Après un séjour de soixante-douze heures employées à se réparer, la division commandée par Jérôme partit de nouveau. Elle se composait alors des trois frégates la Pomone, l'Uranie et l'Incorruptible, des bricks l'Endymion et le Cyclope, auquel le préfet maritime voulut bien adjoindre le brick l'Abeille, bon marcheur destiné à servir d'éclaireur.
Le jeune capitaine de frégate remplit la mission que l'empereur venait de lui confier avec la plus grande énergie et le plus grand succès; aussi Napoléon et Decrès lui témoignèrent-ils combien ils étaient satisfaits de sa conduite dans cette circonstance.
Le 11 septembre 1805, Decrès écrivit à Jérôme, de Paris:
Monsieur le commandant, la plus brillante réussite vient de couronner la mission que S. M. l'empereur vous avait confiée; vous portant rapidement de Toulon sur Alger, l'arrivée inattendue de votre division ainsi que la fermeté de vos demandes ont affermi la considération de la Régence pour le pavillon de S. M. Vous avez brisé les fers d'un grand nombre de Liguriens qui depuis longtemps souffraient les horreurs de la captivité et votre retour à Gênes a été marqué par les bénédictions des nouveaux Français.
Personne ne pouvait, et à plus de titres que moi, prendre plus de part à des succès aussi flatteurs pour vous et je m'empresse de joindre mes sincères félicitations à celles qui vous ont déjà été offertes.
De la main du ministre:
Toute l'Europe a les yeux sur vous et particulièrement la France et la marine de S. M. Vous devez à celle-ci de lui donner l'exemple de l'activité et du dévouement à votre métier. Vous le concevez comme moi-même et ce sera pour moi un devoir agréable à remplir que de faire remarquer à l'empereur le développement de ces qualités dans toutes les opérations dont vous chargera sa confiance.
L'empereur ne laissa pas à son frère le temps de prendre un peu de repos. Après sa campagne à Alger, il lui donna le commandement du vaisseau de 74 le Vétéran, le meilleur de l'escadre du contre-amiral Willaumez, escadre chargée de se rendre en Amérique et de faire le plus de mal possible à la marine et aux colonies anglaises.
Willaumez, avant de partir, reçut du ministre des instructions très précises pour tenir sa mission secrète vis-à-vis tout le monde[95], et pour traiter Jérôme Bonaparte en simple capitaine de vaisseau; mais à peine en mer, il crut devoir s'écarter de ses instructions. Soit pour flatter le jeune frère de l'empereur et se le rendre favorable, soit parce qu'il avait reconnu en lui l'étoffe d'un marin de grand mérite, il le nomma son second, bien qu'il fût le moins ancien des commandants de vaisseau de la flotte, il lui fit connaître le but de l'expédition et écrivit à Decrès que Jérôme avait été désigné par les autres officiers pour le poste qu'il lui confiait, comme étant reconnu le plus capable.
Cette violation du secret de l'expédition fit comprendre à Jérôme que la flotte devait tenir la mer beaucoup plus longtemps que le ministre ne le lui avait dit et l'indisposa d'une façon violente. Le jeune homme, ami des plaisirs, n'était pas d'humeur à s'éterniser à son bord.