Après son débarquement à Toulon, l'aspirant se rendit à Paris, où il fut accueilli avec joie par le premier consul. Il séjourna deux mois aux Tuileries, puis, le 29 novembre 1801, il fut nommé à la première classe de son grade et reçut l'ordre de se rendre à Rochefort pour être embarqué sur l'un des bâtiments destinés à l'expédition de Saint-Domingue.
À cette époque, Joseph Bonaparte, chargé de la conclusion du traité de paix avec l'Angleterre, était prêt à se rendre à Amiens ainsi que lord Cornwallis, plénipotentiaire de la Grande-Bretagne. Les préliminaires avaient été échangés à Londres le 12 octobre, et rien ne s'opposait à ce que le général Bonaparte, devenu l'arbitre de l'Europe, dirigeât ses flottes vers nos colonies des Antilles, qui cherchaient à échapper à la domination française.
En vue de ce but, une grande expédition avait été décidée. Elle devait se composer de trois divisions navales portant des troupes de débarquement. La première division, organisée à Brest, était sous les ordres de l'amiral Villaret-Joyeuse, réunissant à son commandement celui des deux autres divisions. Il avait mis, le 29 octobre, son pavillon sur le vaisseau l'Océan. La seconde division, en rade de Rochefort, sous le contre-amiral Latouche-Tréville, avait pour vaisseau amiral le Foudroyant, sur lequel Jérôme allait s'embarquer. Cette division avait à rallier une escadre de six vaisseaux espagnols alors en rade de Cadix, sous l'amiral Gravina. La troisième division était composée de bâtiments hollandais rassemblés à Flessingue.
Le général Leclerc, beau-frère du premier consul et mari de Pauline Bonaparte, commandait en chef l'expédition. Son chef d'état-major était le général Dugua. Leclerc arriva à Brest le 19 novembre 1801, et passa une grande revue des troupes le 20.
La longue lutte que nous venions de soutenir si péniblement contre les flottes de la Grande-Bretagne avait vivement préoccupé le premier consul. Dès que la paix avec l'Angleterre fut assurée, il donna une attention toute particulière à la marine de guerre. Convaincu qu'on pouvait beaucoup attendre et obtenir de nos marins, aussi bien que de nos soldats de l'armée de terre, il résolut de tout mettre en œuvre pour éviter à l'avenir les fautes qui, depuis le commencement de la Révolution, avaient concouru à affaiblir notre puissance maritime; ce n'était plus l'organisation médiocre dont on s'était contenté depuis 1789 qu'il fallait à Bonaparte, mais une organisation forte, un matériel puissant, une discipline solide, une union parfaite entre les équipages et les troupes. D'après lui, un des grands moyens d'obtenir sur mer des succès semblables à ceux obtenus sur le continent, c'était d'exciter l'émulation chez les matelots, de leur inspirer, de leur souffler cet enthousiasme auquel nos soldats avaient dû, en grande partie, leurs victoires.
Le premier consul avait été, du reste, merveilleusement secondé en cela par l'amiral Villaret-Joyeuse. Ce dernier avait, à force de persévérance, introduit sur les vaisseaux de son escadre une discipline parfaite.
Les trois divisions navales partirent de Brest, de Rochefort et de Flessingue; celle de Villaret-Joyeuse devait rallier les deux autres, mais la division batave ne put le joindre à cause des vents contraires. Elle mit le cap directement sur Saint-Domingue, en ayant soin de ne pas se montrer avant les vaisseaux de l'amiral commandant en chef la flotte. La division de Latouche-Tréville, au lieu de porter sur Belle-Isle ainsi que cela lui était prescrit, fit route à l'ouest en sortant de Rochefort.
L'aspirant de 1re classe Jérôme Bonaparte, embarqué sur le vaisseau le Foudroyant, monté par Tréville, arriva avec le contre-amiral au Cap, vers la fin de 1801. Il y resta jusqu'au 9 février 1802. Le 4 mars, en vertu des ordres du général en chef Leclerc, il passa avec le grade d'enseigne[77] sur le vaisseau le Cisalpin (capitaine Bergeret[78]), bâtiment envoyé en France.
Le jeune officier de marine fut chargé de dépêches pressées qu'il devait remettre au premier consul. Bien qu'il donnât de belles espérances, il est permis de penser que ce ne furent ni sa capacité ni sa parenté avec le premier consul et le général en chef qui le firent choisir pour une mission de haute importance. Il est à présumer que Leclerc, voyant la maladie décimer les troupes et les équipages, prit, à l'insu de Jérôme lui-même, un prétexte pour l'envoyer en France et le soustraire à la pernicieuse influence d'un climat sous lequel il devait succomber bientôt lui-même.
Quoi qu'il en soit, le jeune Bonaparte embarqua au Cap sur le Cisalpin, ayant pour compagnon d'armes Halgan, plus tard amiral, avec lequel il se lia dès lors d'une véritable amitié. Le 5 mars le vaisseau mit à la voile, et le 10 avril les vigies signalèrent le feu d'Ouessant. Le lendemain, à dix heures du matin, le navire entrait dans le port de Brest.