Son histoire maintenant est celle du Parlement lui-même, histoire très mouvementée par moments, au temps des querelles religieuses et dans les périodes de luttes entre le droit populaire et le droit royal.
Le Palais désormais, au cours de ces luttes religieuses et civiles, va plus que jamais continuer à subir le contre-coup des événements et rester le théâtre orageux des grandes manifestations politiques.
Citadelle d’opposition, le plus souvent d’opposition bourgeoise, raisonnable et sérieuse, qui combat lentement pour les libertés nationales avec les armes du légiste,—citadelle brutalisée quelquefois par l’émeute, par la sédition violente ou accablée par la toute-puissance royale aux jours triomphants de la monarchie absolue.
Le Palais ne recevra plus la visite des rois que fort rarement, seulement aux grandes occasions, pour les lits de justice, ou bien lorsqu’il sera nécessaire que le roi donne de sa personne pour imposer un édit.
A la fin du XVIe siècle, après cinquante ans de vie régulière, le Palais reverra les jours tragiques de la terrible période qui va d’Etienne Marcel au triomphe de Charles VII. Bien des péripéties émouvantes du grand drame de la Ligue se dérouleront dans le vieux Palais, où les parlementaires à longue barbe essaieront de lutter contre les fureurs religieuses déchaînées et contre la tyrannie populacière.
La vénalité des charges au Parlement apparaît sous François Ier. Dans un pressant besoin d’argent pour les armées, le chancelier Duprat créa vingt charges nouvelles de conseillers au Parlement qui furent mises à l’encan, malgré les remontrances du Parlement d’abord, et son opposition ensuite à la réception des nouveaux conseillers.
L’un de ceux-ci était un commis du surintendant des finances Semblançay, nommé Genti, qui dans l’intrigue tramée contre Semblançay par le chancelier et la duchesse d’Angoulême, mère du roi, avait été leur agent et leur avait livré des papiers justificatifs volés au surintendant, probablement le fameux reçu de la duchesse d’Angoulême des sommes extorquées au trésor, des quatre cent mille écus destinés à être envoyés à Lautrec, pendant les guerres d’Italie, pour la solde des Suisses.
Semblançay s’était tiré des premiers assauts, mais pendant la captivité de François Ier, les haines du chancelier et de la duchesse devenue régente, trouvèrent l’occasion bonne pour l’attaquer de nouveau. Semblançay fut jeté à la Bastille et on ouvrit contre lui un grand procès pour concussions et malversations. Le chancelier afin de rendre certaine la perte du surintendant chargea du procès, non le Parlement, mais une commission tirée du Parlement et choisie parmi ses créatures, particulièrement parmi les nouveaux conseillers acquéreurs des charges créées par lui.
Ces commissaires rendirent l’arrêt qu’on attendait d’eux et un jour, le 12 août 1527, Jacques de Beaune Semblançay âgé de soixante-douze ans, «atteint et convaincu de larcins, faussetés, abus, malversations et male administration des finances du roi, condamné à être pendu et étranglé à Montfaucon—tous ses biens meubles et héritages confisqués—» monta sur une mule amenée dans la cour de la Bastille, et prit le chemin du gibet en passant par la porte Baudet, le Châtelet et la rue Saint-Denis. On connaît les vers de Clément Marot sur le supplice du surintendant:
Lorsque Maillart juge d’enfer menoit
A Montfaulcon Semblançay l’âme rendre,
A vostre advis, lequel des deux tenoit
Meilleur maintien? Pour le vous faire entendre,
Maillart semblait homme que mort va prendre:
Et Semblançay fut si ferme vieillard,
Que l’on cuydoit, pour vray, qu’il menast prendre
A Montfaulcon le lieutenant Maillart.