Les marques infâmes de la trahison furent longtemps visibles et la tourelle d’angle demeura informe et tronquée jusqu’à la démolition de ce qui restait de l’hôtel en 1758. Cette flétrissure n’empêcha pas la grande salle de servir, de 1614 à 1615, aux séances solennelles des États généraux, les derniers convoqués avant ceux de 89, les séances ordinaires se tenant aux Augustins.
Il y eut là des scènes qui furent comme la répétition de ce qui devait se passer cent soixante-quinze ans plus tard: querelles d’étiquette d’abord, dissentiments profonds entre les ordres, prétentions des uns dans leurs cahiers, doléances et réclamations des autres, présentation solennelle au roi des cahiers des trois ordres dans la grande salle de l’hôtel de Bourbon, puis mise à la porte sans façon des députés du tiers, qui le lendemain en arrivant pour siéger aux Augustins trouvèrent la salle fermée et démeublée, avec défense de se réunir ailleurs. Il fallut s’en aller; le tiers état n’était pas mûr alors pour un serment du Jeu de Paume.
Cette grande salle, salle de fêtes et salle de bal aux beaux jours de la jeunesse de Louis XIV, fut, au milieu du XVIIᵉ siècle, transformée en théâtre, sur lequel alternativement jouèrent la comédie Italienne et la troupe de Molière. Celle-ci y donna le 18 novembre 1659 la première représentation des Précieuses Ridicules et, le 28 mai 1660, celle de Sganarelle. Molière y joua pendant deux ans; un jour la troupe arrivant pour la représentation trouva la salle en démolition, on mettait les acteurs à la porte comme de simples députés du tiers aux États généraux, pour faire de la salle le garde-meubles de la Couronne.
Cette affectation nouvelle, privant la cour d’une salle spéciale pour les fêtes, l’obligea à chercher dans le Louvre un emplacement nouveau, ce qui fut cause qu’au premier bal, le feu prit au palais et faillit brûler, avec une foule de meubles précieux, le pauvre cardinal Mazarin alors presque mourant dans son lit. Quant à la troupe de Molière, le roi lui avait donné une autre salle, celle construite par Richelieu pour la représentation de Mirame, dans le Palais-Royal, alors Palais Cardinal.
Les derniers restes du Petit-Bourbon transformés en garde-meubles ne tombèrent qu’en 1758, lors des travaux qui dégagèrent le Louvre de vieux bâtiments de service accolés à la façade orientale et permirent de voir cette fameuse colonnade de Perrault chantée par Boileau:
Dans Florence jadis vivait un médecin
Savant hableur, dit-on, et célèbre assassin...
Le rhume à son aspect se change en pleurésie
Et par lui la migraine est bientôt frénésie...
Notre assassin renonce à son art inhumain
Et désormais la règle et l’équerre à la main
Laissant de Galien la science suspecte
De méchant médecin devient bon architecte...
Soyez plutôt maçon si c’est votre talent...
Juste en face de l’hôtel de Bourbon, de l’autre côté de la Seine, d’autres somptuosités, d’autres superbes bâtiments lui font pendant, comme la tour de Philippe Hamelin ou de Nesle, de l’enceinte de Paris, fait pendant à la tour du coin de l’enceinte du Louvre. L’hôtel de Nesle, de fameuse et légendaire mémoire, a été bâti au XIIIᵉ siècle par un seigneur de Nesle, sur le terrain formant ici l’angle saillant de l’enceinte de Philippe-Auguste. En 1308, Amaury de Nesle vendit son hôtel au roi Philippe le Bel qui ne le garda pas longtemps, pas plus que son fils Philippe le Long. A la mort de celui-ci, en 1322, l’hôtel devint la propriété de sa veuve Jeanne de Bourgogne, laquelle, à sa mort en 1329, ordonna par testament que l’hôtel serait vendu et le prix appliqué à la fondation du collège dit de Bourgogne, avec bourses pour les pauvres écoliers.
Ce serait le séjour de cette reine pendant le court espace de sept à huit ans qui valut à l’hôtel de Nesle sa réputation légendaire et à la tour de Philippe Hamelin ou de Nesle sa célébrité sinistre.
On connaît par les vieux chroniqueurs les débauches reprochées aux femmes des trois fils de Philippe le Bel qui régnèrent successivement, Marguerite de Bourgogne femme de Louis le Hutin, Jeanne de Bourgogne femme de Philippe le Long, et Blanche de Bourgogne première femme de Charles le Bel. Le terrible scandale qui éclata à la cour de France et révéla les désordres des princesses est de 1314, l’année même de la mort de Philippe le Bel. Après le procès et le supplice terrible des deux frères Philippe et Gauthier d’Aulnay, Charles le Bel répudia sa femme et la força de prendre le voile à l’abbaye de Maubuisson, près Pontoise; Marguerite fut enfermée au château Gaillard où son mari Louis le Hutin, désirant un divorce plus complet, la fit étrangler le jour où il monta sur le trône.
Quant à Jeanne de Bourgogne, on la déclara solennellement innocente pour permettre à Philippe le Long de la garder et de conserver avec elle ses domaines de Bourgogne apportés en dot.