Le vicaire cacheta sa lettre et l’envoya aux Inquisiteurs de Naples. Or, à peine la missive fut-elle partie que sa raison s’égara ; en même temps il tomba gravement malade. Pendant plusieurs jours, il divagua d’une telle force qu’on le jugea tout à fait aliéné. Dieu vengeait son serviteur. A l’article de la mort, par une grâce de miséricorde, le calomniateur recouvra son bon sens. Il confessa ses fautes, dit ses remords, avoua ses mensonges touchant le Saint et ne passa de vie à trépas qu’après avoir reçu les derniers sacrements.

Depuis assez longtemps, l’Inquisition tenait Joseph à l’œil. Il courait tant de récits contradictoires sur la personne du Saint, sur sa doctrine, ses actes et les merveilles dont il était l’instrument que les gardiens officiels de la foi en vinrent à le soupçonner d’hérésie et même de possession diabolique. La diatribe du vicaire leur fournit un motif d’examiner un personnage aussi déconcertant. Ils lancèrent un mandat d’information par lequel ils lui ordonnèrent de comparaître devant leur tribunal. Tandis qu’on l’examinerait, il serait détenu chez les Mineurs conventuels de Naples.

Le Supérieur du monastère de la Grottella se montra très affligé de cette mesure ; ayant eu le loisir d’éprouver la sainteté du Frère, il avait toujours fermé l’oreille aux insinuations des envieux et il admirait la blancheur absolue de cette âme qu’une grâce spéciale soulevait au-dessus des contingences humaines. Après avoir atermoyé, il communiqua la décision des Inquisiteurs à Joseph, il lui parla de temporiser. « J’écrirai au Saint-Office, conclut-il, et peut-être obtiendrai-je un contre-ordre. » Mais Joseph, dont la soumission à l’Église n’admit jamais de réserves, refusa tout délai.

« Il accueillit avec respect, dit son biographe, l’ordre du tribunal et, peiné qu’on en contestât la justice, il chercha, autant qu’il était en lui, à compenser l’hésitation du Supérieur par son empressement à se mettre en route. Les murmures de ceux qui soutenaient que l’offense faite à sa personne lésait la congrégation entière le trouvèrent insensible. »

Il quitta donc Cupertino, qu’il ne devait jamais revoir, le 21 octobre 1638. « Toute la bourgade et le pays environnant s’émurent. On s’abordait en pleurant et en criant : — Quelle perte nous faisons !… Cependant Joseph restait aussi calme que s’il fût allé à un triomphe. »

A Naples, les Mineurs Conventuels l’accueillirent assez mal. D’abord, le fait que l’Inquisition s’occupât de lui, le leur rendait suspect. Ensuite son « étrangeté » leur déplaisait comme un signe d’indépendance et presque comme un blâme des pratiques étroites où se confinait leur dévotion.

Joseph, étant d’une extrême sensibilité, souffrit de leurs rebuffades. Il ne se plaignit, ni ne récrimina. Mais il avait le cœur affreusement serré et il éprouvait un sentiment d’extrême solitude qui allait jusqu’à l’angoisse d’autant que, par surcroît, le soleil intérieur semblait avoir sombré dans des ténèbres irrémissibles. Ne plus sentir en lui la présence de Jésus c’était le pire malheur qu’il pût concevoir. Il se crut abandonné de Dieu. Et il passa des heures à verser des larmes silencieuses dans un coin de sa cellule. Mais comme il tâchait de balbutier une formule de résignation, saint Antoine de Padoue lui apparut dans une gloire et lui dit : — Réjouis-toi, Frère Joseph, Dieu t’aidera, la Mère de Dieu t’aidera, notre Père saint François t’aidera également !…

« Dès lors, il reprit sa gaîté coutumière ; rassuré par cette apparition, il se présenta hardiment devant le tribunal. »

Il eut à subir trois interrogatoires dont le secret n’a pas été révélé ; on sait seulement qu’ils furent minutieux et prolongés et que les juges furent témoins d’un ravissement et d’une envolée qui portèrent dans leur esprit la conviction que l’inculpé soumis à leur enquête n’avait rien de commun avec le Mauvais Esprit.

Ils proclamèrent donc, sans restriction, l’innocence de Joseph. Mais, en même temps, ils ordonnèrent qu’on lui fît quitter la région et qu’on le tînt désormais le plus possible à l’écart du monde.