À peine revenu de la campagne de Marengo, le premier consul tourna ses regards vers l'Égypte dont il désirait secourir l'armée. Ce n'était pas chose facile; la marine française, à cette époque, était fort peu en état de lutter avec avantage contre la marine de la Grande-Bretagne dont les flottes bloquaient nos ports.
Non seulement il fallait, pour jeter des troupes sur les côtes d'Alexandrie, embarquer dans le plus grand secret des hommes et un matériel considérable, mais il était nécessaire de trouver un marin ou assez habile pour tromper la surveillance fort active des croisières anglaises, ou assez audacieux pour passer à travers les bâtiments ennemis. Bonaparte fit choix pour cette dangereuse mission du contre-amiral Ganteaume, qui avait été assez heureux pour le ramener d'Égypte malgré les Anglais. Il lui confia une escadre composée de sept vaisseaux de ligne, de deux frégates et d'un lougre[75]. Le jeune Jérôme Bonaparte fut placé avec son grade d'aspirant de 2e classe sur le vaisseau amiral.
Il accompagna Ganteaume dans cette campagne maritime où, malgré son habileté et son courage, l'amiral ne réussit pas à porter en Égypte les renforts qu'attendait Bonaparte.
Jérôme fit bravement ses premières armes, le 24 juin, dans le combat livré entre Candie et l'Égypte par l'Indivisible et le Dix-Août, au vaisseau anglais de 74, le Swiftsure, un des plus beaux de l'escadre de l'amiral Keith. Ce vaisseau venait de quitter l'escadre ennemie au mouillage d'Aboukir et faisait route pour Malte. Après l'avoir chassé quelques heures, l'Indivisible et le Dix-Août le joignirent à portée de pistolet, l'attaquèrent et s'en emparèrent après un combat des plus vifs.
Le premier consul accueillit avec joie la nouvelle de ce combat, et, pour récompenser les deux équipages qui y avaient pris une part glorieuse, il rendit un décret en date du 22 août 1801, accordant deux grenades, deux fusils et quatre haches d'honneur pour les hommes qui s'étaient le plus distingués dans cette affaire.
Le contre-amiral Ganteaume, voulant témoigner à Jérôme Bonaparte sa satisfaction de sa conduite pendant l'action, ne crut pouvoir mieux faire que de lui confier l'honorable mission de se rendre à bord de la prise, de l'amariner et de recevoir l'épée du capitaine.
Après ce combat, dédommagement assez faible de la non-réussite de l'expédition, l'escadre fit voile pour Toulon. Elle captura plusieurs bâtiments de commerce anglais d'une petite valeur, et vint mouiller sur la rade de Toulon au commencement d'août 1801, ayant deux cents prisonniers anglais avec l'état-major et le commandant du vaisseau le Swiftsure.
En rentrant à Toulon Ganteaume fit son rapport au premier consul et rendit bon compte de la conduite de Jérôme, car le 16 août le général Bonaparte écrivit à son frère une lettre des plus flatteuses[76].
Telle fut la première campagne maritime de Jérôme Bonaparte. Quelques jours après son arrivée à Toulon, le 26 août 1801, il débarqua et fut rejoindre son frère à Paris. Il était resté à bord de l'Indivisible depuis le 28 novembre 1800, c'est-à-dire 8 mois et 28 jours. C'était, pour un marin aussi jeune, un assez rude apprentissage.
Lorsque Jérôme Bonaparte revint de sa première expédition, le 26 août 1801, il n'avait pas encore atteint sa dix-septième année. Malgré sa jeunesse, il s'était fait remarquer par sa bravoure, son intelligence et ses dispositions pour le métier de marin. Il sentait que, frère du chef de l'État, tous les yeux étaient fixés sur lui, et il mettait à remplir ses devoirs un zèle qui disposait en sa faveur.