Le 9 juin, ayant pris position de manière à menacer les points par lesquels l'île était accessible, et profitant de la terreur où le développement de ses forces avait jeté les Maltais, le général demanda l'entrée du port pour toute la flotte, et la liberté d'y renouveler ses provisions. Le grand-maître ayant répondu par l'intermédiaire du consul français que les lois de l'ordre et les principes de neutralité ne permettaient pas d'admettre dans le port plus de quatre vaisseaux à la fois, le général en chef affecta de prendre cette déclaration pour un refus, retint le consul, et le lendemain, 10 juin, à quatre heures du matin, l'armée descendit dans l'île sur quatre points différens. À midi, il était maître des côtes et de la campagne, et tous les forts avaient capitulé, excepté celui de Marsa-Sirocco, qui tint quelques heures de plus. Les chevaliers s'étaient battus avec courage, mais ils n'avaient pas été secondés par les milices. D'ailleurs le défaut de munitions et l'état de délabrement où le matériel de la guerre était tombé par suite de l'incurie de l'administration paralysaient partout les efforts des braves.
Les affaires de l'ordre n'étaient pas en meilleur état dans la ville. À onze heures, les assiégés risquèrent une sortie; mais ils rentrèrent bientôt, après avoir perdu un bon nombre des leurs et le drapeau de la religion. À midi, l'armée maltaise se voyait déjà réduite à quatre mille hommes, très-peu disposés, pour la plupart, à se défendre.
Cependant les habitans de la campagne, entrés dans Malte pêle-mêle avec les fuyards, y rapportèrent un désordre qui s'accrut encore par le retour d'un corps de soldats chargés de la garde des postes extérieurs. Frappés d'une terreur subite au milieu de la nuit, ils étaient venus chercher dans la ville un refuge contre un ennemi qui ne les attaquait pas. La frayeur se changea en fureur. Le sang coula dans les rues. Les patrouilles tiraient les unes sur les autres. Plusieurs chevaliers furent massacrés. Tout annonçait pour le lendemain des maux encore plus grands que ceux qu'on avait éprouvés dans la journée. Sur les instances des principaux habitans de l'île, le grand-maître se détermina à demander une suspension d'armes. Le général Bonaparte y consentit, à condition toutefois que la place et les forts lui seraient livrés dans les vingt-quatre heures. Cette proposition, préliminaire d'une capitulation définitive, fut portée au grand-maître par les citoyens Poussielgue et Dolomieu.
Le premier, ci-devant secrétaire de légation à Turin, avait, quelques mois avant, fait un voyage à Malte, où résidait son frère, et pendant ce temps il avait eu le loisir d'étudier les dispositions des esprits; le second, minéralogiste célèbre et antérieurement commandeur de Malte, avait conservé des rapports avec plusieurs de ses anciens confrères, et exerçait sur eux une influence dont le général crut pouvoir tirer parti. Sa politique en cela sacrifiait l'intérêt privé à l'intérêt public. Dolomieu n'accepta pas sans répugnance, sans douleur même, une mission qui dès lors le livra aux attaques de la plus virulente calomnie, et qui depuis a servi de prétexte à la cruauté avec laquelle on le traita en Sicile, où, retenu contre le droit des gens par ordre de la cour de Naples, il fut jeté dans un cachot, d'où il ne sortit au bout de dix-huit mois que pour venir expirer en France.
Les négociations ne traînèrent pas en longueur. Dans la nuit du 11 au 12 juin, les plénipotentiaires du grand-maître conclurent à bord de l'Orient un traité par lequel les chevaliers renonçaient en faveur de la république française à la souveraineté de Malte. En retour, la France s'engageait à demander pour le grand-maître au congrès de Rastadt une principauté en Allemagne, et à lui payer provisoirement une pension annuelle de 200,000 fr. Le traité assurait de plus aux chevaliers reçus avant 1792 une pension alimentaire proportionnée à leur âge, et permettait de rentrer en France à ceux d'entre eux qui n'avaient pas porté les armes contre la république. Ce traité fut conclu sous la garantie de l'Espagne.
Le 14 l'escadre entra dans le port, et les troupes prirent possession des forts, où le drapeau de la liberté remplaça celui de la religion. Maîtres de Malte, les Français s'étonnaient de s'y trouver. Nous ne serions jamais entrés ici, disait spirituellement Dufalga, s'il n'y avait eu quelqu'un pour nous en ouvrir les portes.
La résistance fut si faible et de si courte durée, qu'on eut à peine le temps de se signaler. Pendant ce temps de relâche pour l'Institut, Lannes, qui retrouvait l'occasion de faire parler de lui, se hâta de la saisir. Malgré les instructions du général en chef, qui, pour épargner le sang, et dans l'espérance que les premières démonstrations suffiraient pour amener une capitulation, avait prescrit aux généraux de s'abstenir de toute prouesse inutile, entraîné par sa fougue, ce grenadier avait été se loger jusque sous le rempart, où il avait engagé, sans trop de nécessité, une fusillade des plus vives, et ce n'était pas sans peine qu'il avait obéi à l'ordre qui le rappelait au quartier-général. Témoin des reproches qu'à cette occasion lui adressa Bonaparte, j'aime à les rapporter. «Maudit Gascon, qu'as-tu prétendu faire? Prouver que tu es brave; qui en doute? Exposer ta troupe mal à propos! T'exposer toi-même pour rien! C'est impardonnable. Songe à mieux obéir dorénavant. Quand j'aurai besoin que tu ailles te faire tuer, je te dirai d'y aller, et tu iras.» Peu d'éloges seraient aussi honorables que cette réprimande.
Eugène de Beauharnais, qui ce jour-là faisait ses premières armes, combattit avec toute la chaleur d'un jeune homme et avec tout le sang-froid d'un vieux soldat. Il rapporta au général un drapeau qu'il avait pris sur les chevaliers. Jamais l'enivrement de la gloire ne s'est manifesté avec plus de candeur et plus de vivacité que sur cette figure de dix-sept ans; Eugène se montra dès lors ce qu'il a été depuis; Eugène se montra digne et du père que lui avait donné la nature, et de celui que lui donnait l'adoption.
Ce n'est pas à sa pénurie, mais au défaut d'ordre que le gouvernement maltais dut sa ruine. Les Français trouvèrent dans la place un matériel immense et des munitions de toute espèce. La flotte s'y renforça de deux vaisseaux, une frégate et trois galères. Trois millions du trésor de Saint-Jean passèrent dans la caisse de l'armée.
L'égalité de droits proclamée, le général Bonaparte préposa au gouvernement de l'île un conseil de neuf membres, auprès desquels il plaça un commissaire français. Se modelant sur ce qui se faisait en France, ce conseil devait régler les recettes et les dépenses, organiser les tribunaux, établir dans le pays divisé en cantons l'administration municipale et les justices de paix; tous ces actes devaient être sanctionnés par le général commandant. C'était l'organisation de Corfou.