Tähän aikaan olivat villit mongolilaiset, häviteltyään suuren osan Aasiaa, tunkeutuneet myöskin Europpaan. Hirvittävä oli heidän toimitapansa. Venäjällä he saavuttivat monta voittoa ja muuttivat yhdessä kuukaudessa neljätoista kukoistavaa kaupunkia raunioiksi. Rynnäkön tapaan hyökäten levittivät he julmaa hävitystä Puolaan ja Unkariin sekä tunkeutuivat Silesiaan, jossa saavuttivat (1241) niin suuren voiton, että ylikuninkaallensa lähettivät yhdeksän säkillistä kaatuneiden vihollisten korvia. Kun he nyt uhkasivat myöskin Saksanmaata, lähetti Fredrik Europan ruhtinaille kehoituksen tulemaan yhteiselle retkelle noita hirvittäviä raakalaisia vastaan. Mutta kun heidän suurkaaninsa silloin kuoli, peräytyivät he pois Saksan rajoilta itään päin, pitäen Europassa ainoastaan Venäjän ikeensä alla.
Gregorius IX kuoli samaan aikaan kuin mongolilaiset hyökkäsivät Silesiaan. Hän ei ollut suinkaan yksin neuvoin keisarin kanssa koettanut puolustaa kristikuntaa, vaan anastaa itselleen täydellistä herruutta Italiassa, ja sitä varten toiminut yhä kiihkeämmin keisaria vastaan. Hän oli auttanut Lombardian kaupunkien uutta kapinaa, julistanut keisarin pannaan, vieläpä kuuluttanut yleisen ristiretken juuri häntä eikä mongolilaisia vastaan.
Kohta Gregoriuksen kuoleman jälkeen valittiin paaviksi eräs keisarin entinen ystävä, joka otti nimekseen Innocentius IV. Kuultuaan vaalin päätöksen lausui Fredrik: "Pelkäänpä menettäneeni kardinaalein joukosta yhden ystävän ja saavani uudesta paavista vihollisen; eihän kukaan paavi voi olla ghibellini." Mitä Fredrik pelkäsi, kävikin toteen runsaimmassa määrässä. Uusi paavi siirtyi heti pois Lyoniin, jossa tunsi olevansa paremmassa turvassa, ja kutsui sinne yleisen kirkolliskokouksen, joka suurella komeudella avattiin (1245). Siinä kokouksessa syytettiin keisaria kaikista mahdollisista rikoksista ja paheista. Kokous juhlallisesti tuomitsi hänet helvettiin, päästi hänen vasallinsa uskollisuusvalastaan ja julisti hänet kruununsa menettäneeksi. Kun tämä tuomio ilmoitettiin Fredrikille, tuotti hän arkun, jossa hänen kruununsa olivat, ja pani yhden niistä päähänsä, sanoen: "Vielähän minä kannan kruunujani, ja niitä suinkaan ei paavi eikä kirkolliskokous minulta ota veristämättä käsiänsä."
Nyt alkanut taistelu tulikin veriseksi. Paavin käskystä levisi munkkeja kaikkiin maan ääriin saarnaamaan ristiretkeä keisaria vastaan, ja samalla lausuttiin hirvittävin sanoin pannaan-julistus sangen monessa kirkossa. Saksan keisarin kruunu luvattiin milloin kellekin ja Italiaa raateli sisällinen sota. Keisarin omassa seurapiirissä väijyskeli kavallus. Yksin Pietari de Vineiskin yritti myrkyttämään herraansa, mutta asia tuli ilmi ja hän surmasi itsensä vankeudessa. Keskellä tätä myrskyä seisoi Fredrik kauan pystyssä vasalleinsa ja ystäväinsä uskollisuuden turvissa. Poikansa Konradin taistellessa Saksassa kapinoitsijoita vastaan taisteli hän itse poikainsa Enzion ja Manfredin kanssa Italiassa. Tämän hurjan sodan aikana hajosi kaikki yhteiskunnallinen järjestys; lukemattomat rosvojoukot hävittelivät Saksanmaata, ja Italiassa pani puolueviha toimeen kauhistavia julmuuksia. Vaikka Fredrik välistä saavuttikin voittoja, kitui hänen hellätuntoinen sielunsa kuitenkin kaiken tuon kurjuuden näöstä, jota hänen voimansa ei riittänyt poistamaan. Samaan aikaan kuin hänen ystävänsä Pietari de Vineis häntä kavalsi, ottivat Bolognan asujamet vangiksi hänen rakkaimman poikansa Enzion. Surevan isän kerrotaan tarjonneen lunnaiksi niin pitkiä kultavitjoja, että ne täyttäisivät koko kaupungin ympäri, mutta ei edes siitäkään hinnasta annettu hänelle poikaansa takaisin. Vaikka Fredrik seisoikin niin paljon ylempänä aikansa käsityskantaa, ei hän kuitenkaan saanut synkkinä hetkinä torjutuksi pelkoa, että hän pannatuomion kautta oli joutuva ijankaikkiseen kadotukseen. Sisällisten tuskien kuihduttamana kuoli hän (1250) nuorimman poikansa Manfredin käsiin, jota ennen Palermon arkkipiispa hänet kuitenkin päästi pannasta ja antoi hänelle pyhän ehtoollisen.
Kirkko ei voinut taivuttaa jaloa hohenstaufia, mutta sai kyllä sotketuksi yhteiskunnallisen järjestyksen ja nostetuksi vihan ja eripuraisuuden voimat pitkiksi ajoiksi raivoamaan.
Fredrik II:sen kuoleman jälkeen seurasi koko suvun häviö. Hänen poikaansa Konrad IV:ttä vastaan, joka nimeksi hallitsi kuohuvaa, sekasortoista Saksaa, saarnautti Innocentius kerjäläismunkeilla ristiretkeä. Nelivuotisen, sankarillisen taistelun jälkeen vaipuikin Konrad murtunein voimin hautaan (1254). Fredrikin toinen poika, jalomielinen, ritarillinen Manfred, puolustautui jonkun aikaa saksalaisten ja sarasenilaisten avulla onnellisesti Etelä-Italiassa. Mutta kun paavi Urbanus IV lahjoitti Neapolin kruunun voimakkaalle, mutta ankaralle ja tunnottomalle Kaarle Anjoulaiselle, Ranskan kuninkaan Ludvig Pyhän veljelle, kääntyi onni. Beneventin taistelussa (1266), joka italialaisten kavalluksen tähden alkoi päättyä Kaarlen eduksi, syöksyi Manfred, nähdessään kaikki jo olevan hukassa, vihollisen tiheimpään ryhmään ja kuoli siellä sankarikuoleman. Konrad IV:nen poika, nuori Konrad, jota italialaiset sanoivat Conradinoksi, kuusitoistavuotinen, hyvälahjainen nuorukainen, läksi kunnianhimon unelmissa pienen saksalaisen ritarijoukon kanssa Italiaan valloittamaan takaisin isäinsä valtakuntaa. Mutta Tagliacozzon taistelussa hän oman ajattelemattomuutensa tähden joutui äkkiarvaamattoman rynnäkön jalkoihin, vaikka hänellä voitto jo melkein oli kädessänsä. Kohta sen jälkeen otettiin hänet vangiksi ja julkisesti mestattiin Palermon torilla (1268). Hän oli viimeinen Hohenstaufi.
Tosin molemmat suuret keisarit Fredrik I ja Fredrik II olivat oman toimitapansa vikojen ja ristiriitaisuuksien tähden lähimpänä aiheena sukunsa perikatoon. He laiminlöivät varsinaista valtakuntaansa Saksanmaata, perustaakseen Italiaan suurta maailmanvaltaa, joka ei enää voinut herätä eloon. He ottivat kruununsa vastaan siltä paavikunnalta, jonka vastustamisen he kuitenkin asettivat tärkeimmäksi tehtäväkseen. Sitenpä heiltä, vaikka olivat koettaneet tehdä keisariutta maailmaa hallitsevaksi, se jäi heikommaksi kuin koskaan, ja myöhään se vasta siitä jälleen voimistui. Mutta eivät he kuitenkaan ole turhaan vaikuttaneet: he iskivät paavikuntaan sellaisia haavoja, ett'ei sekään enää koskaan vaurastunut entiseen mahtavuuteensa; he nostivat kirkon vallan-väärinkäytöksiä vastaan elinvoimaisen kansanhengen; he saattoivat esiin Rooman lain vielä kerran perustamaan yhteiskunnallista järjestystä Europpaan; ja he auttoivat yliopistoja, joiden tutkimukset edistivät keskiajan pimeiden henkien pakoon karkoittamista. Viimeisen hohenstaufin kukistus ei ollut paavikunnan voitto, vaikka se siltä näytti.
Englanti ensimmäisten Plantagenet-sukuisten kuningasten aikana.
Henrik II ja Tuomas Becket.