Le capitaine Cornu, commandant du poste de Bakel, vint à son aide avec deux obusiers et 20 hommes de troupe. L’assaut recommença. Déjà une partie de la ville est tombée en leur pouvoir, et incendiée ; mais, cette fois encore, ils sont obligés de battre en retraite dans le plus grand désordre. Le capitaine Cornu, abandonné avec ses quelques hommes, dut prendre la fuite abandonnant ses deux canons sur le champ de bataille.
Boubakar, averti après cette défaite qu’El-Hadj était campé à Tomboura et se disposait à traverser le Bondou, se dirigea en toute hâte vers Sénoudébou.
De Tomboura, El-Hadj vint à Goundiourou, ayant auprès de lui deux Sissibés, l’un de la branche de Boulébané, l’autre de la branche de Koussan-Almamy, qui lui étaient sincèrement dévoués. Il leur remit deux lettres écrites sous une fausse dictée et d’après lesquelles les chefs sissibés émigrés dans le Kaarta ordonnaient à leur famille de quitter le Bondou et de venir les rejoindre sous la garde d’une escorte que leur donnerait El-Hadj.
L’annonce de cet ordre souleva dans les capitales un étonnement profond. Mais, quelques Sissibés et quelques chefs du peuple ayant affirmé que ces ordres venaient bien de Séga et des autres Sissibés, une émigration générale commença et des villages entiers quittèrent leurs foyers, emmenant femmes, enfants, vieillards et animaux. Bientôt même, il ne resta plus à Boubakar que Sénoudébou, où il s’était retiré et fortifié avec ses fidèles. Il fallait arrêter l’émigration. Pour cela, il marcha contre les troupes que le marabout envoyait contre lui, les battit à Guirobé, non loin de la Falémé, et leur enleva quelques prisonniers. Ce succès décida un grand nombre de ses hommes, qui déjà étaient arrivés dans le Diombokho et le Kaarta, à rebrousser chemin et à venir le rejoindre.
Dans ces moments difficiles, il fallait un homme aussi résolu que Boubakar pour remédier à tant de malheurs. Grâce à la France et à son énergie, il put faire face à tous les dangers, à toutes les privations. C’est pour cela qu’il est appelé, à juste titre, dans le pays, le second « Fondateur du Bondou ».
Cependant, le Bondou se repeuplait, et les habitants qui avaient suivi El-Hadj revenaient peu à peu, mais absolument dénués de tout et ne retrouvant plus rien dans leurs villages, car tout avait été livré aux flammes par ordre du prophète. La famine fut à son comble dans le Bondou, et les habitants ne se nourrissaient absolument plus que de graines, de fruits et de feuilles d’arbres, qu’ils allaient cueillir dans la brousse. Il arriva même un moment — et ceci est connu partout dans la région — où Boubakar ne possédait plus à Sénoudébou qu’une seule vache, qu’il était obligé de traire lui-même pour pouvoir nourrir ses enfants et ceux de ses cousins. Quant au reste de sa famille et aux quelques guerriers qui l’entouraient encore, ce ne fut que grâce aux libéralités des commandants de Bakel et de Sénoudébou qu’il put arriver à les nourrir.
Sa principale ressource consistait en captifs, et, pour avoir du mil, il était obligé d’aller les échanger jusque dans le Ouli, le Kantora, le Fouta-Toro, et même le Fouladougou. Le mil ainsi acheté était transporté à tête d’homme dans le Bondou, car toutes les bêtes de somme, ânes, bœufs porteurs et chevaux, avaient disparu pendant l’émigration.
A Sénoudébou, le mil qu’y apportaient les quelques traitants qui osaient s’y aventurer se vendait à raison de 3 kilog. pour une pièce de guinée. Pour une vache ou un bœuf, on ne pouvait pas en avoir plus de 15 kilog., et pour un captif 60 kilog.
Sans doute, le gouverneur Faidherbe avait bien envoyé des secours en mil et en étoffes aux émigrés du Bondou ; mais le nombre en était si considérable que les secours avaient été insuffisants. Cet état de choses dura trois années environ, et ce n’est que vers le commencement de la quatrième que les villages se trouvèrent en partie reconstitués et que la production du mil fut assez abondante pour nourrir les habitants.
De Goundiourou, El-Hadj se rendit à Boulébané (15 avril 1858), d’où il expédia sous bonne escorte, commandée par Samba N’Diaye, dans le Kaarta, les deux obusiers abandonnés par le capitaine Cornu au siège de N’Dioum. Il voulait attaquer Sénoudébou, mais son armée s’y refusa. Ces deux obusiers lui servirent plus tard au siège de Marcoïa, dans le Bélédougou. Il tira quelques coups avec des boulets qu’il avait fait ramasser au siège de Médine et envoya un obus qui éclata au milieu de la ville, à la grande stupéfaction des habitants, qui crurent que Dieu se mettait aussi contre eux.