Seuraavina lukukausina jatkui elämä Helsingissä pääasiassa samaan tapaan kuin ensimäisenäkin. Krohnin ylioppilasvuosista saa hyvän käsityksen hänen kirjeistään, joita on runsas kokoelma julkaistu suomeksi.[22]
Kevätlukukaudella 1854 Krohn kävi samoilla luennoilla kuin syyslukukaudellakin. Sen lisäksi hän oli jo lukukauden alussa päättänyt ryhtyä opiskelemaan suomenkieltä Lönnrotin johdolla heti kun tämä astuisi virkaansa.[23] Aikeensa hän toteuttikin, vieläpä sillä tavoin, että pääsi hyviin tuloksiin. Kannustimena oli nyt jo tietoiseksi ja voimakkaaksi kehittynyt suomalaisuuden harrastus. Sitä todistavat hänen sanansa kirjeessä vanhemmille vuotta myöhemmin: "Kuten tiedätte kirjoitin viime keväänä professori Lönnrotille suomenkielisiä kirjoitelmia, jotka silloin näyttivät sangen kirjavilta sen jälkeen kuin hän ne oli korjannut. — — — Tänään vein hänelle [taas], ensimäisen tekeleeni ja katso, siinä oli vain muutamia vähäpätöisiä virheitä — niin, hän sanoi, että minun pitäisi antaa kirjoitukseni Suomettareen painettavaksi! — Ajatelkaahan, semmoinen rohkaisu semmoisen miehen puolelta! — — — Se oli runsas palkinto paljosta ajasta ja vaivasta, jonka olin käyttänyt oppiakseni isänmaani kielen. Miten paljon suuremmalla halulla ja kestävyydellä työskentelenkään nyt edelleen, kun näen voivani päästä tuloksiin." Että Krohn jo vuotta aikaisemmin suomenkielen opiskeluun ryhtyessään oli ollut tämmöisellä kannalla, sen osoittaa maaliskuun 22 päivänä 1854 kirjoitettu kirje vanhemmille. Tässä kirjeessä hän kertoo keisari Nikolain käynnistä Helsingissä ja sanoo keisarin voittaneen hänen ja monien muitten sydämen toimenpiteillään suomenkielen hyväksi. "Tästä kaikesta näkee, että kansalliset pyrintömme ovat saavuttaneet tunnustusta." Keisarilla oli matkallaan mukana perintöruhtinas. Krohn, joka oli mukana perintöruhtinaalle esitellyssä ylioppilasjoukossa, kertoo ihastuneensa perintöruhtinaaseen. Jo näiltä ajoilta lienee peräisin se ihailu, jota Krohn runoilijana tulkitsee Aleksanteri II:ta kohtaan ja jota tuli myös Aleksanteri III:n osaksi. Tämä ihailu on sitä ymmärrettävämpää, kun Krohnin kodin hengessä tuntui jälkiä Pietarissa olosta.[24] Ei koskaan tämä ihailu kuitenkaan mennyt yli niiden rajojen, jotka sille asetti isänmaallinen, kansallinen mieli. Keisarin puheesta, jossa tämä huomautti ylioppilaille "yhteistä isänmaata" uhkaavasta sodan vaarasta, kertoo Krohn vanhemmilleen hieman ivallisessa äänilajissa samoin kuin siitäkin, että keisari piti puheensa ylioppilaille venäjäksi.
Muuten tämän keisarivierailun yhteydessä jo ilmenee, ett'ei Krohn ollut erikoisemmin mieltynyt politiikkaan — piirre, joka säilyy hänessä läpi elämän. Hän valittaa, ett'ei enää kuule missään järkevää sanaa, sillä kaikki puhuvat vain politiikkaa. Varsinkin raivostuttaa häntä naisten alituinen politikoiminen ja puhe sodasta. "Olen niin kyllästynyt tähän teemaan, että minut voi sillä karkoittaa."
Krohnin huomion vaativatkin etupäässä opinnot. Paitsi suomenkieltä harrasti Krohn kevätlukukaudella 1854 varsinaisten opintojensa ohella myös englanninkieltä opiskellen sitä aina aamuisin ylös noustuaan kello yhdeksään asti. Piirustuksen harjoittamista hän edelleen jatkoi. Lepohetkinään hän mielellään haki seuraa kuten ennenkin. Hän oli iloinnut päästessään perheeseen asumaan, koska hän luuli siten saavansa paljon olla ihmisten parissa, mutta pettymyksekseen hän pian huomasikin luulleensa tässä suhteessa liikoja. Kun tovereitakin hiukan ujostutti tulla hänen luokseen professorin taloon, tunsi hän ajoittain itsensä yksinäiseksi. Äidin pelon, että toveriseurat ja kekkerit Helsingissä voisivat totuttaa juomatapaan, hän torjuu huomauttamalla, että vaikka hän muuten onkin tullut hilpeämmäksi ja seuramielisemmäksi, niin hän siinä suhteessa on melkein pedantti, ett'ei hän koskaan juo yli tavallisen määränsä. Toverien pilkka ei tässä asiassa voi vaikuttaa mitään. Häntä on monesti tämän takia sanottu "akaksi", mutta siitä ei ole ollut mitään tulosta.
Ylioppilaaksi tultuaankin Krohn jonkun verran harjoitti omaksi huvikseen runoilua ruotsin- ja saksankielellä. Paljon ei tästä runoilusta ole jälkiä säilynyt eikä se voinut runsasta ollakaan syystä että opinnot ja muut harrastukset veivät ajan. Runoilu olikin oikeastaan luvattomaksi katsottua syrjäaskartelua, allotriaa, johon opintojen takia ei saanut antautua kuin poikkeustapauksissa. Mutta olipa toinenkin syy tähän vieraskielisen runoilun tyrehtymiseen. Krohn selittää sen itse elämäkerrassaan: "Ylioppilaaksi tultuani olin päättänyt laata runoilusta, siksi kuin voisin tehdä sen suomeksi. Siihen kului kuitenkin useampia vuosia, ennenkuin olin tarpeeksi suomistunut. Ensimmäinen suomalainen runokokeeni on talvelta 1856."
Itsensä "suomistamista" Krohn harjoitti, kuten edellä jo on huomautettu, tarmokkaasti ja määrätietoisesti. Hän pääsi verrattain pian hyviin tuloksiin, senkin vuoksi, että hän oleskeli kesän 1857 Kaavilla ja syksyn 1858 ynnä alun vuotta 1859 Rautalammilla, perehtyäkseen käytännöllisesti suomenkieleen. Kuvaavaa hänen innostukselleen on, että hän opetti näinä vuosina suomea Emilie-sisarelleen. Mutta hän ei ollut vain innostuva, hän oli myös kestävä työssään. Lönnrotilta saatu tunnustus ei saattanut häntä heittäytymään veltoksi, vaan entistä innokkaammin hän työskenteli suomenkielen taitonsa kartuttamiseksi. Ankarasti arvostellen täytyy sanoa, ett'ei hän koskaan päässyt hallitsemaan suomenkieltä aivan täydellisesti sen pienimpiäkin vivahduksia myöten, mutta hän saavutti jo opintovuosinaan tässä kielessä niin suuren taidon, että hänelläkin on suuri osuus suomenkielen kehittämisessä kulttuurikieleksi. Rohkenipa hän jo ensimäisinä ylioppilasvuosinaan ryhtyä suomentamaan Stöckhardtin "Kemian oppikirjaa" — siis luomaan suomenkielistä kemiallista sanastoa ja menestyi siinä jokseenkin hyvin.[25]
Koko esiintymiskielen muuttaminen suomeksi niin perin pohjin, että runoilukin tapahtuisi suomenkielellä, merkitsee sangen jyrkkää käännettä Krohnin elämässä. Samoihin aikoihin kuin tämä käänne tapahtuu, on Krohnin muussakin elämässä havaittavissa käänne. Terveydellisistä syistä hänen täytyi olla poissa Helsingistä lukuvuosi 1855-56. Hän teki silloin virkistyksekseen pitkän merimatkan käyden Saksassa, Englannissa, Skotlannissa, Norjassa ja Helgolannin saarella. Kun hän syksyllä 1856 taas saapui Helsinkiin opiskelemaan, muutti hän kokonaan opintosuunnitelmaa ja siirtyi filosofisen tiedekunnan historiallis-kielitieteelliseen osastoon. Varsinaisena syynä tähän muutokseen oli se, ett'ei hänen terveytensä ollut kestänyt työskentelyä laboratorioissa. Mutta lisättävä on, että niin suuresti kuin hän harrastikin luonnontieteitä, hän sittenkin tunsi joutuneensa väärälle uralle. Pääaineekseen hän nyt otti historian ja filosofian, nuo poikaijän mieliaineensa, kuten hän sanoo kirjeessä vanhemmilleen. Suomenkielen opinnoilla luonnollisesti nyt tuli olemaan entistä huomattavampi sija työsuunnitelmassa. Näin joutui Krohn kahden kuuluisuuden, Lönnrotin ja Snellmanin, oppilaaksi. Snellmanin luennoista hän olikin niin intresseerattu, että hän niiden takia kerrankin jäi keväällä Helsinkiin pitemmäksi aikaa kuin hänelle muuten olisi ollut tarpeellista.
Entistä suuremmalla innolla jatkuivat nyt opinnot, kun terveyskin oli taas hyvä. Julius Krohn asui nyt yhdessä veljensä Leopoldin kanssa, joka myös opiskeli yliopistossa. Toveripiiriin kuului ahkeraa väkeä.[26] Usein kokoonnuttiin iltapäivällä Krohnien luo ja keskusteltiin opinnoista. "Ei mikään ole ihanampaa kuin työ", kirjoittaa Krohn kotiinsa. Englanninkielen opiskelu jatkuu myös. Krohn lukee alkukielellä englantilaisia ja amerikkalaisia runoilijoita (Shakespeare, Longfellow, Bryant). Seuraelämää hän ei myöskään laiminlyö, vaan käy ahkerasti tutuissa perheissä.
Tähän tapaan jatkuu elämä ja opiskelu Helsingissä lukuvuosina 1856-58. Suomalaisuuden liike vie yhä varmemmin Krohnin mukanaan. V. 1856 mainitsee hän tehneensä Kaarlo Slöörin kanssa sen välipuheen, että aina keskenään puhuisivat suomea. Hän ilmoittaa vanhemmilleen kirjoittavansa yliopistolliset ainekirjoitusharjoituksensa periaatteen takia suomeksi, vaikka ne oikeastaan olisi kirjoitettava ruotsinkielellä ja saisi kirjoittaa saksaksikin. Vanhemmilleen hän kirjeissään kertoo suomalaisuuden edistyksestä ja voitoista, ihailee Lönnrotia ja Snellmania, mutta uskaltaa myös moittia viimemainittua, kun tämä hänen mielestään ampuu harhaan. Suomalainen taide, etenkin Sjöstrandin Kalevala-aiheiset tuotteet, herättää hänessä ihastusta. Lausuupa hän myös demokraattisia ajatuksia eri kansanluokkien lähentämisestä toisiinsa. Kun hänen vanhempansa perustivat suomenkielisen koulun, kirjoitti Krohn heille, että he olivat toteuttaneet yhden hänen mieliaatteitaan. Hän olikin harrastanut tämmöisiä asioita ja tuli tunnetuksikin niiden harrastajana. Niinpä hän kehoitti A.G. Keldania panemaan koulun pystyyn Uuraassa, kun kerran innostusta asiaan oli olemassa, odottamatta asianomaista lupaa. Mielipiteensä kansakouluista hän lausuu tässä yhteydessä seuraavasti: "Mitä minä toivon kansakouluista on se, että heidän kauttansa saisimme sivistyneitä talonpoikia ja kästeostajia, joiden tietoa ja taitoa häveten suottaherrojen täytyisi paeta kankaalle. Jo viimein tästä asiasta keskustellessamme väitin hyvin tarpeelliseksi opettaa tytötkin ja tämä ajatukseni on, luettuani muiden mietintöjä asiasta, varmaunut lujaksi vakuutukseksi. Nyt väitän siis, että jos tahdotaan toden teolla koroittaa kansan sivistystä, niin pitää kaikin mokomin harrastaa naisten opetusta, sillä niiden kautta leviää siunaus nousevaankin ihmispolveen, koska sitä vastaan miestä opetettaessa ei hyödytetä muuta kuin hänet yksinänsä."[27] — Yliopiston varakansleri, parooni J.R. Munck, kääntyi keväällä v. 1857 Krohnin puoleen pyytäen järjestämään kansakoulun Hämeessä olevalla tilallansa. Krohn ei katsonut opintojensa takia voivansa suostua ehdotukseen, mutta ilmoitti olevansa halukas kandidaattitutkinnon suoritettuaan ottamaan vastaan vuodeksi opettajanviran siellä. Samana vuonna Krohn muitten töittensä ohella toimi jonkun verran opettajanakin Helsingissä. Tämä kaikki osoittaa, että Krohn, vaikka hän toisinaan valitti olevansa epäkäytännöllinen ja jossakin määrin sitä olikin, kuitenkin itse asiassa oli toiminnan ja käytännön mies. Kuvaavaa hänen luonteelleen ja ajatustavalleen on seuraava kohta vanhemmille syyskuun 21 p. 1857 kirjoitetussa kirjeessä: "Paljon ajattelemista on minulle antanut se, mitä me yhdessä luimme Humboldtin teoksesta 'Lichtstrahlen', nimittäin että joka ihmisen ennen kaikkea pitäisi koettaa sivistää itseään, koska silloin tuo sivistys ehdottomasti vaikuttaa myös toisiin siunausta tuottavasti. En voinut silloin sanoa olevani samaa mieltä enkä voi sitä nytkään, vaikka olen katsellut asiaa joka puolelta. Sillä jos toisiin vaikuttaakseen ensin pitää itsensä olla täysin sivistynyt, niin ei siitä koskaan tule mitään. Milloin ja kenen on mahdollista sanoa: nyt olen täysin sivistynyt! Ja sitäpaitsi miten tuleekaan tosisivistyneeksi muuten kuin irtautumalla yhä enemmän persoonallisista, itsekkäistä pyrkimyksistään ja työskentelemällä korkeampien aatteitten toteuttamiseksi s.o. toisten hyväksi. Sen vuoksi en Humboldtin auktoriteetista huolimatta voi luopua siitä mielipiteestä, että on työskenneltävä niin paljon kuin mahdollista yhteiseksi hyväksi, koska siten varmimmin edistää omaa parastaan ja omaa kehitystään."
Ylioppilaitten yhteisissä riennoissa oli Krohn paljon mukana. Ylioppilastalohankkeeseen hän innostui ja selitti sitä vanhemmilleen, jotka aluksi eivät oikein ottaneet ymmärtääkseen koko puuhaa. Asian hyväksi pidetyssä iltamassa hän avusti pitämällä esitelmän "Nykyisemmästä" suomalaisesta kansanrunollisuudesta.