Kuopion tuomiokapituli käsitteli vaalikysymystä syyskuussa 1853. J. I. Berghin poistuttua jäävin vuoksi, laati se Malmbergiin nähden seuraavan päätöksen:
"Koska Turun tuomiokapitulin Malmbergille antamasta todistuksesta näkyi, että Malmbergia Lapualla syyskuun 16 p:nä 1852 pidetyssä piispantarkastuksessa, kun yleisesti tunnettu oli, että suuret ihmisjoukot myöskin vieraista seurakunnista, vaikka tarkastaja jo syksyllä 1850 Pietarsaaressa pidetyssä kontrahtikokouksessa oli lausunut mielipahansa senkaltaisista kansankokouksista, edelleen ja vielä tarkastuksen lähinnä edellisinä viikkoina tuon tuostakin olivat kokoontuneet Malmbergin luo, oli vakavasti muistutettu tarkemmin kuin näihin asti tunnollisesti noudattamaan esimiestensä neuvoja ja huomautuksia sekä pysymään erillään vierasten seurakuntien sielunhoidosta, jota paitsi tarkastaja, koska hänen tietoonsa oli tullut, ettei Malmberg niin huolellisesti, kuin vilpittömän sielunpaimenen tulee, ollut valvonut yksityistä elämäänsä viran ulkopuolella, oli muistuttanut häntä tarkkaan noudattamaan niitä velvollisuuksia, joita hän oli luvannut pitää pyhinä, jotta ei pahennusta, mikäli mahdollista on, Jumalan seurakunnassa syntyisi; — niin ei tuomiokapituli katsonut voivansa myöntää Malmbergille oikeutta tulla äänestyksen alaiseksi tätä vaaliehdotusta tehtäessä". [Kuopion tuomiokapitulin arkisto.]
Bergh ilmoitti heti Malmbergille tuomiokapitulin päätöksestä, kehoittaen häntä siitä valittamaan. Viimemainittu vastasi: "Kuopion tuomiokapitulin päätöksen kautta olen nyt julistettu kelvottomaksi koko elämäni ajaksi. Miten raskasta tämä onkin, en olisi valittanut, ellet olisi minua siihen kehoittanut. Tiedän kristinuskon tien johtavan sinnepäin sekä ettei saa maailmalle valittaa, että maailma puri. Mutta olkoon menneeksi, kehoituksesi mukaan. — Pastorini antoi minulle loistavan todistuksen, paremman kuin olin odottanutkaan, sillä häntäkin on koetettu ärsyttää minua vastaan. Tämmöistä tekevät, rakas lankoni, entiset ystäväni, luullen sillä tekevänsä Jumalalle palveluksen". [Malmbergin kirje J. I. Berghille 13/10 53.]
Senaatti hylkäsi Malmbergin valituksen. On merkille pantava, että Turun tuomiokapitulin yllämainittu todistus yksinomaan perustuu Lapualla vuotta aikaisemmin pidettyyn piispantarkastukseen, jonka jälkeen Malmbergia vastaan ei ollut tehty mitään muistutusta, ei ainakaan virallisesti. Lapuan kirkkoherran hänelle valitusta varten antama "loistava" todistus näyttää myöskin viittaavan siihen, ettei moitteen syitä häntä vastaan piispantarkastuksen jälkeen ollut ilmaantunut. Muussa tapauksessa Malmberg, joka kyllä tiesi, ettei hän ollut viranomaisten suosiossa, tuskin olisikaan mitään uutta virkaa hakenut. Huomattava on niinikään, ettei Bergh olisi kehoittanut häntä valittamaan, ellei hänen mielipiteensä mukaan siihen olisi ollut syytä. Arvosteltakoon Turun tuomiokapitulin Malmbergille antamaa todistusta ja Kuopion tuomiokapitulin sekä senaatin päätöstä miten tahansa — sen myöntänee jokainen, että tämä tuomio on ankara. Mies, jonka voimallinen saarna ja väsymätön työ Suomen kirkon palveluksessa on herättänyt tuhansia synnin unesta Jumalaa palvelemaan, pyytää kappalaisen virkaa syrjäisessä seurakunnassa vanhojen päiviensä turvaksi, mutta julistetaan kelpaamattomaksi sitä hakemaan!
Saatuansa tiedon senaatin päätöksestä, kirjoitti Malmberg Berghille: "Etten saanut vaalisijaa Nivalaan, oli minulle vaikea ja kova isku; mutta jälestäpäin huomaan, että Jumalan sormi on ollut mukana tässä. Täällä löytyy suuria heränneitten joukkoja, jotka nyt, lihallisesti viisasten ja korkeasukuisten erottua, olisivat jääneet aivan oman onnensa varaan kerrassaan puutteellisine kokemuksineen. Koska he pyytävät neuvoa minulta, täytynee minun kaikessa kurjuudessani olla heidän johtajanaan, kunnes Herra voi saada paremman".
Liikuttavaa ja samalla kehoittavaa on nähdä, miten Malmbergin ystävät, samoinkuin hän itsekin, pääsivät näkemään, että se nöyryytys, joka jaon aikana ja sitä seuraavina vuosina oli kohdannut häntä ja heitä, oli tarkoitettu heille siunaukseksi. Todistukseksi lainaamme tähän otteen ylistarolaisen Maria Kitinojan näinä aikoina Malmbergille kirjoittamasta kirjeestä:
"Voi kuinka minä nykyaikoina olen nähnyt, miten terveellistä on tämä katkera lääkitysjuoma, jonka Herra nyt on meille lähettänyt. Se olisikin ollut nurinpuolinen järjestys, jos te ja me olisimme kunnian kautta ja kiitoksen taivaan valtakuntaan menneet, ja Jumalan oman Pojan, jolla ei yhtään syntiä ollut, täytyy ristillä henkensä heittää. Ei suinkaan tässä ole pienintäkään, joka meille hyvältä maistuisi tahi jota me tässä kohdassa saattaisimme rakastaa, kuin puhdas Jumalan tahto, joka meidät tähän on pannut. Kyllä näytti ensin varsin synkältä, kun näytti kaikki menevän. Ajattelin: kun opettaja nyt arvonsa kadottaa, niin eihän tästä enää mitään tule. Mutta nyt minusta näyttää, että saatatte paremmin ylönkatsotussa tilassa Jumalan valtakuntaa rakentaa kuin arvon ja kunnian aikana". [Maria Kitinojan kirje Malmbergille noin 1854 (päivämäärättä).]
Miten paljon kehoitusta Malmberg saikin tämänkaltaisista ystäviensä kirjoituksista ja puheista sekä varsinkin siitä, että hänen saarnojensa ja seurapuheittensa kautta yhä enemmän uusia herätyksiä alkoi tapahtua Suupohjassa, oli hän kuitenkin hartaasti toivonut pääsevänsä papiksi Nivalaan. Ja yhtä hartaasti oli hänen ystävänsä Vilhelm Niskanen sitä toivonut. Kun lopullinen päätös viipyi, lähetti viimemainittu muutaman miehen Lapualle tiedustelemaan, millä kannalla valitusasia oli. Miehen siellä ollessa sai Malmberg asiamieheltään yllämainitun tiedon senaatin hylkäävästä päätöksestä. Monessa suhteessa merkillinen on se kirje, jonka Malmberg tämän johdosta kirjoitti Niskaselle. Lainaamme siitä muutamia otteita.
"Eilisessä postissa tuli asiamieheltäni tieto, että olen tapannut. Hän sanoo päätöksen olleen hänelle odottamattoman. Nykyään kuuluukin konsistoriumeilla olevan se vapaus, että mitä ne tekevät, se on tehty; sillä niitten sanotaan paremmin ymmärtävän hengelliset asiat ja tarpeet kuin muiden. Niin meni sekin yritys. Kuitenkin on hupaista tietää, että tämä on Herran tahto. Sinä olet siellä, minä täällä, kelvottomat molemmat. Saatana liehtoo kummassakin kohden. Sinä näet, missä hän liikkuu siellä, minä missä hän liikkuu täällä. Ilmoita siellä hänen juonensa sille, joka voi ne ymmärtää, minä tahdon ilmoittaa ne täällä. Alas meidän pitää. Meillä pitää aina olla vääryys. Meidän Herramme on sellainen ja hänen tiensä ovat sellaiset. Annetaan oppineitten, annetaan lihallisesti viisasten, annetaan arvollisten ja miehiksi kasvaneitten olla oikeassa, olla arvollisia, olla kristityitä. Ollaan me vaan väärässä, ollaan me jumalattomia, ollaan me pakanoita, ollaan me väärän kristuksen joukkoa. Kyllä kerta näkyy, ylhäisetkö vai alhaiset Jumalan valtakunnan perivät".
"Rakas Wilhelm! Sydämesi on täytetty murheella. Niin on minunkin. Mutta murheen laaksohan tämä maailma onkin. Itketään yhdessä! Kyllähän asia vielä toisinkin kääntyy. Muistakaamme Herraamme, joka oli niin ylönkatsottu ja niin halpa, ettei kukaan kehdannut katsoa hänen päällensä. Siinä on kuva, miksi meidän pitää tuleman ja jossa me olemme Herran armon alaiset. Voi, Vilhelm Niskanen! Iloitaan kumminkin, että näemme mitä me näemme! Autuaat ovat hengellisesti vaivaiset, autuaat ovat murheelliset, autuaat ovat jotka isoovat ja janoovat vanhurskautta!" — — —