Verraten vähäiseksi kuitenkin jäi näihin ja useihin muihin lakiehdotuksiin käytetyn runsaan työn tulos. Ainoastaan vähäisen osan niitä ehti eduskunta käsitellä sinä aikana, jona perustuslaillisen senaatin oli suotu vaikuttaa asiain kulkuun. Ehdotukset kohtasivat usein vastustusta eduskunnassa, jonka jyrkät ryhmät eivät tahtoneet tyytyä maltillisiin uudistuksiin. Näin maanvuokrakysymyksessä, jossa näiden ryhmäin käsitys sai ilmauksensa maaliskuun 12 p:nä 1909 vahvistetussa jokseenkin epäonnistuneessa maavuokralaissa. Senaatin v. 1906 asettama komitea, vapaaherra V. von Born puheenjohtajana, laati ehdotukset uskonnonvapauden laajentamiseksi ja siviliavioliiton käytäntöön saattamiseksi, jotka ehdotukset annettiin kirkolliskokouksen käsiteltäviksi ja saivat osakseen moitetta niin korkeakirkolliselta kuin kirkon vastustajainkin taholta sekä jäivät tuloksettomiksi. Yleisessä valtiollisessa asemassa kohdakkoin tapahtunut käänne sai aikaan, ettei sellainen vapaamielinen uudistuspolitiikka kuin Mechelinin ja hänen senaattinsa ajama, enää voinut toivoa saavansa korkeimman vallan kannatusta. Hyödytöntä ei tuo työ kuitenkaan ole ollut, sillä ne useita tärkeitä yhteiskunnallisia kysymyksiä käsittelevät, laajat ja perusteelliset mietinnöt, jotka silloin laadittiin, ovat epäilemättä tarjonneet hyvää ohjausta monelle, joka on noihin kysymyksiin halunnut tutustua, ja toivoa saanee, että niistä vastedeskin on samaa hyötyä.
Senaatin tämän aikuisista hallinnollisista toimenpiteistä sopii mainita ohjesääntöisen ammattihaureuden lopettaminen toukokuun 16 p:nä 1907 annetulla asetuksella. Ja senaatin toimesta sai Suomen teknillinen korkeakoulu sääntönsä vahvistetuiksi huhtikuun 2 p:nä 1908 annetulla asetuksella.
* * * * *
Venäjällä pääsi taantumus uudelleen valtaan. Jo keväällä 1906 erosi kreivi Witte pääministerintoimesta ja heinäkuussa astui tähän toimeen jyrkästi kansalliskiihkoinen Stolypin. Sen jälkeen kun duuma hallituksenvastaisen kantansa takia kahdesti oli hajoitettu ja uusi vaalilaki julkaistu, jolla hallitus koetti turvata itselleen toiveidensa mukaiset vaalitulokset, pääsi kolmannessa duumassa voitolle taantumuksellinen suunta, joka ilmeni muun muassa vihamielisyydessä Suomea kohtaan. Stolypin ei hyväksynyt kenraalikuvernööri Gerardin kantaa Suomen kysymyksissä. Syksyllä 1907 nimitettiin kenraalimajuri Seyn, joka oli avustanut Bobrikoffia hänen Suomi-politiikassaan, kenraalikuvernöörin apulaiseksi. Nimitys toimitettiin Venäjän hallitsevalle senaatille osotetulla ukaasilla, joten itse nimitystapakin osotti viranpitäjän venäläiseksi virkamieheksi Suomessa. Suuret joukot venäläistä sotaväkeä lähetettiin maahamme syksyllä 1907.
Gerard erosi helmikuussa 1908 ja sai sen johdosta täällä osakseen suosionosotuksia. Senaatin jäsenet pitivät hänelle ja hänen perheelleen juhlapäivälliset, joissa Mechelin ranskankielisessä puheessa esitti senaatin kiitokset kunniavieraan virkakautenaan noudattamasta, Suomen valtiosääntöä kunnioittavasta hallitustavasta ja hänen maallemme osottamistaan palveluksista.
Valitettavasti ei Suomen synkkenevä tulevaisuus saanut, niinkuin kuitenkin olisi sopinut toivoa, puolueiden välistä, sisäistä kinastelua vaikenemaan, vaan se päinvastoin kiihtymistään kiihtyi. Eduskunnassa helmikuun 19 p:nä 1908 esitellyissä erinäisissä välikysymyksissä tiedusteltiin hallitukselta, mitä se oli tehnyt ja aikoi tehdä maamme oikeuden ja parhaan turvaamiseksi. Hallituksen puolesta Mechelin vastasi näihin välikysymyksiin täysi-istunnossa paria päivää myöhemmin. Perustuslakivaliokunta, johon asia oli lähetetty valmisteltavaksi, ehdotti, että eduskunta annettavassaan lausunnossa kehottaisi hallitusta tekemään voitavansa torjuakseen niitä vaaroja, jotka uhkasivat maamme perustuslakien turvaamaa oikeutta. Mutta valiokunnan mietintöön olivat sekä maalaisliittolaiset ja sosiaalidemokraatit että vanhatsuomalaiset liittäneet vastalauseita, joissa senaattia ankarasti moitittiin. Sosiaalidemokraatit, jotka tässä menivät pisimmälle, moittivat senaattia liiallisesta myöntyväisyydestä Venäjän hallituksen vaatimuksiin sekä siitä, ettei se sisäpolitiikassamme ollut tarpeeksi kansanvaltainen, se kun ei ollut toteuttanut kansan vaatimia uudistuksia. Vanhainsuomalaisten vastalause oli sisällykseltään ihan päinvastainen; siinä moitittiin senaattia siitä, ettei se ollut tarpeeksi koettanut saada aikaan välinselvitystä Venäjän vallanpitäjäin kanssa. Asiasta eduskunnassa maaliskuun 27 p:nä keskusteltaessa Mechelin suuressa puheessa osotti syytökset aiheettomiksi ja vääriksi. Senaatti oli, hän lausui, laatinut suuren joukon uudistusehdotuksia, joista useat olivat tarkoittaneet kansan laajojen kerrosten taloudellisen aseman parantamista ja olleet eduskunnankin käsiteltävinä. Ei ollut senaatin syy, etteivät ne kaikki olleet johtaneet tulokseen. Laillisia oloja oli senaatti parhaansa mukaan koettanut palauttaa, mutta ei suinkaan ollut, niinkuin vanhallasuomalaisella taholla oli väitetty, vastustanut kaikkia yrityksiä päästä sovinnolliseen selvitykseen Venäjän vallanpitäjäin kanssa Venäjän ja Suomen välisten suhteiden järjestämisestä. Vastikään oli senaatti, ilmoitti Mechelin, Hänen Majesteetilleen alistanut, että ne mainittuja suhteita koskevat kysymykset, joista vallitsi eri mieliä, annettaisiin venäläisistä ja suomalaisista jäsenistä muodostetun neuvottelukunnan käsiteltäviksi. Mutta senaatti oli ollut ja oli edelleenkin sillä kannalla, että Suomen oikeutetut edut oli huomioon otettava ja Suomen perustuslakeja näitä kysymyksiä järjestettäessä noudatettava.
Mietinnöstä ensimäistä kertaa äänestettäessä voitti vanhainsuomalaisten vastalauseen vastaehdotukseksi pantu sosialistien vastalause, minkä jälkeen edelliset pysyivät erillään koko äänestyksestä. Tulos oli, että lopullisessa, ratkaisevassa äänestyksessä sosialistien vastalause vei voiton yhdistyneiden perustuslaillisten kannattamasta mietinnöstä. Kotimainen hallituksemme oli siis saanut täydellisen epäluottamuslauseen kansaneduskunnalta kiitokseksi isänmaallisesta työstään. Mechelin ja talousosaston muut jäsenet asettivat tämän johdosta paikkansa hallitsijan käytettäväksi. Tarjousta ei kuitenkaan heti hyväksytty, mutta sitä vastoin eduskunta hajoitettiin ja määräys uusien vaalien toimittamisesta annettiin.
Venäjän valtakunnanduumassa piti Stolypin toukokuun 18 p:nä 1908 huomiota ansaitsevan puheen, jossa hän ajoi sitä mielipidettä, että Venäjän ja Suomen yhteisiä etuja koskevain kysymysten tuli saada yhteinen, Venäjän "historiallisia suvereniteettioikeuksia" tyydyttävä ratkaisu, joihin oikeuksiin hänen mielestään Suomeen nähden ei ollut pantu asianmukaista huomiota. Oli vahvistettava tämän lainsäädännön yhteinen järjestys, eikä siihen tarvittu Suomen eduskunnan suostumusta. Suomen senaatin ehdotuksessa Suomen uudeksi hallitusmuodoksi katsottiin tosin asiaa toisin, mutta se oli vain "separatistinen temppu". Jotta voitaisiin arvostella, mitkä asiat koskivat Venäjän etuja, olisi tarpeellista, että Venäjän ministerineuvosto edeltäkäsin tarkastaisi asiat ja kiinnittäisi hallitsijan huomiota niiden laatuun. Sen vuoksi olisi yleensä vain sellaiset asiat alistettava hallitsijan ratkaistaviksi, jotka ministerineuvosto oli tarkastanut ja joista se oli antanut mietintönsä. — Nämä näkökohdat määräsivät korkeimman vallan kohdakkoin sen jälkeen Toukokuun 20 (kesäkuun 2) p:nä 1908 vahvistaman Venäjän ministerineuvoston pöytäkirjan sisällyksen. Venäjän ministerineuvosto sai siten Suomen senaattia ja ministerivaltiosihteeriä korkeamman vallan tarkastaa hallitsijan ratkaistaviksi alistettavat Suomen asiat.
Valtiollinen asema oli täten kehittynyt sellaiseksi, että Mechelinin oli mahdoton jäädä hallitukseemme. Stolypin kuuluu erityisesti halunneen hänen eroaan, ja Mechelin lienee saanut kehotuksen lähettää perille sen eronpyynnön, jonka hän jo oli ilmoittanut olevansa valmis tekemään eduskunnan äänestyksen tuloksen johdosta. Hän siis pyysi osin muutetuilla perusteilla eroa ja saikin sen kesäkuun 5 p:nä samalla kertaa kuin eräät virkatoverinsakin, senaattorit Ignatius, Donner ja Stjernvall sekä prokuraattori Grotenfelt. Perustuslaillisilta kansalaisilta saivat mainitut herrat eronsa johdosta vastaanottaa lukuisia syvän kunnioituksen ja hartaan kiitollisuuden osotuksia suorittamastaan työstä.