tapaa valvomasta; totisesti sanon teille: hän vyöttäytyy ja asettaa heidät aterioitsemaan ja menee ja palvelee heitä". Saarnan aiheena oli: "Varsinkin nykyaikana tarpeellinen valvominen". Tyytymättömän ja äreän näköisenä seurasi Hjelmman, kuorissa istuen, puhetta, vaikka se oli tavallinen ruumissaarna. Mitään erityisempää Paavon ylistystäkään se ei sisältänyt. Sen vain saarnaaja mainitsi, että vainaja oli ollut hänenkin opettajansa.