Paljon ankaramman arvostelun alaiseksi joutui Stenbäck "Litteraturbladetin" palstoilla. Tunnetulla perusteellisuudellaan ja terävyydellään tutki J. W. Snellman aikakauslehtensä maaliskuun numerossa Stenbäckin väitöskirjaa. Arvostelu oli, vanhasta ystävyydestä huolimatta, ankara. Heti alussa kohtaamme siinä seuraavan hylkäävän lauseen: "Tarkoituksemme ei ole kirjoittaa vasituista arvostelua kirjasta. Sen ensimmäinen osa 'Pedagogia ja sen tarkoitus', ainoa joka voisi tulla ankaramman tarkastuksen esineeksi, on siksi löysä ja epätieteellinen, ettei sen arvosteleminen voi tuottaa mitään hyötyä." Mutta jos syytös tieteellisyyden puutteesta y.m. tästä riippuvasta virheellisyydestä monessa suhteessa onkin oikeutettu, täytyy toiselta puolen myöntää, että Snellman arvostelussaan enemmän kuin yhdessä kohden loukkaa niitä raamatun mukaisia uskonnollisia totuuksia, joiden tunnustaminen ja runollisesti, lämmin esittäminen antavat Stenbäckin väitöskirjalle sen vasituisen arvon. Niinpä hän esim. arvostelee viimemainitun toivorikasta silmäystä tulevaan maailmaan, missä ihminen "uskon voimalla hallitsee hävityksen orjuudesta vapautetut luontokappaleet", seuraavin sanoin: "Niinkuin näemme, on tämä aika oleva aikaa, jolloin usko on astuva höyryn sijalle, hukka nukkuu karitsan kanssa veljesvuoteessa, jolloin vasikka vapaaehtoisesti juoksee teurastajan luo ja kana pitää onnena saada munia munansa keittokattilaan. — Nämä gnostilliset fantasiat eivät ole uusia — — — — se vain kummastuttaa, että ne tällä vuosisadalla vaativat itselleen tieteen ja pedagogiikan nimeä".

Snellmanin kirjoituksen otsakkeena on "Lauri Stenbäckin professori-väitöskirjan johdosta". Sen tarkoituksena ei ole ainoastaan sanotun väitöskirjan arvosteleminen, vaan tämän ohessa koulujemme uskonopetuksen tarkastaminen. Sanomattakin on selvää, että Snellman, jonka lausuntojen lähtökohdat ovat aivan toiset kuin Stenbäckin jumalallisen ilmoituksen pohjalla alusta loppuun liikkuvan julkaisun edellytykset, johtuu ihan vastakkaisiin johtopäätöksiin myöskin uskonnon asemasta opetusaineena kouluissa, samoinkuin sivistyksen ja inhimillisen tiedon arvosta yleensä, tiedon suhteesta tahtoon y.m.

Vaikka Snellman kirjoituksensa lopussa tunnustaakin, että "Stenbäckin kirja on tyyliin nähden voimakas", että "kieli on lämmintä ja kaunopuheliasta" sekä "ettei kukaan elävämmin voi kuvata nykyisyyden puutteita", oli arvostelu kauttaaltaan masentava. Kipeästi koski se Stenbäckiin. "Se oli minut", niin hän itse kirjoittaa, "jo ennakolta julkisesti julistanut kerrassaan kelvottomaksi". Itse virkaan-nimittämiseen se ei kyllä voinut vaikuttaa, yliopiston puoltava ehdotus kun jo sitä ennen oli lähetetty Pietariin, mutta luonnollista on, että Stenbäck, joka, niinkuin tiedämme, usein vastahakoisuudella oli ajatellut hakemansa professorinviran tehtäviä, huolestuneena kuvitteli itselleen, miten epäedulliseen valoon Snellmanin musertava kritiikki yliopiston nuorison silmissä hänet asettaisi. Paljon kärsi hänen tunteellinen runoilijasydämensä siitäkin, että arvostelu hänestä ilmaisi vihamielisyyttä kristinuskoa vastaan.

Stenbäck aikoi ensin vastata Snellmanin arvosteluun, mutta luopui kuitenkin aikomuksestaan, hän kun ei luullut voivansa maltillisesti ja omaa persoonaansa siihen sekoittamatta puolustaa kantaansa. Sitäpaitsi arveli hän, että "itse asian puolustamiseksi olisi vaadittu kokonainen apologiia kristinuskon puolesta sekä niiden väärien edellytysten ja arvostelmien perinpohjaista tarkastamista, joita arvostelussa niin viljalta löytyy". Ehkä johtui Stenbäckin vaitiolo ainakin osaksi hänen luontaisesta, nyttemmin heikontuneen terveytensä lisäämästä alakuloisuudesta. Oli miten oli — vastauksetta ei Snellman kuitenkaan jäänyt. "Åbo Underrättelserissa" esiintyi huhtikuussa 1855 nimimerkki -l-r-l Stenbäckin puolustukseksi ja pari kuukautta myöhemmin ilmestyi "Helsingfors Tidningarissa" pitkä kirjoitus otsakkeella "Herra Stenbäckin väitöskirja pedagogiasta". Edelliseen kirjoitukseen, joka on tyyni ja maltillinen, vastasi Snellman lyhyesti ja paikoin tunnustavastakin, mutta sitä kiivaammaksi muodostui väittely hänen ja tuon toisen kirjoittajan välillä. Tämä, joka alussa esiintyi vain nimimerkillä —n, vaan jonka myöhempien kirjoitusten alla oli K. K. von Essenin nimi, iski ankarasti, joskus purevan ivallisesti Snellmannin mielipiteisiin. Varsinkin näkyy viimemainittu loukkaantuneen siitä, että hänen vastustajansa, joka silloin vielä esiintyi yllämainitulla salanimellä, väitti, ettei hän ollut tahtonut ymmärtää Stenbäckiä, vieläpä viittasi siihenkin, että hänen äkäisyytensä syynä oli pedagogian professorinviran yhdistäminen jumaluusopilliseen eikä hänen omaan tiedekuntaansa. Näiden viittausten johdosta kirjoitti Snellman: "Nämä ovat peitettyjä sanoja. Niiden tarkoituksena kai on, että, jos tuo professorinvirka olisi saanut kuulua filosofiseen tiedekuntaan, niin olisi allekirjoittanut voinut pitää sitä silmällä. Emme totisesti tiedä, tulisiko meidän enemmän kummastella tämän salaviittauksen tyhmyyttäkö vai sen kehnouttako. Tahtoisimme tietää, kuinka kauan raukkamaiset nimettömät kirjoittajat muistutuksetta saavat moralisesti häväistä ketä tahtovat ja kuinka kauan asianomaiset sanomalehdet suojelevat ja levittävät tätä huonoutta. Luulisi asian koskevan myöskin niiden toimitusten kunniaa."

Itsestään on selvää, että Stenbäck tässä hänen väitöskirjansa johdosta syntyneessä ja useissa uusissa kirjoituksissa jatkuneessa väittelyssä sai monta uutta iskua kylmän loogilliselta ja kriitilliseltä vastustajaltaan. Hänen ystävänsä von Essenin puolustus oli monesti siksi kiivas ja ivallinen, että Snellman kiihtyi mittaamaan samalla mitalla ei vain viimemainitulle, vaan sivumennen Stenbäckillekin. Ei ole kuitenkaan vaikea huomata, että tuo ankara vastustaja puhuu, viimemainitusta paljon suuremmalla myötätunnolla ja kunnioituksella kuin hänen puolustajastaan, jonka sutkaukset ja paikoin väittelyn ydintä hieman kiertelevät vastaväitteet näkyvät kovin suututtaneen häntä. Kuvaavia ovat esim. Snellmanin seuraavat, von Essenin ensimmäisen kirjoituksen johdosta kirjoittaman kirjoituksen loppusanat: "Halpamielinen Muistuttaja ei varmaankaan voi käsittää, mikä on vaatinut meitä esiintymään herra Stenbäckin väitöskirjaa vastaan, jonka tekijän jaloa luonnetta ja harvinaisia sielunlahjoja allekirjoittanut kunnioittaa ja josta pitkäaikainen ystävällinen seurustelu on opettanut häntä paljon pitämään. Olemmeko vastatodistuksissamme menetelleet 'ylimielisesti ja katkeruudella', sitä arvostelkoot muut kuin Muistuttaja. Jos arvostelumme on ankarampaa, kuin asia vaatii, olemme siitä todellakin pahoillamme".

Snellmanin ja von Essenin välinen väittely kehittyi yhä enemmän persoonalliseksi. Ei puuttunut purevia sanoja kummaltakaan puolelta. Täydellä syyllä huomauttaa von Essen tuon tuostakin vastustajansa raamatusta poikkeavasta kannasta. Että hän itse inhimillisen tiedon ja jumalallisen ilmoituksen keskinäiseen suhteeseen nähden miltei yhtä jyrkästi kuin Stenbäck asettui kristinuskon, sopisi melkein sanoa pietismin kannalle, ei ollut omiaan Snellmanin kiihkoa asettamaan. Ja ehkä osasi viimemainittu ainakin osaksi oikeaan, kun hän vastustajalleen lopuksi lausui: "Herra von E! Me emme sano, että olette jesuiitta, mutta niinkuin Te tässä väittelyssä olette menetellyt, niin olisi jesuiittakin tehnyt".

Epäilemättä oli Snellman oikeassa, kun hän väitellessään von Essenin kanssa lausui: "Vakaumuksemme on ja on kauan ollut, että Herra Stenbäck runoilijaluonteena ja tunteen miehenä kirjoittaa omalla tavallaan ja ettei häneltä tarkempaa tieteellistä selvyyttä saa vaatia. Hän ratkaiskoon itse, onko hänen kutsumuksensa tiedemiehen kutsumus."

Toukokuussa 1855 nimitettiin Stenbäck professoriksi ja syksyllä s.v. ryhtyi hän virkaa hoitamaan. Useista hänen näinä aikoina kirjoittamistaan kirjeistä näkyy, ettei tämä uusi toimi häntä miellyttänyt, vaan että se päinvastoin monesti tuntui hänestä raskaalta, vieläpä joskus suorastaan vastenmieliseltäkin. Virkaa hakiessaan oli Stenbäck selvästikin ajatellut enemmän nuorison kristillisen kasvattajan ja ohjaajan, kuin tiedemiehen tehtäviä, ja jota selvemmin hän pääsi käsittämään, että hänen virkansa velvoitti häntä ahkeraan tieteelliseen työhön, sitä oudommalta ja raskaammalta tuntui hänestä kaikki. Väitöskirjassaan lausumilleen periaatteille pysyi hän kuitenkin uskollisena. Missä hengessä hän, huolimatta Snellmanin ankarasta kritiikistä, oli päättänyt luennoida, näkyy seuraavista hänen ensimmäisellä luennollaan lausumistaan sanoista:

"Pedagogian täytyy etsiä ihmisluonnon sisimpää perusolemusta ja kääntyä sen puoleen, sen Jumalan-tarpeen puoleen sekä liittää toimintansa tähän perusolemukselliseen kohtaan; sen täytyy ymmärtäen hoitaa, ravita ja kehittä tätä pyhää siementä, joka uinailee ihmisen sisimmässä ja josta hänen tosi, arvokas Jumalan määräämä ihmisyytensä on kehittyvä. — — — Koska me epäilemättä tarvitsemme pedagoogeja emmekä kasvatusopillisia järjestelmiä, eläviä persoonallisuuksia, joiden järjestelmällinen menettelytapa on heissä itsessä, emmekä metoodeja ja teoriioja, niin väitän, että pedagogian professorin lähin ja tärkein tehtävä on hankkia ja valmistaa näitä persoonallisuuksia, elävän rakkauden ja pyhän innon lämmittämiä sydämiä, jotka usein voivat korvata neroa, jotavastoin nero ei konsanaan korvaa intoa. Ei tarvitse pelätä, että teoriia ja käytäntö semmoisissa henkilöissä milloinkaan ovat eristetyt toisistaan. Missä ajatteleva henkilö uhrautuvalla rakkaudella ja innostuneella mielellä antautuu tehtäväänsä suorittamaan, siinä katoo erotus teoriian ja käytännön väliltä ja ne seuraavat tukien toisiaan. — — — Itsestään on selvää, että älylliset kyvyt ovat kehitettävät ja kasvatettavat — siitä ei milloinkaan voi riitaa syntyä. Tämä saavutetaan opettamisellakin, joka on oleellisen tärkeä, taitoa ja kykyä kysyvä osa kasvatuksessa. Mutta älyn kasvattaminen edellä muiden kykyjen, uskonnollissiveellisen sivistyksen jäädessä syrjään muka itsestään tulevana, siinä ajan suuri kasvatusopillinen erehdys, jota minä puolestani en voi kuin yhä edelleen vastustaa, koska minun vakaumukseni mukaan sen sivistyneen ja sivistymättömän barbaarisuuden pääsyyt, jonka jälkiä jokainen, joka asiaa likemmin tutkii, voinee viljalta nähdä, ovat siitä etsittävät. Niitä vastaan, jotka puolustavat tiedon absoluuttista arvoa, täytyy kristillisen pedagogiikan teroittaa, ettei pelkkä tieto riitä, ettei sillä ole tarkoitusperää itsessään; sillä paitsi sitä, että kaikki tietomme on paloteltua ja että moni n.s. tieto totuuden auringon loistaessa hajoaa pelkäksi sumuksi, riippuu tiedon arvo viimeksi siitä, kuinka ja mihin sitä käytetään ja voidaan käyttää. Sentähden sanookin Herra: 'Jos te sen tiedätte, autuaat olette, jos te sen teette'; ei tiedon itsessään, vaan sen toteuttamisen elämässä ja toiminnassa, sanoo siis korkein auktoriteetti, Herra, omistavan autuuden s.o. Jumalan armon ja yhteyden ja niistä riippuvan rauhan ja sopusoinnun."

Mutta jos Stenbäck uudessa virassaan toimikin vakaumuksensa mukaan, ja jos hän sekä virkaveljiltään että ylioppilailta sai paljon tunnustusta ja kehoitusta, ei päässyt hän tieteellisesti perehtymään aineeseensa eikä viihtynyt hän toimessaan. Pääkaupungin rauhaton elämä ei myöskään miellyttänyt häntä; hän kaipasi maaseudun rauhallisia oloja, usein toivossa ajatellen mahdollista muuttoaan Isoonkyröön, jonka seurakunnan kirkkoherranvirkaa hän, niinkuin mainitsimme, oli hakenut. Tämä toivo ei pettänyt. Joulukuussa 1855 nimitettiin Stenbäck virkaan, ja ryhtyi sitä hoitamaan jo helmikuussa seuraavana vuonna.