Runot ne yhä edelleen paloivat Lönnrotin mielessä, ja Vienan lääni kajasti hänelle tarujen ihmemaana. Outo olisi luullut nuoren tohtorin nyt hetimmiten pyrkivän vakavan leivän ääreen, mutta toisaalle kävi Lönnrotin ajatus. Jo 13 p. heinäk. 1832 hän sonnustihe kolmannelle runonkeruumatkalleen, joka Laukosta kävi Tampereen, Jyväskylän, Kuopion ja Nurmeksen kautta suoraan Venäjän puolelle. Matkalla Lönnrotille sattui useita hupaisia seikkailuja. Niinpä hänen kerran oppaansa kanssa täytyi omatekoisella lauttapahasella kulkea erään Venäjän rajalla olevan järvien salmen yli, toisen kerran kirveen puutteessa uida erään joen poikki, viskattuaan ensin vaatteensa ja tavaransa yli. Rämpiessään erään suon poikki hän joka askeleella vajosi polvia myöten vetelään. Repolan kirkonkylässä mahtava talonpoika Törhöinen piti häntä tiukalla passista, kun koleran pelosta epäili Lönnrotia kaivojen myrkyttäjäksi y.m. seikkailuja. Repolasta Lönnrot suuntasi matkansa varsinaiseen Vienan lääniin ja saapui Akonlahteen saakka, mikä on Repolan ja Vuokkiniemen rajakyliä. Mutta täältä runolan kynnykseltä nähtävästi ajan vähyys taaskin pakoitti hänet palausmatkalle, joka kävi nopeasti Sotkamon, Kajaanin, Kuopion ja Porvoon kautta Helsinkiin, minne Lönnrot saapui syyskuun 17 p:nä. Valtainen kierros oli taaskin tehty, runoja oli karttunut runsaasti, joukossa kertovaisiakin, ja samalla Lönnrot oli perinpohjin tutustunut Karjalan rahvaan yhteiskunnallisiin, uskonnollisiin, kansa- ja kielitieteellisiin oloihin, joista hän vuoden 1833 Helsingfors Morgonbladissa julkaisi huvittavia kuvauksia.
Vienan lääni oli jäänyt nytkin käymättä, ja hämärältä näytti, tokko Lönnrot, jota lääkärin toimi tästälähin oli velvoittava toisaalle, enää koskaan saisi tilaisuutta mielituumansa toteuttamiseen. Mutta suopea onnetar oli jo ottanut ohjatakseen Lönnrotin askelia Suomen kansanrunouden ja kirjallisuuden hyväksi. Kohta Helsinkiin tultuansa Lönnrot määrättiin virkaatekeväksi piirilääkäriksi Ouluun, sillä kolera ja ankara kato oli tehnyt suuria hävityksiä pohjois-Suomessa ja lääkäreitä tarvittiin paljon. Lönnrotin aika kului tarkoin virkatehtäviin, mutta matkoillaan hän silti ennätti tutustua Oulun puolen kansaan ja kieleen, hankkipa haltuunsa muiden kokoomia kansanrunojakin. Tukala lääkärin toimi Oulussa olisi ehkä ajan pitkään laimentanut hänen kansanrunous-harrastuksiaan, mutta sattuma avasi hänelle siinä suhteessa edullisemman toimialan. Jo edellisenä vuonna hän oli halunnut pyrkiä piirilääkäriksi Kajaaniin, voidaksensa siellä rauhassa harjoitella suomenkielen tutkimuksia ja ollaksensa lähellä runorunsasta Venäjän Karjalaa. Nyt tulikin Kajaanin piirilääkärin virka tohtori Samuel Roosin poissiirtymisen kautta avoimeksi, ja Lönnrot heti mielissään haki sitä. Jo saman vuoden lopulla hän määrättiin ensin virkaatekeväksi ja sitten seuraavana vuonna 1833 vakinaiseksi piirilääkäriksi Kajaanin laajaan ja harvasti asuttuun piiriin. Hän oli nyt päässyt omintakeiselle pohjalle.
On todella ihmeteltävä nuoren lääkärin intoa pyrkimään tuonne Suomen syrjäisimpään sopukkaan, kun parempiakin lääkärinpaikkoja olisi kai ollut saatavissa. Mutta kunnon Lönnrot ei koskaan ajatellut omaa etuaan ja mukavuuttaan — hänelle oli hyvä asia kaikki kaikessa. Iloisin mielin ja rinta täynnä kauniita toiveita hän alussa vuotta 1833 muutti ränstyneesen ja vähäpätöiseen Kajaaniin, joka pariksi vuosikymmeneksi, hänen miehuutensa kukoistusajaksi, oli tuleva hänen vakinaiseksi olinpaikakseen.
Kajaani oli tähän aikaan oikeastaan kurja kylänrähjä, joka kulki kaupungin nimellä. Sananlaskuna olikin: "Kajaanissa on kaksi katua; toista kulkevat siat sateella, toista porvarit poudalla." Nämä olivat valtakatuja; lisäksi oli neljä poikkikatua, kaikki samoinkuin pihamaatkin sateella kukkuroillaan lokaa ja saviliejua, niin ettei tahtonut yli päästä. Tori oli kivien, kantojen ja pensaiden peitossa, yhtä liejuinen kuin kadutkin. Talot taas olivat kehnoja matalia pirtinrähjiä; mistä puoli tuohi- tai turvekattoa kateessa, missä seinä uhkasi pelottavasti joka hetki kaatua ohikulkijan päälle, missä ikkuna särkynyt tai päreillä ja rievuilla tukittu, missä vielä sisäänlämpiävä kiuas ja lasien sijassa alkuperäiset luukkuikkunat. Kesäisin tepastelivat lampaat, vuohet ja siat ruohoisilla kaduilla, ja lehmien kellot kilkattivat iltaisin lehmisavulla itse raatihuoneen lähettyvillä. Harvalukuinen väestö — v. 1835 vain 394 henkeä — eli maanviljelyksellä, karjanhoidolla ja kalastuksella. Hyvä tulolähde oli läpikulkevasta tervasta, jota korven kultaa siihen aikaan runsaasti valmistettiin Kajaanin vesistöjen varsilla. Talvisin suuret markkinat antoivat moneksi päiväksi eloa kaupungille, johon silloin kokoontui kansaa laajalti Suomesta ja Venäjän puolelta. — Elintavat olivat yksinkertaisia. Mainittakoon niiden kuvaukseksi eräs hupainen tarina. Kun eräs arvoisa Kajaanin kauppias toi kotiinsa oululaista nuorikkoansa, tapasivat he lähellä Kajaania kovin halpaan ulkoasuun puetun miehen lantakuormaa ajamassa. Nuorikko tiedusteli kuorman kuljettajaa mieheltään ja, saatuaan kuulla sen olevan kaupungin hyvinarvoisan raatimiehen, oli pelosta vähällä pyörähtää takaisin Ouluun, arvellen että jos raatimies jo oli tuon näköinen, niin mitä sitten muut asukkaat. — Kajaanin rouvat itse leipoivat, kehräsivät, kutoivat, parsivat ja pesivät, ja neidit seurasivat äitiensä esimerkkiä. Täällä "luonnon helmassa" saattoi kajaanilainen, kylvettyään naapurinsa saunassa, arastelematta kulkea roikkia alasti kotiinsa kadunkin poikki ja torin laitaa pitkin.
Tällaiseen vähäpätöiseen maakylään Lönnrot nyt joutui ja koteutui sinne pian erinomaisen hyvin. Yksinkertaiset rauhalliset olot miellyttivätkin häntä paljoa enemmän kuin suuren maailman melu ja hienostuneet seurapiirit. Kajaanissa oli olo vapaata ja vaatimatonta. Herrasperheitä oli vähän: pappeja, kaupungin ja kruunun virkailijoita, yhteensä noin puolikymmentä perhettä. Hajallaan ympäristössä asui myös muutamia säätyläisiä. Täällä erämaan yksinäisyydessä ja elämän arkipäiväisyydessä olivat virka- ja herrasmiehetkin siihen määrin tympeytyneet ja tylsistyneet, ett'eivät vähääkään välittäneet henkisistä harrastuksista. Ryypiskely ja korttipeli oli heidän parhaita ajanvietteitään elämän yksitoikkoisuudessa. Varsinkin pitkän pimeinä talvi-iltoina saattoi varmasti tavata tutun peliseuran koossa totilasien ääressä. Seuraelämän ylläpitämiseksi muodostettiin Lönnrotin Kajaaniin tultua oikein erityinen seuraklubi, jonka jäsenten luona vuorotellen iltaa vietettiin. Joskus pidettiin Kajaanissa tai ympäristön herraspaikoissa vaatimattomia kemuja ja tanssiaisia, joissa kieleltään sukkela, joskin käytökseltään kankea Lönnrotkin pyöräytteli Kajaanin ujoja kaunottaria. Myöhemmin (1839) Lönnrot kuvaa Kajaanin seuraelämää näin: "Tosiaan on täälläkin seurapiiri, jonka olemassaolon huomaa paraiten niissä tanssi-assembleoissa, joita tähän asti on pantu toimeen tavallisesti pari kertaa vuodessa. Kaukaisemmat vieraat tulevat 10 peninkulman ja usein pitemmänkin matkan päästä. Mutta silloin tanssitaankin niin kauan, kunnes seuraava päivä vaikenee — seikka, joka muutamille hyvästikin korvannee pitkän matkan. Ylimääräistä tanssia on välistä nimipäivillä, joita ei koskaan unhoteta, vaan joihin usein tulee yhtä kaukaisia vieraita onnea toivottamaan.
"Joulunaika on sitäpaitsi täällä niinkuin muuallakin tanssien aika. Muuten ei liian ahkerasti käydä kylässä, mutta kuitenkin usein kyllä, niin että maallakin voi odottaa vieraita parin kolmen viikon perästä, kaupungissa vähän useammin. Virvokkeita tarjotaan kahvia ja teetä ja herroille joku lasi totia. Naiset saavat sitä paitsi usein pienen lasin viiniä. Illalliseksi ei kukaan mielellään jää, vaan eroaa seura klo 9 tai 10, jolloin jokainen menee kotiinsa. Pääseikka, joka tekee nämät pienet vierailut ja pidot hauskoiksi, on se, että kaikkialla saattaa olla kuin kotonaan, ja tieto siitä, ettei sen, jonka luo on kokoonnuttu, tarvitse suuria kustannuksia surra." —
Lönnrot asuskeli alussa hyyryllä eri paikoissa ja eli niin yksinkertaisesti ja kajaanilaisittain, että kaikki ihmettelivät. Pian hän sai hauskoja ja hartaita tuttavia paikkakunnan vähälukuisista herrasmiehistä, joille Lönnrotin rehti, avoin, leikillinen ja mukautuva olemus oli sangen tervetullut lisäys erämaan yksitoikkoisuudessa. Tosin Lönnrot ei ollut harras lasinkallistaja eikä peluri; vaan hyvässä seurassa hän kyllä otti pari lasia totia, lasketteli kokkapuheita ja pössytteli uskollista piippunysäänsä, joka harvoin jouti pois hänen hampaistaan. Hän oli näet yhtä kiihkoisa tupakan polttaja kuin kahvin juojakin, ja poltti aina hyvää tupakkaa. Muuten kerrotaan hauskana muistelona, kuinka Lönnrot Kajaaniin muuttaessaan jonakin iltana tuli erääsen kestikievariin ja vilua karkoittaakseen otti pari kovaa "knorria". Majatalon väki silloin Lönnrotin suureksi hauskuudeksi arveli, että entinen piirilääkäri oli ollut jo tavallinen juoppo, mutta uusi taisi tulla vielä veikeämpi. — "Kohtuus kaikessa" oli Lönnrotin kultainen sääntö, ja niinpä hän, nähtyään juoppouden rehoittavan kukkuroillaan Kajaanissa, kohta ryhtyi täällä raittiusharrastuksiin, ollen tienraivaajia siinäkin suhteessa. Hän näet puuhasi Kajaaniin jonkinlaisen raittius- tai pikemmin kohtuusseuran, jolle hän valmisti pitkän sääntöehdotuksen maaliskuussa 1834. Seuraan yhtyikin aluksi puolitusinaa jäseniä, joukossa sangen innokkaitakin viininjumalan palvelijoita, joiden vuoksi kai Lönnrot varovaisesti muodosti seuransa juuri kohtuuden seuraksi. Lönnrot näkyy olleen seuran johtomies, mutta jäsenten vähyyden ja Lönnrotin töiden sekä matkojen tähden seura kohta hiljaisesti lienee nukkunut rauhaan. Vasta professoriksi tultuaan Lönnrot jälleen hartaasti ajoi raittiusasiaa, asettuen yleensä kohtuuden kannalle, joskaan ei vastustanut ehdotonta raittiuttakaan.
Lönnrotin toiveet saada Kajaanin rauhassa mielin määrin tutkia suomenkieltä ja koota kansanrunoutta aluksi pahasti pettivät. Maakunnassa oli näet monta kesää peräkkäin vallinnut ankara kato ja nälänhätä, joiden synnyttämät taudit, varsinkin puna- ja lavantauti, syksyllä 1832 ja talvella 1833 kaatoivat kansaa kuin niittomies heinää. Monesta talosta kuoli väki milt'ei sukupuuttoon. Kajaaniin laitettiin tilapäisiä sairashuoneita, joissa vastatulleella piirilääkärillä oli ankara työ edessä. Hän teki minkä voi, mutta kulkutauti raivosi aikansa. Helsingissä olevat ystävät lähettivät nälkää kärsiville hätäapua — muun muassa Runeberg määräsi uudesta runokokoelmasta saamansa tulot tähän tarkoitukseen — ja Lönnrot muodosti komitean, joka jakoi apua hädänalaisille. Liialliset ponnistukset kävivät yli Lönnrotinkin rautaisten voimien, taudin kova koura tarttui häneenkin ja piti häntä viisi viikkoa sairas-vuoteella. Joskus hän makasi milt'ei tunnotonna. Etelä-Suomeen levisi jo huhu Lönnrotin poismenosta, synnyttäen ystävien piirissä katkeria kaipauksen tunteita. Eräs naisrunoilija m.m. sepitti surulaulunkin Lönnrotin, "Suomen runojoutsenen", varhaisesta kuolemasta, pannen laulussaan erityistä painoa Lönnrotin runolahjoihin. Hän vertaa Lönnrotia pohjolan vaahteraan (lönn = vaahtera) ja jatkaa (O. Mannisen suomennos):
Soittons' itse Väinö vihannille
Ojens' oksilles,
Suloks Suomen maille mairehille
Sääsi säveles.
Eipä maassa matalassa täällä
Virtes viihtynyt —
Laulun iki-isä ilman päällä
Kuuntelee sua nyt.