Après avoir organisé l’émigration, El-Hadj vint à Sambacolo, à Somsom-tata, à Bordé, et sur les bords du Sénégal, à Diawara, où il célébra la fête du cauri. Il entra alors dans le Fouta, pour y séjourner jusqu’en avril 1859.

Rappelé à cette époque par la révolte du Kaarta, El-Hadj repasse le Sénégal à Diaguéli et se rend à Dioukountourou, et de là à Guémou, où il fait bâtir un solide tata. Il y laisse une armée, sous le commandement d’un de ses neveux, Ciré-Adama. De là, il se dirige vers les régions septentrionales du Soudan, dont il fera la conquête.

Du jour où fut construite la forteresse de Guémou, des bandes de pillards en partirent fréquemment et vinrent dans le Bondou dévaster et piller, emmenant en captivité les malheureux qui tombaient en leur pouvoir. Tout cela entravait considérablement le repeuplement du Bondou. Boubakar s’en plaignit au gouverneur Faidherbe, et, vers le mois de septembre, une colonne commandée par le lieutenant-colonel Faron, des tirailleurs sénégalais, alla mettre le siège devant Guémou.

Boubakar, avec l’armée du Bondou, se joignit à la colonne française. Le 25 octobre 1859, Guémou fut emporté d’assaut par les alliés. Sur 1,500 hommes, nous eûmes 39 tués, dont un officier, et 97 blessés, dont 6 officiers. On tua 250 hommes à l’ennemi et on fit 1,500 prisonniers.

Le neveu d’El-Hadj, Ciré-Adama, fut reconnu au milieu des morts. Pendant ce temps, le prophète soumettait le Bélédougou et le Ségou. Le 10 mars 1861, à neuf heures et demie du matin, il faisait son entrée dans Ségou, tandis que son chef Ali, vaincu et sans armes, en sortait à cheval par la porte de l’ouest.

Débarrassé d’El-Hadj-Oumar, le gouverneur Faidherbe songea alors à venir occuper les mines de Kéniéba et à les exploiter au profit du gouvernement. Une colonne, partie de Bakel et passant par Sénoudébou, entrait à Kéniéba le 28 juillet 1858, sans tirer un coup de fusil. En même temps, le 18 août 1858, était signé à Sénoudébou le traité qui consacrait l’alliance du Bondou et de la France et plaçait sous notre protectorat les états de Boubakar-Saada. Trois jours avant, avait été conclue à Kéniéba avec Bougoul, chef de Farabanna et du Niagala, et Boubakar-Saada, une convention spéciale pour l’exploitation des mines d’or de Kéniéba.

Janvier 1859. Pendant l’absence d’El-Hadj, le Tomora, province du Khasso, se souleva contre lui. Elle appela à son aide Sambala, chef de Médine, et Boubakar-Saada, almamy du Bondou, qui venait de se marier avec Lallya, fille de Sambala. Tierno-Guiby, lieutenant d’El-Hadj, vint avec ses Toucouleurs à la rencontre des alliés et les mit complètement en déroute. Dès le début de l’action, Tierno-Guiby avait eu la cuisse fracassée par une balle ennemie, et malgré les soins dont l’avaient entouré ses Talibès, il était mort dans la nuit.

Boubakar-Saada et Sambala, bien montés, avaient pu échapper à la poursuite de l’ennemi, escortés seulement par quelques cavaliers, pendant que leurs fantassins étaient obligés de chercher un refuge dans les rochers. Ce ne fut que fort avant dans la nuit qu’ils apprirent la mort de Tierno-Guiby. Ils tournèrent bride aussitôt et rallièrent une partie de leur armée. La bataille recommença au point du jour et l’ennemi, privé de son chef, fut complètement battu à Toumtaré. Les Talibès évacuèrent alors en partie le Tomora et les alliés retournèrent dans leurs états respectifs, craignant d’avoir encore à se mesurer avec Alpha-Oumar, un des plus vaillants lieutenants d’El-Hadj, qui accourait de Nioro pour remettre les choses en état dans la province insurgée.

Au mois d’août 1860, la paix est conclue entre El Hadj et le gouverneur Faidherbe.

D’après les traités passés en août 1858 avec le gouvernement, Boubakar-Saada dut évacuer le village de Sénoudébou. Il transporta alors sa capitale sur les bords de la Falémé, à 25 kilomètres au sud de Sénoudébou, et donna à sa nouvelle résidence le nom d’Ambdallaye. Il y séjourna jusqu’en 1862, époque à laquelle les Français, ayant abandonné les postes de Kéniéba et de Sénoudébou, lui en laissèrent la jouissance, avec la restriction de les remettre à leur première demande.