Mecheliniä pidettiin uuden senaatin varsinaisena sieluna, niinkuin käy ilmi jo siitäkin, että sitä sekä maassamme että sen rajain ulkopuolella jokseenkin yleisesti oli tapana sanoa "Mechelinin senaatiksi". Sitä laajaa uudistustyötä, minkä se oli asettanut tehtäväkseen, ei se kokonaan kyennyt toteuttamaan liian lyhyenä elinaikanaan ja niiden moninaisten vaikeuksien johdosta, joita aiheutui Venäjän taantumuksen elpymisestä ja Suomen sisäisestä puoluehajaannuksesta. Kuitenkin sen onnistui aikaansaada useita yleishyödyllisiä toimenpiteitä. Bobrikoffin aikana annetut säännökset venäjän kielen käyttämisestä virastoissamme kumottiin senaatin alistuksen johdosta toukokuun 3 p:nä 1906 annetulla asetuksella, jonka ehdotuksen Mechelin oli laatinut. Valtiosäätyjen hyväksymällä lailla joulukuun 22 p:ltä 1906 asetettiin routavuosina laittomasti erotetut virkamiehet entisiin virkoihinsa ja poistettiin heidän sijalleen nimitetyt. Bobrikoffin toimesta oli edellisen senaatin jäsenten ja muiden korkeampain virkamiesten palkkoja melko lailla korotettu; nyt ne senaatin omasta alotteesta alennettiin entisiin määriinsä ja alistus tehtiin senaatin muidenkin virkamiesten palkkojen alentamisesta. Sitä vastoin senaatti ryhtyi toimenpiteisiin erinäisten alempain virkamiesten, niinkuin postinkantajat, luotsien, vanginvartijat ja rautatieläisten palkkojen korottamiseksi. Bobrikoffin aikana oli tuskin ensinkään annettu valtioapua yhteiskunnalliseen valistustyöhön, kansanopistoille ja muihin sellaisiin tarkoituksiin; uusi senaatti ryhtyi noudattamaan aivan päinvastaista menettelytapaa koettaen valtioavuilla edistää valistuksen levittämistä. Sen esityksestä määrättiin tammikuun 10 p:nä 1907, että senaatin oli sallittu myöntää yleisistä varoista apurahoja maaseudun yksityisoppilaitoksille samaan määrään kuin kaupunkienkin yksityisoppilaitoksille. Ja sen alotteesta tammikuun 24 p:nä 1908 annetulla lailla parannettiin maaseudun kansakouluopettajiston palkkaetuja.
Jo pian nimityksensä jälkeen päätti senaatti tehdä alistuksen Suomen asevelvollisen sotaväen sekä kaartinpataljoonan jälleen asettamisesta, joten sopivimmin saataisiin asevelvollisten pataljoonain yli- ja alipäällystöä. Myöhemminkin senaatti Suomesta Venäjän valtiorahastoon sotilastarkoituksia varten suoritettavia apumaksuja koskevan kysymyksen yhteydessä huomautti, että maamme sotilaskysymys olisi ratkaistava laillista tietä jälleen asettamalla Suomen sotaväki ja että Suomen suoritettavat apumaksujen ei tulisi jäädä pysyviksi. Valitettavasti ei näihin alistuksiin pantu huomiota.
Siinä Venäjän perustuslain ehdotuksessa, jonka keisari vahvisti toukokuun 6 p:nä 1906, oli 2 §:ssä kysymys Venäjän ja Suomen keskinäisestä suhteesta alkuaan määritelty epätarkasti ja meille epäedullisella tavalla, mutta Mechelinin onnistui neuvottelemalla kreivi Witten kanssa saada mainittu säännös oikaistuksi ja parannetuksi, vaikkakaan ei aivan sellaiseksi kuin olisi halunnut. Se sai seuraavan sanonnan: "Suomen suuriruhtinaanmaata, joka on erottamaton osa Venäjän valtakuntaa, hallitaan sisäisissä asioissaan erityisten laitosten avulla, erityisen lainsäädännön perusteella." Kun marraskuun-julistuskirjan ilmestyttyä Tagantseffin komitean suomalaiset jäsenet olivat pyytäneet vapautusta tästä tehtävästä, alisti senaatti toukokuun 31 p:nä 1906 alamaisesti, että tähän pyyntöön suostuttaisiin ja ettei uusia jäseniä määrättäisi, koska komitean asettamisen edellytykset nyt olivat rauenneet. Tagantseffin komitea hajoitettiinkin.
Se mielten kuohu, joka Suomessa oli kohonnut korkeimmilleen suurlakon aikana, ei asettunut heti lakon loputtua, vaan aikaansai lähinnä seuraavana aikana paikka paikoin työlakkoja, toisinaan valitettavia väkivallantekojakin. Elokuun alussa 1906 puhkesi Viaporin sotilaskapina, johon osa "punakaartilaisiamme" hairahtui ottamaan osaa. Niinkuin tunnettu, aiheutti tämä verenvuodatusta Hakaniemen torilla punakaartilaisten ja perustuslaillisen suojeluskunnan välisessä yhteentörmäyksessä. Näiden valitettavain tapausten johdosta hajoitti senaatti punakaartin ja ryhtyi heikontunutta poliisikuntaa vahvistamaan käyttäen siihen hajoitetussa kotimaisessa sotaväessä aikaisemmin palvellutta miehistöä. Mellakkaan osaa ottaneita niinikään rangaistiin; osa heistä tuomittiin kuritushuonerangaistukseen. Salassa perustettu "Voima" seurakin, jonka tarkoitusperät olivat olleet hämäriä, mutta jonka toimitetussa tutkimuksessa havaittiin tahtoneen muodostaa jäsenistään jonkinlaisen sotilaallisen järjestön, hajoitettiin senaatin toimesta, koska seuran toiminta ei ollut lakiemme mukaista. Venäjän sisäasiainministerin esityksen johdosta julkaisi senaatti marraskuussa 1906, hankittuaan lausunnon eräiltä maamme etevimmiltä lakimiehiltä ja heidän mielipiteensä mukaisesti, määräyksiä niiden Venäjän kansalaisten luovuttamisesta asianomaisten Suomen viranomaisten välityksellä, jotka keisarikunnassa olivat tehneet rikoksen tahi joita siitä epäiltiin ja jotka olivat etsineet turvaa Suomessa tahi täällä valmistelleet Venäjän lakeja loukkaavia tekoja.
Näistä toimenpiteistä huolimatta jatkoi Venäjän sanomalehdistön kiihkokansallinen osa, joka jo kohdakkoin marraskuun-julistuskirjan antamisen jälkeen oli uudestaan alottanut hyökkäyksensä Suomea vastaan, kotimaisen hallituksemme syyttämistä rikollisesta leväperäisyydestä kumouksellisiin nähden. Tietenkin käytettiin ilmiöitä sellaisia kuin punakaarti, Voima ja muuan ilmisaatu aseiden tuonti, joka pantiin viimeksi mainitun seuran syyksi, tervetulleina aiheina vaikutusvaltaisten venäläisten piirien mielialan kiihottamiseksi maatamme vastaan. Tämän toiminnan seurauksia ehkäistäkseen senaatti lähetti maaliskuussa 1907 korkeimpaan paikkaan Mechelinin laatiman esityksen maamme valtiollisesta tilasta ja niiden ilmiöiden todellisesta laadusta, joihin Venäjällä oli pantu liiallista merkitystä, sekä selonteon senaatin toimenpiteistä rauhan säilyttämiseksi.
Venäläiseltä taholta tehtyjen valitusten aiheita oli muiden muassa, että syntyperäisten venäläisten, päästäkseen Suomessa nauttimaan samoja oikeuksia kuin suomalaiset, täytyi hankkia Suomen kansalaisoikeudet, jota vastoin suomalaiset keisarikunnassa ilman muuta saivat samat oikeudet kuin venäläisillä siellä oli. Senaatti oli jo kesäkuussa 1906 tehnyt esityksen asetuksen julkaisemisesta, jonka kautta venäläisten oikeus päästä Suomen kansalaisiksi tulisi sopivalla tavalla ratkaistuksi. Senaatin laatima sellaisen asetuksen ehdotus oli kuitenkin herättänyt kenraalikuvernööri Gerardissa epäilyjä. Tämän johdosta laati Mechelin kirjelmän kenraalikuvernöörille, koettaen siinä perusteellisilla syillä poistaa noita epäilyjä. Se seikka että Venäjällä oli paheksuttu sitä, että venäläisten, saadakseen täydet kansalaisoikeudet Suomessa, oli hankittava Suomen kansalaisoikeudet, johtuu Mechelinin käsityksen mukaan katsantotavasta, joka ei ole ottanut huomioon keisarikunnan ja suuriruhtinaanmaan välisiä valtio-oikeudellisia rajoja. Suomalaisten katsotaan keisarin alamaisina olevan Venäjänkin alamaisia. Mutta tämä katsantokanta ei ole oikea. Sillä vaikka Venäjän valta kansainoikeuden kannalta on yksi ainoa oikeussubjekti, ei tämä seikka poista Venäjän vallan kokoumuksen valtio-oikeudellista kaksinaisuutta. Venäläiset ovat keisarikunnan hallitusvallan ja lakien, suomalaiset suuriruhtinaanmaan hallitusvallan ja lakien alaisia. Yleisten oikeusperiaatteiden mukaista olisi, jos keisarikunnassa säädettäisiin, että vain ne suomalaiset, jotka ovat Venäjällä kansalaistuneet, ovat oikeuksiin nähden yhdenvertaiset syntyperäisten venäläisten kanssa. Omasta puolestaan Mechelin arvelee perustuslaillisen järjestelmän toteuttamisesta keisarikunnassa olevan seurauksena, että Venäjän kansalaisoikeus säädetään sekä valtionvirkaan pääsyn että kunnallisen ja valtiollisen äänioikeuden ehdoksi.
Tällä välin senaatti jatkoi sisäistä uudistustyötä. Senaatin molempain osastojen yhteisessä täysi-istunnossa joulukuun 4 p:nä 1906 esiteltiin Mechelinin tekemä niiden hallituksen esitysten tarkka luettelo, mitkä olisi senaatin laadittava ja vastaisten valtiopäiväin käsiteltäväksi annettava. Tässä kokonaista 55 kohtaa käsittävässä luettelossa oli kysymyksiä, joista eräitä oli käsitelty edellisillä valtiopäivillä, mutta jäänyt ratkaisematta, toiset taas olivat uusia. Näitä kysymyksiä oli ehdotukset siviliavioliiton käytäntöön ottamisesta, oikeudenkäyntilaitoksen uudistamisesta, yleisen oppipakon toimeenpanemisesta, uskonnonvapauden laajentamisesta, papiston palkkauksen uudesti järjestämisestä, Suomen sotaväen jälleen asettamisesta, elinkeinoja, köyhäinhoitoa, kyydinpitoa ja majataloja sekä teiden tekoa ja kunnossapitoa koskevain lakien tarkastamisesta, työntekijäin aseman turvaamisesta ja tilattoman maalaisväestön maanhankinnan edistämisestä, yhteismetsäin järjestämisestä ja metsänraiskauksen ehkäisemisestä, väkijuomain väärinkäytön vastustamisesta ja uuden hallitusmuodon säätämisestä Suomelle. Tämän uudistusluettelon, joka oli tarkistettu laitos Mechelinin jo vuotta aikaisemmin esittämää luetteloa, hyväksyi senaatti nytkin, ja asianomaisille toimituskunnille sekä vartavasten asetetuille komiteoille annettiin tehtäväksi esitysehdotusten laatiminen.
Niinkuin jo edellä mainittiin, oli Mechelin aina elävästi harrastanut uuden hallitusmuodon aikaansaamista maallemme. Hän oli edelleenkin sitä mieltä, että maamme kaipasi hallitusmuotoa, joka sisältäisi kaiken, mitä vanhoissa perustuslaeissamme oli olennaista, mutta uudistetussa muodossa ja erinäisissä kohdin parannettuna ja sisällyksensä puolesta selvennettynä. Hän toivoi sellaisen hallitusmuotomme ajanmukaisen uudistuksen myös helpottavan Suomen ja keisarikunnan välistä suhdetta koskevain riitakysymysten ratkaisua ja siten osaltaan auttavan torjumaan maatamme uhkaavia vaaroja.
Jo karkoitusaikanaan Tukholmassa oli hän tehnyt alkuluonnoksen, ja oleskellessaan kesällä 1905 perhetilallaan Löyttymäellä hän laati täydellisen hallitusmuodon ehdotuksen, jotta se olisi käsillä, jos ja milloin olot osottautuisivat sopiviksi sen toteuttamiseen. Nyt, lopulla vuotta 1906, kun olot olivat jonkin verran levollisemmat, arveli hän olevan tilaisuutta käytettävä. Kun senaatin voimassa olevan työjärjestyksen mukaan oikeustoimituskunnan asiana oli alotteiden tekeminen perustuslakia koskeviksi lainsäädäntötoimenpiteiksi, keskusteli Mechelin asiasta mainitun toimituskunnan päällikön, senaattori Nyberghin kanssa, joka suostui ottamaan asian täysi-istunnossa käsiteltäväksi. Senaatti asetti tämän johdosta keskuudestaan valmisteluvaliokunnan, johon Mechelin itse tuli jäseneksi. Samalla senaatti teki korkeimpaan paikkaan ilmoituksen tästä toimenpiteestä sekä sen syistä, tämän aiheuttamatta muistutusta Hänen Majesteettinsa puolelta. Mechelinin laatima ehdotus pantiin valmistelutyön pohjaksi sekä lähetettiin, senaatin siihen tehtyä erinäisiä muutoksia, kesällä 1907 kenraalikuvernööri Gerardille alistettavaksi hallitsijan tutkittavaksi ja, jos se saavuttaisi hänen hyväksymisensä, annettavaksi hallituksen esityksenä valtiopäiväin käsiteltäväksi. Mutta sinä lyhyenä aikana, minkä Gerard enää oli kenraalikuvernöörinä, ei hän ehtinyt toimittaa ehdotusta perille. Hänen seuraajansakaan, kenraali Böckmann, ei kenraalikuvernöörinä ollessaan lähettänyt sitä ratkaisevaan paikkaan. Uutta hallitusmuotoa, josta ensimäinen yksikamarieduskuntakin teki anomuksen, ei siis Suomelle saatu. Mechelinin hallitusmuodon täydennykseksi laatimat ehdotukset budjettioikeuden kehittämiseksi siihen suuntaan, että valtionbudjetti pääasiallisesti käsittäisi vain eduskunnan hyväksymiä menoeriä sekä että tullimaksut olisivat eduskunnan harkinnan ja suostumuksen varassa, saavuttivat senaatin kannatuksen, mutta jäivät hallitsijalle esittämättä.
Perustuslaillisen senaatin toimesta laaditut lakiuudistusten ehdotukset tarkoittivat suureksi osaksi taloudellisesti huonompiosaisten yhteiskuntaluokkain, teollisuustyöväen ja tilattoman maalaisväestön, aseman parantamista. Elinkeinolain uudistamiseksi oli jo se v. 1898 asetettu komitea, jossa, niinkuin aikaisemmin mainittiin, Mechelin toimi puheenjohtajana, tehnyt ehdotuksen. Senaatin toimesta laati nyt kauppa- ja teollisuustoimituskunnan protokollasihteeri Leo Ehrnrooth samasta asiasta uuden ehdotuksen, joka hallituksen esityksenä annettiin 1907 vuoden eduskunnan käsiteltäväksi. Lisäksi laati Ehrnrooth ehdotukset laiksi työnvälityksestä eli työn hankkimisesta työttömille sekä ammattivaltuusmieslaitoksen uudistukseksi. Maanhankintakysymyksessä laati komitea, jonka puheenjohtajana oli lakitieteenkandidaatti Jonas Castrén, lakiehdotuksen maan hankkimisesta tilattomalle maalaisväestölle tarkoitusta varten perustetun lainarahaston avulla. Valtio osti maatiloja viljelystiloiksi ositettaviksi. Eduskunnan käsiteltäväksi annettiin hallituksen esitys maanvuokrasta maalla ja toinen kyytirasituksen huojentamisesta kyytirahaa korottamalla, poistamalla kyytirasitus maanomistajilta ja jakamalla se kaikkien yhteiskuntaluokkain kannettavaksi sekä valtioapua antamalla. Samoin annettiin eduskunnalle esityksiä yhteismetsistä sekä teollisuudenharjoittajain ja sahayhtiöiden oikeuden rajoittamisesta hankkia maalaiskiinteistöjä — näin metsäin hävityksen estämiseksi. Niinikään oli senaatti laadituttanut yleisen oppipakon ehdotuksen, jonka eduskunta käsitteli alussa vuotta 1908.