Pendant la Fronde, lors de l’affaire Broussel, le chancelier Séguier y courut danger de mort. Il avait quitté courageusement sa demeure à six heures du matin pour se rendre au Parlement malgré les barricades, s’obstinant à passer, laissant son carrosse pour une chaise à porteurs et quittant ensuite la chaise pour continuer à pied à travers les pavés soulevés, lorsqu’une troupe de furieux se jeta sur lui.
Bousculé avec l’évêque de Meaux, il put néanmoins se réfugier à l’hôtel de Luynes qu’aussitôt les émeutiers assiégèrent et dont la porte fut bientôt enfoncée. Le chancelier avait trouvé une cachette dans une chambre bien dissimulée où son frère le confessait et lui donnait l’absolution pendant que les émeutiers cherchaient partout, fouillaient la maison, sondaient les murs, saccageaient, brisaient les meubles et, en désespoir de cause, pillaient tout ce qu’il pouvait y avoir à piller.
La partie du petit palais qui avait gardé le nom d’hôtel de la Salamandre n’avait pas eu la même chance que les hôtels de Luynes et d’O; elle fut occupée par divers industriels; bientôt les appartements particuliers de Mᵐᵉ d’Étampes n’eurent plus rien d’aristocratique, la chambre de bains de la belle servit d’écurie à une auberge, qui naturellement se para pour son enseigne de l’emblème royal de la Salamandre. La chambre de François Iᵉʳ fut une cuisine et les belles salles furent transformées en logements.
La belle-fille de François, la veuve de Henri II, Catherine de Médicis, délaissant les Tuileries sur la paroisse Saint-Germain l’Auxerrois, les Tuileries à peine achevées, en raison de la crainte inspirée par un horoscope qui lui annonçait qu’elle devait mourir près de Saint-Germain, se fit construire à quelques pas de Saint-Eustache un nouveau palais qui s’appela hôtel de la Reine, puis hôtel de Soissons.
Il se trouvait alors sur cet emplacement un vieil édifice gothique jadis hôtel de Nesle, où la reine Blanche de Castille, mère de saint Louis, était morte, et qui avait appartenu à Charles, comte de Valois, à Jean de Luxembourg, roi de Bohême, au duc d’Orléans. Celui-ci en devenant Louis XII avait donné cet hôtel de Nesle ou de Bohême à un couvent de Filles pénitentes qui s’y étaient cloîtrées.
La reine ayant besoin du terrain expulsa ces pénitentes et les envoya rue Saint-Denis à l’abbaye de Saint-Magloire.
L’édifice construit par Jean Bullant sur l’emplacement du vieil hôtel, augmenté de quelques autres terrains, n’avait plus rien du fier aspect des demeures féodales, c’était un palais, une vaste résidence composée d’un grand corps de logis à trois pavillons, avec ailes en retour encadrant une cour d’honneur et se prolongeant sur des jardins.
On vantait beaucoup la magnificence des appartements et la beauté de la chapelle, édifice séparé, bâti au bout des jardins à l’angle des rues Coquillière et de Grenelle-Saint-Honoré, aujourd’hui Jean-Jacques-Rousseau. Germain Pilon, Jean Goujon et tous les plus célèbres artistes du temps avaient travaillé à la décoration du somptueux palais, ou fourni des statues pour les jardins.
Une singularité de cet hôtel de la reine c’était la haute colonne cannelée qui dominait les toits des pavillons, et au sujet de laquelle il a été fait tant de suppositions. C’est aujourd’hui tout ce qui reste du palais de Catherine, tout ce qui a survécu aux changements et démolitions. Elle a vingt-cinq mètres de haut et elle est semée dans ses cannelures d’ornements divers, fleurs de lis, cornes d’abondance, miroirs brisés, grandes initiales C H, entrelacées et couronnées, ornements aujourd’hui effacés par places.
A quoi cette colonne surmontée d’une bizarre armature de fer terminée par une sphère également en ferronnerie ajourée a-t-elle bien pu servir? La tradition en fait un observatoire non pas astronomique mais astrologique, pour les sorciers et cabalistes ordinaires de la reine mère; là sur ce perchoir planté au-dessus des appartements où la reine cachait ses sombres méditations, s’exécutaient les opérations magiques, les sorcelleries criminelles de la redoutable Italienne, par les soins de son sorcier en chef, le fameux Ruggieri.