Il récita ensuite le symbole des apôtres, fit sa prière, dit adieu à l’un de ses amis, Fervacques, qu’il aperçut dans la foule, et se remit au bourreau sans vouloir qu’on lui bandât les yeux.
Sa tête resta suspendue, pour quelques jours, à un poteau de la place, «par le commandement de la reine, qui assista à l’exécution, dit l’Estoile, et fut à la fin vengée comme dès longtemps elle le désirait, de la mort du roy Henry son mary, encore que le pauvre comte n’en pût mais».
De secousse en secousse, de guerre civile en guerre civile, après de courtes pacifications, les grandes journées de la Ligue arrivent, l’entrée du duc de Guise à Paris, la journée des Barricades, la fuite du roi, puis le coup de vengeance d’Henri III à Blois.
Dès que se répand à Paris la nouvelle du meurtre d’Henri de Guise et de son frère le cardinal, c’en est fini du peu qui restait encore de respect apparent pour l’autorité royale. Paris est en pleine révolution. On emprisonne les royaux et les politiques. Le Parlement est saisi d’une requête de la mère des Guises contre les assassins.
Le 1er janvier 1589, le curé Lincestre, dans l’église Saint-Barthélemy, en face du Palais, monta en chaire et réclama de ses paroissiens le serment d’employer jusqu’à la dernière goutte de leur sang pour venger la mort des princes lorrains. Le président de Harlay, suspect aux Seize et à la populace, était assis au banc d’œuvre, le curé Lincestre l’interpella particulièrement: «Levez la main, monsieur le président, levez-la bien haut; encore plus haut, s’il vous plaît, afin que le peuple vous voie!»
A la journée des Barricades, le président avait tenu tête au duc de Guise, qui essayait de le gagner ou de l’intimider, et lui avait dit: «C’est grand pitié quand le valet chasse le maître; au reste, mon âme est à Dieu, mon cœur est au roi et mon corps entre les mains des méchants.» Mais là, au milieu de ce peuple forcené, il dut céder et jurer comme les autres.
LE PETIT PONT ET LA VOUTE DU PETIT CHATELET
Il y avait encore au Parlement, outre le président de Harlay, un certain nombre de membres douteux, politiques modérés; le parti violent allait procéder à l’épuration. Le 16 janvier au matin, comme le Parlement, toutes chambres assemblées, délibérait, la grande chambre fut envahie par Jean le Clerc, dit Bussy le Clerc, ex-procureur de la cour du Parlement, enragé ligueur, devenu capitaine de son quartier et gouverneur de la Bastille pour les Seize.
Bussy le Clerc marchait à la tête d’une trentaine d’hommes cuirassés, le pistolet en main. Il interpella le premier président de Harlay, les présidents de Thou et Pothier et leur ordonna de se lever: «Suivez-moi à l’Hôtel de Ville, on y a quelque chose à vous dire!» Comme le président de Harlay lui demandait «de par qui il faisoit cet exploit», Bussy lui répondit de se hâter d’obéir sans le contraindre à user de la force, dont il pourrait se mal trouver.