Silloin Caesar, vuonna 49, joukkoineen Galliasta todellakin hyökkää esiin, yli Rubicon! Pompeius ei ole taisteluun ollenkaan valmistautunut ja on mitä tukalimmassa asemassa. Hän oli kepeästi kerskaillut: "Jos Caesar tulee, minä poljen jalallani legioonat maasta"; todiste siitä, miten vähän hän uskoi sodan mahdollisuuteen. Jonkun aikaa hän horjui, mitä olisi tehtävä. Sotilaallisissa kysymyksissä niin arvostelukyvytön ihminen kuin Cicero luulee, että hän on menettänyt järkensä, ja huutaa ja parkuu sitä, että Pompeius jättää Italian. Mutta Pompeius toimi oikein, ja hän tiesi nyt, mitä oli tehtävä. Laivaannousu onnistui. Hän siirsi sodan Balkanin niemelle, Epeirokseen, Thessaliaan.
Mahtava laivasto on hänen käytettävissään, mutta sotajoukossa, jonka hän uudesta muodostaa, on suurimmaksi osaksi juuri äsken värvättyjä, taisteluun kelpaamattomia nahkapoikia.[53] Espanjassa olevia legiooniansa hän ei tuota paikalle. Avointa kenttätaistelua on siis vältettävä, vastustaja kun joukkojen laatuun nähden on verrattomasti ylivoimainen. Pompeiuksen tarkoituksena on siihen sijaan laivastonsa avulla saartaa Caesar, kun tämä hänen perästänsä on rientänyt Balkanin niemimaalle, katkaista häneltä yhteys Italian kanssa ja siten lopuksi näännyttää hänet nälkään, ja suunnitelma olisi hänelle varmaan onnistunutkin. Laskelma oli hyvä. Mutta kovaonni tahtoi, että hänen päämajassansa tungeskeli parvi ylhäistä väkeä ja vanhoja herroja, satakunta paennutta senaattoria uhkeine kuormastoineen, taistelussa tyhjäntoimittajia. Nämä toitottivat alinomaan hänen korvaansa, että hänen oli heti iskettävä, niin pian kuin vihollinen vain näyttäytyisi. Pompeius oli viisaampi. Kaikissa tähänastisissa sodissaan hän oli vain omaa päätänsä seurannut, ja hän oli voittanut aina. Nyt hän, huumaantuneena pyytelemisestä ja meluamisesta ympärillänsä, seurasi ensimäistä kertaa vieraita neuvoja, ja niin tapahtui tuo kovaonninen taistelu Pharsaloksen luona, 9 p. elokuuta 48. Pharsaloksen luona ei lyöty Pompeiusta, vaan senaatti. Se moite jää häntä kumminkin ainaiseksi painamaan, että hän antoi tyhmäin saada tahtonsa toteutumaan. Tapahtui, mikä on itsestänsä ymmärrettävää, että pienempi, oivallisesti kouluutettu sotajoukko voittaa suuremman, joka on harjoittamaton.
Heti ensimäisen menetetyn ratsuväkikahakan jälkeen — siinä iskivät Caesarin gallialaiset ratsumiehet kasvot rikki ylhäisiltä roomalaisilta aatelisnuorukaisilta — Pompeius ymmärsi tilanteen, ja hänen päätöksensä oli tehty. Hän jätti tuota pikaa taistelukentän, ja hänen vaikuttimensa ovat ilmeiset. Hänestä itsestänsä saisi tulla, mitä jumalat tahtoivat: tämän taistelun ei pitänyt joutua hänen laskuunsa. Sitä vaati häneltä hänen kunniantuntonsa ja hänen sotapäällikkömaineensa. Herrat, jotka olivat sen aikaansaaneet, saisivat nyt tappionkin maljan pohjaan tyhjentää. Hän tiesi ja lausui ajatuksensa julki: "Caesar on hyväntahtoinen ihminen; hän ei toimeenpane verilöylyä niiden kesken, jotka hänelle antautuvat".[54] Ja nytkin hän toimi tarkoinajatellun suunnitelman mukaisesti: Hänen asemansa oli melkoisesti huonontunut. Mutta, olkoonkin, että Caesar Balkanin niemimaalla oli voittajana, meri kuului vielä Pompeiukselle; hänellä oli vielä sotalaivansa, ja Caesarilla ei niitä ollut lainkaan. Hän voi siis nytkin vielä laivoillansa vastustajan täydellisesti saartaa ja hervaista ja siten pakoittaa kohtuulliseen sovintoon. Siten itse asiassa myöhemmin hänen poikansakin Sextus Pompeius meren kuninkaana esitti maavalloille ehtonsa.
Tämä oli suunnitelma. Mutta lähinnä piti paon onnistua. Se oli tuskallinen pako ja onnen käännös järkyttävä. Muutamain harvain saattamana kerran kaikkivaltias mies kiitää Thessalian rannikolle. Siellä hän pääsee pieneen kauppalaivaan. Kuljetaan kohti etelää. Kun joutuu päivällisaika (kenties siellä oli vain talonpoikaisleipää, liiseistä tai hirssistä valmistettua), hänen ylhäinen saattajansa Favonius, senaattorisäätyinen herra, kiiruhtaa riisumaan Pompeiukselta sandaaleja ja palvelee häntä ylipäänsä kuten herraansa, aina jalkojen pesuun saakka.
Pompeiuksen täytyi koettaa saavuttaa laivastonsa. Sitä varten oli tarpeen päästä ensiksikin maihin turvalliseen paikkaan. Hän etsi käsiinsä todellakin pari sotalaivaansa ja purjehti Egyptiin, joka silloin oli puolueetonta aluetta ja vielä itsenäinen kuningaskunta. Hänen puolisonsa Cornelia sekä kuusikymmentä senaattorisäätyistä miestä oli hänellä nyt seuraajinansa. Cornelian tuskaa ja valitusta kuvaillaan meille liikuttavasti kuin murhenäytelmässä.
Mutta ei tiedetty, minkämielinen Egyptin hovi olisi, ja maihinnousu Aleksandreiaan ei ollut vaaraton. Eunukki Potheinoksella oli Egyptin hallitus käsissään; sillä kuningas Ptolemaios oli vielä aivan nuori. Pompeius lähetti siis lähetystön pyytämään vastaanottoa. Potheinos suostui tähän pyyntöön, mutta todellisuudessa hän teki suunnitelman toimittaa Pompeiuksen pois maailmasta. "Ken on kuollut, hän ei pure enää", hän sanoi, ja hänestä näytti mukavammalta, että tulevaisuudessa oli tekemistä Caesarin kanssa yksin. Kaksi roomalaista vallanpitäjää oli hänelle liian paljo.
Noustakseen maihin Pompeiuksen täytyi jättää sotalaivansa ja puolisonsa; sillä vesi oli liian matalaa (niin sanottiin); hän astui pieneen kalastajavenheeseen. Hänen viimeiset sanansa Cornelialle olivat vapautta ja orjuutta käsitteleviä säkeitä eräästä Sophokleen murhenäytelmästä. Corneliahan oli oppinut sielu, ja Pompeius ilahdutti häntä mielellään jollakin sitaatilla. Ruuhessa oli kolme miestä, Potheinoksen käskyläisiä. Kun Pompeiusta soudettiin maihin, hiljaisuus herätti hänen huomiotansa ja se, ettei kukaan puhellut hänen kanssaan. Hän katseli kummastellen ympärilleen; hänestä tuntui kammottavalta. Hän koetti alkaa ystävällistä keskustelua, mutta puhuteltu nyökkäsi vain sanattomasti. Silloin hän otti esille sen puheen konseptin, jonka hän kreikaksi aikoi kuninkaalle pitää, ja luki sen vielä kerran läpi, kunnes venhe törmäsi rantaan. Kuninkaallisia hovivirkamiehiä, yleisöä odotteli häntä uteliaina. Vapautetun palvelijansa Philippoksen auttamana hän nousi penkiltä astuakseen rannalle. Silloin lävistettiin hänet takaapäin. Kaikki kolme miestä iskivät häneen. Hän verhosi päänsä ja huoahti vain. Hän oli edellisenä päivänä täyttänyt 59 vuotta. Cornelia, nuori vaimo, näki kaiken kaukaa laivastansa, ja hänen valitushuutonsa kaikui yli meren.
Suojatonna, uteliasten töllistelemänä, murhattu makasi rannalla. Hänen päänsä hakattiin irti: Palvelija Philippos etsi puita polttorovioksi, poltti ruumiin ja keräsi tuhkan. Kun Caesar sitten tuli Egyptiin, ojennettiin hänelle Pompeiuksen pää. Hän kääntyi kauhistuen pois; eunukki Potheinoksen hän mestautti. Pompeiuksen tuhka vietiin hänen albanolaismaatilallensa Rooman lähellä.
Maailma oli kauhistunut ja hämmästyksissään. Oli kuin auringonlasku. Sillä aurinkoon vanhat todella ovat Pompeiusta verranneet, hänen helppo voitonratansa kun kuljetti häntä auringonnoususta auringonlaskuun, Punaiselta ja Kaspian mereltä Atlantin valtamerelle.[55] Hän oli viimeinen suuria roomalaisia, joka miekassa löysi ilonsa ja eli vain sotaa ja voittoa varten, yksinvaltaa haluamatta. Jos hän siitä huolimatta välistä esiintyi maailmassa kuin kuninkaana, niin hän teki sen vain pakosta, olosuhteiden esille sysäämänä, epäröiden, niin, osaksi piinautuneena. Hänen ihmetyttävät strategiset menestyksensä, joita onni hänen osaksensa soi, olivat painollansa vetäneet hänet vastoin hänen tahtoansa kansalaismelskeitten ja suuren politiikan keskukseen. Mutta Pompeius oli liian paljon ihminen ollakseen se oikea, kovakätinen yksinvaltias, jota vanha aika tarvitsi.
Iulius Caesar on antanut kunnioittaa itseänsä jumalana; hän näki sen mielellään. Pompeius olisi varmaan myöskin voinut tämän kunnian saada; mutta hän on välttänyt sitä.[55] Tämäkin on kuvaavaa miesten väliselle erolle. Vasta hänen poikansa ovat Pompeiusta merenjumalana, Poseidon jumalana, kunnioittaneet ja sellaisena lyöttäneet hänen kuvansa rahoihinsa.