Keväällä 1852 lähti Bergenheim tarkastamaan moniaita Lounais-Suomen seurakuntia ja kouluja, ulottaen matkansa Pohjanmaalle asti. Tällä matkalla hän muunohessa vihki Ylistaron kirkon (toukok. 20 p:nä), jossa tilaisuudessa saarnasi F. O. Durchman. Viimemainitun kutsui hän Isonkyrön pappilassa kahdenkeskiseen keskusteluun. Muutamia päiviä myöhemmin kirjoittaa Durchman tästä keskustelusta F. H. Bergrothille: "Arkkipiispa tuntui tietävän kaikki, minkä olemme kuulleet Malmbergista sekä kaikki, mitä minun ja Malmbergin välillä on tapahtunut. Olin pitkässä kamarikuulustelussa hänen huoneessaan. Hän moitti suuresti esiintymistäni Malmbergiä vastaan, kieltäen minua millään ehdolla perustamasta uusia puolueita y.m. Selitin etten milloinkaan ole ollut taipuvainen sitä tekemään, vaan päinvastoin, sekä lausuin, että kaikki mikä saattoi näyttää puolueellisuudelta, johtui niistä vainoista, joiden alaisiksi jo Kalajoella jouduimme ja joiden tähden minä ja moni minun kanssani olimme tulleet pakoitetuiksi pitämään koko muuta joukkoa vihamielisenä kaikelle elävähenkiselle kristillisyydelle". Samaan tapaan puhuu Durchman samana päivänä Jos. Grönbergillekin kirjoittamassaan kirjeessä.
Miltei varmuudella saattaa olettaa, että Bergenheimille tämän tarkastuksen jälkeen toimitettiin lisätietoja Malmhergista. Että suuri osa näistä tiedoista oli kotoisin uuden suunnan piiristä, näyttää niinikään jokseenkin varmalta. Seurauksena oli, että Bergenheim syyskuussa s.v. piti piispantarkastuksen Lapualla. Että tämä tarkastus miltei yksinomaan koski Malmbergiä, se tuli niinikään pian näkyviin. Jo ensi päivänä kutsui arkkipiispa hänet kahdenkeskiseen kuulusteluun. Malmberg on itse Reinhold Helanderille muutamia viikkoja myöhemmin kirjoittamassaan kirjeessä seikkaperäisesti kertonut tästä kuulustelusta. Koska kirje on täysin yhtäpitävä tarkastuksessa tehdyn pöytäkirjan kanssa, lainaamme sen tähän kokonaisuudessaan, sitä suuremmalla syyllä kuin se on omiaan muissakin suhteissa valaisemaan Malmbergin silloista asemaa. Kirje kuuluu:
"Senjälkeen kuin viimeksi tavattiin on täällä ollut piispantarkastus. Vastustajani olivat piispalle kertoneet kaikki, minkä kertoa voi. Ei löytynyt niin hullua maailman eikä akkojen juorua, ettei sitä olisi hänelle kerrottu. Kaikki mitä sinulle on kerrottu ja sata kertaa enemmän oli hän saanut heiltä kuulla, vaikka vaitiolon lupauksella ja vakuutuksella, etteivät tahtoneet kantaa päälleni. Täällä-olonsa ensimmäisenä päivänä kutsui piispa minut kahdenkeskiseen puheluun. Hän oli hyvin ystävällinen, tahtoi saada minut tunnustukseen, lausuen ettei hän Suomen arkkipiispana olisi alentunut tämmöiseen kahdenkeskiseen puheluun minun kanssani, jollen minä olisi se mies, mikä olen, ja jollen niin suurella tarmolla olisi suorittanut työtäni. Kysyin mitä syntejä minun pitäisi tunnustaa. Hän sanoi: haureutta ja juoppoutta. Vastasin: mitä ensinmainittuun syntiin tulee, niin on se vaimo-vainajani mustasukkaisuuden kiusaus, jota hän kuolinvuoteellaan katkerasti itki, eikä siis minun, vaan hänen syntinsä, jonka hän katuvaisena jo kauan sitten on saanut anteeksi. Mitä taasen viimemainittuun syntiin tulee, niin olen sekä syönyt että juonut ja aion vastakin niin tehdä. Kun olin nähnyt ystäväin alituisen pyrkimyksen tekopyhyyteen, join kerran oikein runsaasti Kihlmanin rouvan hautajaisissa, ainoastaan saadakseni ystävieni salaiset sydämet julki. Tätä hän ei tahtonut voida ymmärtää. Kun vetosin Kristuksen käytökseen farisealaisiin nähden, heidän sanoessaan häntä syömäriksi ja juomariksi, lausui hän: oletteko te sitten Kristus? Vastasin: en, mutta hänen seuraajansa ja hänen askeleissaan vaeltaja. Hänen lausuttuaan, että kuitenkin olin tehnyt syntiä, tunnustin tämän vikani, lausuen että sen takia olin kovasti kärsinyt, mutta että Jumala oli minut siitä vapauttanut. Hän vaati minua tunnustamaan vielä enemmän, mutta kun sanoin tämän olevan mahdotonta, lausui hän: asian täytyy tulla oikeuden eteen. Minä vastasin: tulkoon; jos kaksi vannoo minua vastaan, niin vannoo kaksikymmentä edukseni, jos kolme minua vastaan, niin kolmekymmentä puolustuksekseni. Tähän asia päättyi. Julkisessa tarkastuksessa ei kenelläkään ollut mitään muistuttamista papistoa vastaan; vaikka piispa vielä erityisesti kysyi: eikö ketään vastaan teillä ole mitään muistuttamista, niin ei kuulunut muuta kuin: ei. Neuvotellessaan sitten pappien kanssa, kysyi piispa, oliko kirkkoherralla [P. K. Chydenius, joka keväällä s.v. oli astunut virkaan.] mitään muistutettavaa pappejansa vastaan, vastasi tämä: pelkäsin pahaa, mutta olenkin saanut kokea hyvää. Sitten kysyi hän, oliko meillä mitään muistuttamista kirkkoherraa vastaan, johon vastasimme kieltävästi. Edelleen hän tiedusteli, oliko meillä papeilla mitään toisiamme vastaan. Silloin rupesi Keckman laulamaan niin paksusti ja aito puhdasoppisesti minua vastaan, että kielsin kaikki. Piispa lausui sen toivomuksen, ettei tätä otettaisi pöytäkirjaan. Minäkin esitin moniaita kanteita Keckmania vastaan, mutta kun tämä piispan toivomuksen mukaan peruutti kanteensa, tein minäkin sen. Tämän jälkeen kysyi piispa vielä, eikö muilla papeilla ollut mitään sanottavaa toisiaan vastaan. Essen lausui: kyllä on totta, ettei meidän välimme aina ole ollut yhtä likeinen. Arkkipiispa tahtoi sitten pöytäkirjaan merkittäväksi: 1:ksi että pitäjänapulainen Malmberg tästälähin huolellisesti valvoisi elämäänsä, jotta ei kukaan Jumalan seurakunnassa siitä pahenisi, 2:ksi ettei hän tästälähin pitäisi kokouksia jumalisuuden harjoittamista varten (huomaa, muut saavat pitää kokouksiaan) sekä 3:ksi ettei pitäjänapulainen Malmberg saa puuttua vierasten seurakuntien sielunhoitoon. Tämä tietää: ei muissa kuin Lapuan emäseurakunnassa, missä asun. Tästä asiasta ovat he varmaankin puhuneet piispan kanssa; mutta niinkauan kuin olen Lapuan pitäjän pitäjänapulainen, aion varmaan pitää huolta koko pitäjän sielunhoidosta, syyttäkööt minua sitten, miten tahtovat ja miten voivat".
Yllämainittujen Malmbergin kirjeessä kerrottujen kohtien lisäksi on tarkastuksen pöytäkirjaan merkitty, että "tarkastaja piti velvollisuutenaan huomauttaa kirkkoherraa tarkkaan ja mitä suurimmalla huolellisuudella valvomaan, että yhdenmukaisuus ja yksimielisyys vallitsisivat täkäläisen opettajaviran kaikissa toimissa sille uskotun lauman siveellisessä valaisemisessa ja sen valmistamisessa siihen parempaan elämään, joka ylhäältä on luvattu kaikille uskollisille kristityille; ja tahtoi tarkastaja erittäin saada pöytäkirjaan merkityksi, ettei semmoista valaisemista saavuteta näillä tienoin toimeenpantujen suurten kansanjoukkojen hartauskokouksilla, joita maallinen valtakin on pitänyt arveluttavina. Näistä kokouksista ei näihin asti oltu ketään syytetty, koska niitä on pidetty jonkun kirkkoherrakunnassa toimivan papin kodissa taikka muualla semmoisen papin johtajana ollen, mutta niitä ei voinut tarkastaja hyväksyä, etenkin sentähden että nämä kokoukset väkisinkin muistuttavat paikkakunnalla tavallisia, katkerasti moitittuja kylä- ja yöjuoksuja ja siis osaltansa välttämättömästä myötävaikuttavat isän- ja isäntävallan höllyttämiseksi sekä hiljaisen, rauhallisen ja kristillisen perhe-elämän turmelemiseksi, joka kuitenkin on koko kirkollisen ja yhteiskunnallisen yhteiskunnan tilan ja tarkoituksen mukaisen kehityksen varmin perustus ja vahvin tue. Ja piti tarkastaja sentähden itsensä velvoitettuna neuvomaan koko papistoa huolellisesti sekä viisaudella ja varovaisuudella vastustamaan sitä monessa suhteessa arveluttavaa käsitystä, että nämä kokoukset, itsetekoiset yhdyssiteet ja tuntomerkit muka välttämättömästi kuuluisivat tosi kristillisyyteen. Tahtoen tarkastaja, koska on yleisesti tunnettu, että suuret ihmisjoukot vieraistakin seurakunnista, huolimatta tarkastajan syksyllä 1850 Pietarsaaren kontrahtikokouksessa lausumasta tämmöisten kokousten pitämisen kiellosta, edelleenkin viime viikkoihin asti tuon tuostakin ovat kokoontuneet pitäjänapulaisen Malmbergin tykö, vakavasti muistuttaa häntä tarkemmin ja tunnollisemmin kuin näihin asti noudattamaan esimiestensä neuvoja ja muistutuksia".
Rovastikunnan muutkin heränneet papit olivat pitäneet ja pitivät edelleenkin hartausseuroja, mutta näistä ei arkkipiispa sanaakaan puhunut. Näyttää kuin olisi hän aavistanut, ettei niiden aika tulisi olemaan pitkä. Merkille on niinikään pantava, että uuden suunnan edustajat näyttävät olleen hyvinkin tyytyväiset Bergenheimin käyntiin Suupohjassa. F. O. Durchman ei ilmaise minkäänlaista mielipahaa siitä, että arkkipiispa jo saapuessaan Pohjanmaalle näytti "tietävän kaikki Malmbergista", eikä A. W. Ingmankaan, joka heti tarkastuksen jälkeen siitä kirjoitti Jos. Grönbergille, tiedä siitä muuta sanoa, kuin että se "päättyi varsin hyvin", lisäten: "Alahärmä sai osakseen paljon kiitosta! Äläpäs mitään!" Vaikka onkin tunnustettava, että Bergenheim koetti saada aikaan parempaa sopua uuden suunnan edustajain ja Malmbergin välillä, on toiselta puolen ilmeistä, että tämä sopu hänen käsityksensä mukaan oli saavutettavissa ainoastaan siten, että viimemainittu lakkaisi seuroja pitämästä ja, samoinkuin muut olivat tehneet, luopuisi herännäisyyden ohjelmasta. Hän luuli voivansa painaa koko liikkeen kaikkine siihen kuuluvine ilmiöineen korkeakirkollisuuden helmaan, siinä sävyisästi noudattamaan kirkon ja vakion yksissä säätämiä määräyksiä. Ei kukaan uuden suunnan edustajista sanallakaan vastusta hänen tarkastuksessa lausumiaan tuohon suuntaan selvästi tähtääviä sanoja. Päinvastoin näyttää, kuin olisivat he hyvinkin tyytyväisinä kuunnelleet hänen mielipiteitään uskonnollisen elämän järjestämisestä näillä Suupohjan herännäisyyden sydänmailla.
Jätämme lukijan ratkaistavaksi, kuinka Malmbergin yllämainittua kirjettä Reinhold Helanderille, mikäli se koskee ensinmainitun kahdenkeskistä puhelua Bergenheimin kanssa, on arvosteltava. Huomautamme ainoastaan, että jos Malmbergin tunnustuksesta jotakin puuttuu, niin ei ollut hänen asemansakaan omiaan vapauttamaan häntä niistä vaikeuksista, jotka estivät häntä täysin avomielisesti näin arkaluontoisessa asiassa purkamasta koko sydäntään vieraalle esimiehelle, joka hyvin vähän käsitti, mitä kiusauksia tuolla taudin murtamalla, kunnian korkealta kukkulalta häpeän rapakkoon syöstyllä miehellä oli ollut ja edelleenkin oli kestettävinä. Oli miten oli — herännäisyyden ainoaksi puollustajaksi tässä tilaisuudessa jää Malmberg. Hän on nytkin syytettyjen penkillä, niinkuin Kalajoen käräjillä muinoin, ja syytökset ovat tällä kertaa paljon raskauttavammat, vieläpä suureksi osaksi oikeutetutkin, mutta tuolta paikalta kutsuu Herra hänet kuitenkin kokoamaan herännäisyyden pirstotetut rivit ja luomaan niille pysyvää tulevaisuutta Suupohjan tasangolla. Uuden suunnan ryhmät sitävastoin, joita vastaan ei arkkipiispalla ole mitään muistutettavaa, heikkenevät sekä kuolevat, maailmaan hajonneina, ennenpitkää kokonaan sukupuuttoon. Tämä on historian tuomio. Se painaa vaa'assa paljon enemmän kuin kaikki ne alentavat kertomukset, valheelliset niinkuin todenmukaisetkin, joilla on koetettu halventaa Niilo Kustaa Malmbergin suurta työtä ja häväistä hänen muistoaan.
Maaliskuun 6 p:nä 1850 ja toukokuun 26 p:nä 1851 annettujen keis. käskykirjojen nojalla perustettiin Kuopion hiippakunta, joka ryhtyi toimeensa elokuun 1 p:nä viimemainittuna vuonna. Sen alueeseen tulivat silloin kuulumaan koko Oulun ja Kajaanin lääni sekä Kuopion lääniin kuuluvat osat Savon ja Karjalan maakuntia. Uuden hiippakunnan ensimmäiseksi piispaksi nimitettiin Iisalmen kirkkoherra Robert Valentin Frosterus. Jo Kalajoella oli tämä isänsä, sikäläisen kirkkoherran J. Frosteruksen kodissa (I, 270) asettunut herännäisyyttä vastustavalle kannalle ja tällä kannalla oli hän vieläkin. Tunnustettava on kuitenkin, että hänen julkinen esiintymisensä ei anna aihetta läheskään niin ankaroihin arvosteluihin, kuin Ottelinin ja Bergenheimin suhde herännäisyyteen. Hän tunsi tämän liikkeen paljon paremmin kuin he, ja sitä paitsi vaativat hänen perusteelliset jumaluusopilliset tietonsakin häntä puolueettomammin uskonnollisia ilmiöitä arvostelemaan. Niin paljon tuli kuitenkin jo Frosteruksen piispana-olon ensi aikoina näkyviin, ettei hän suosinut herännäisyyttä ja sen edustajia. Todistuksena mainittakoon seuraava, Kuopion tuomiokapitulin lokakuussa 1851 käsittelemä asia.
Lauri Stenbäck oli H. Keis. Majesteetilta anonut oikeutta hakea Kuopion lukiossa avonaiseksi julistettua lehtorinvirkaa p. raamatun alkukielissä, säilyttämällä virkaylennysoikeutensa Turun hiippakunnassa. Asian ratkaisu riippui hallituksen Kuopion tuomiokapitulilta vaatimasta lausunnosta. Ainoastaan Bergh puolsi anomuksen hyväksymistä, tuomiokapitulin kaikki muut jäsenet, joihin Frosteruskin liittyi, ehdottivat epäävän lausunnon antamista, vetoamalla vielä voimassa olevaan n.s. indigenaattioikeuteen sekä huomauttaen että Kuopion hiippakunnan harvalukuiset koulunopettajavirat olisivat varattavat oman hiippakunnan miehille. Täydellä syyllä huomautti Bergh, ettei hänen tietääksensä omassa hiippakunnassa löytynyt ketään, joka pystyisi virkaa hakemaan. Se seikka, että Frosterus äänestyksessä kannatti vastakkaista, kahden tuomiokapitulin jäsenen (P. A. Aschan luopui Berghiin lausunnon jälkeen ensin lausumastaan samasta mielipiteestä), vanhentuneeseen määräykseen perustuvaa mielipidettä ja siten äänellään ratkaisi asian Stenbäckin vahingoksi, viittaa jokseenkin selvästi siilien, ettei hän tahtonut viimemainittua Kuopioon. Ja kuitenkin kaipasi Kuopion tuomiokapituli, jos mikään, uskonnollisiin kysymyksiin perehtyneitä miehiä. Niinpä olivat esim. viimemainittua asiaa käsitelleet paitsi mainittuja henkilöitä, Kuopion koulun rehtori H. G. Perander, joka oli maallikko, sekä roomalaisen kirjallisuuden lehtori K. A. Bygdén, joka erikoisvapautuksen nojalla muutamia kuukausia aikaisemmin oli vihitty papiksi.
Olemme maininneet, että Frosterus uskonnollisten liikkeiden arvostelussa osoitti paljon suurempaa ymmärtämystä, kuin maamme muut silloiset piispat. Että niin oli laita, näkyy muunohessa hänen suhteestaan laestadiolaisuuteen, joka näinä aikoina alkoi ilmestyä maan pohjoisissa osissa, esiintyen muutamissa seurakunnissa hyvinkin hurjassa muodossa. Tähän liikkeeseen kuuluvat henkilöt nimittivät itseään heränneiksi, ja viranomaisetkin näkyvät alussa olleen sitä mieltä, että nämäkin poikkeukset "tavanmukaisesta kristillisyydestä" olivat merkittävät herännäisyyden tiliin.
V. 1851 oli Oulun läänin kuvernööri Turun tuomiokapitulille ilmoittanut Muonioniskan ja Kittilän seurakunnissa ilmaantuneen uskonnollisen liikkeen aiheuttamista häiriöistä, ja viimemainittu virasto oli käskenyt Lapin rovastikunnan kontrahtirovastin, Sodankylän kirkkoherran K. Heickellin pitämään tarkastuksen sanotuissa seurakunnissa. Syksyllä 1851, jolloin Kuopion tuomiokapituli alkoi toimensa, ilmoitti Turun tuomiokapituli sille kysymyksessä olevista häiriöistä. Viimemainittu virasto päätti kehoittaa Heickelliä tarkasti seuraamaan Lapissa ilmaantunutta uskonnollista liikettä sekä sitä ohjatessaan "noudattamaan tarpeellista hellyyttä ja varovaisuutta". Kun yhä uusia valituksia alkoi kuulua maan pohjoisissa seurakunnissa lisääntyvästä hurmahenkisyydestä, päätti Frosterus ensi tilassa lähteä niitä tarkastamaan. Oudolta tuntuu, ettei hän apumiehekseen tällä matkalla ottanut Berghiä, joka oli tuomiokapitulin vanhin pappi ja ainoa sen jäsenistä, joka pystyi uskonnollista liikettä arvostelemaan. Sensijaan valitsi hän matkakumppanikseen yllämainitun lehtori Bygdénin. "Ei sovi panna pukkia puutarhuriksi", kirjoittaa Bergh tämän johdosta muutamalle ystävälleen.