L'enthousiasme pour son nom devint si passionné et si unanime, qu'Alphonse n'osa retenir plus longtemps dans une loge de fou celui que l'Italie et la France proclamaient à l'envi le Virgile de son siècle. Un appartement salubre et décent fut affecté, dans l'intérieur de l'hôpital Sainte-Anne, à la réclusion du poëte. Il put y recevoir de rares visiteurs; le voyageur français Montaigne, en contemplant cette triste ruine, s'apitoya sur la dégradation du génie.
La princesse de Mantoue et Scipion de Gonzague son ami vinrent le visiter dans sa prison; la princesse Marphise d'Este, cousine d'Alphonse, et le prince de Guastallo lui apportèrent des hommages et des présents; le cardinal Albano, son protecteur à Rome, lui écrivit pour lui conseiller de mériter sa délivrance complète en parlant du duc de Ferrare en termes plus respectueux qu'il n'avait fait jusque-là.
Mais les accès de sa mélancolie, seule véritable cause de sa réclusion prolongée, succédaient fréquemment à des améliorations momentanées de son état. Il en donne lui-même de tristes témoignages dans le récit des apparitions qui troublent ou consolent sa solitude, et dans ses prétendus entretiens avec un esprit céleste dont il est visité. Il écrit à ses médecins qu'il se croit ensorcelé; il confère avec des capucins de sa maladie. On doit reconnaître que le duc de Ferrare, à cette époque, cherchait sincèrement à le guérir de ses imaginations, derniers assauts de son mal, en lui procurant les distractions propres à évaporer ses songes. On le menait visiter les églises et les monastères; on le conduisait même par l'ordre du duc aux mascarades du carnaval; on le laissait passer des jours et des semaines dans les maisons de ses amis. Il raconte lui-même les fêtes de Ferrare auxquelles il avait assisté dans la maison de Gianlucco, un de ses admirateurs; ce dialogue, écrit dans sa prison, est intitulé les Mascarades.
Une crise décisive et favorable, attribuée par lui à un miracle de la Vierge, se produisit dans son état au printemps de 1586. Il rentra dans la plénitude, sinon de ses forces, au moins de son intelligence. Le duc de Mantoue, de la maison de Gonzague, qui n'avait pas cessé de s'intéresser à lui depuis le voyage qu'il avait fait autrefois à Mantoue avec son père, vint à Ferrare, et passa chaque jour plusieurs heures dans sa prison. Ce prince, charmé du rétablissement du poëte, demanda le Tasse au duc de Ferrare. Le duc de Ferrare n'hésita pas à consentir à la liberté et au départ du poëte pour la cour de Mantoue. Cette condescendance empressée d'Alphonse aux désirs du duc de Mantoue dément assez l'odieuse pensée qu'on attribue au duc de Ferrare, d'avoir voulu faire mourir le Tasse dans une éternelle captivité, de peur que ce grand homme ne portât son génie et sa gloire à une autre cour. Les Gonzagues, alliés aux Médicis, étaient précisément les princes dont il aurait eu le plus à redouter le patronage pour le Tasse. Le tort d'Alphonse était d'avoir traité pendant sept ans un délire de génie comme un crime vulgaire.
Le Tasse, après avoir résidé quelques semaines libre à Ferrare, dans la maison de l'ambassadeur des Médicis Serassi, pour s'occuper de recueillir sa fortune et ses manuscrits, partit le 15 juillet 1586 de Ferrare, sans avoir vu une dernière fois Alphonse. Le duc devait répugner à contempler sa victime, le poëte à remercier son geôlier. Le duc de Mantoue emmena lui-même le Tasse avec lui; il fut reçu à la cour de Mantoue comme une conquête que la maison de Gonzague faisait sur celle d'Este. La jeune princesse Léonora de Médicis le combla d'un enthousiasme qui ressemblait à un culte; ses malheurs semblaient relever son génie. Le vieux duc de Mantoue, père du libérateur du Tasse, charmé de voir son fils lié d'affection avec le premier des poëtes d'Italie, lui fit préparer des appartements somptueux dans son propre palais, le vêtit du costume et des armes d'un chevalier, et ordonna qu'il fût traité par ses serviteurs comme le plus illustre des hôtes.
Le Tasse s'enivra de cette liberté, de ce respect et de ce bien-être si différents des chaînes, des hontes, des peines d'esprit et de corps qu'il venait de supporter pendant six ans de captivité.
«Je suis à Mantoue, écrit-il à son ami Licinio, logé auprès de l'illustrissime prince, servi par ses domestiques de tout ce que je puis désirer, fêté par Leurs Altesses sous tous les rapports; ici je jouis d'une bonne table, d'excellents fruits, d'un pain savoureux, d'un vin doux et sucré, tel que mon père l'aimait tant, d'admirable poisson, d'abondant gibier et surtout d'un air pur; peut-être cependant, ajoute-t-il, que l'air de Bergame, ma patrie, est encore plus sain... Je veux rester à Mantoue, parce que mon appartement y est magnifique, et que le prince m'y comble de courtoisie; j'y veux jouir d'abord de tout l'été et même de l'hiver prochain. Cependant,» poursuit-il, «je suis encore poursuivi et obsédé, malgré les soins des médecins, par mes imaginations et mes fantômes.»
Il y acheva, à la requête de la princesse Léonora de Médicis, sa tragédie commencée, de Torrismond; il y repolit les derniers chants de la Jérusalem.
Mais, après quelques mois de séjour dans cet Éden de poésie, il commença, selon son usage, à se lasser du repos, à soupçonner qu'il n'était pas libre, à quitter Mantoue, à se plaindre de ce que les égards dont on l'avait environné à son arrivée n'avaient plus le même caractère de vivacité et de chaleur, et à parler d'aller à Loretto pour y implorer un nouveau prodige de la Vierge. «Le sérénissime prince, dit-il, me laisse bien circuler dans toute la ville de Mantoue, suivi par un seul page; mais je ne me sens pas sûr d'être libre; d'ailleurs je suis aussi mélancolique ici qu'à Ferrare, j'ai besoin d'être guéri ailleurs.» Plus loin: «Je ne puis continuer, écrit-il, à vivre dans une ville où toute la noblesse ne me cède pas le premier rang; c'est là mon humeur et mon principe!» Cependant le souvenir de la perte de Léonora d'Este occupait si peu son cœur que, pendant le carnaval de 1587, à Mantoue, la beauté d'une des jeunes femmes de cette cour parut faire une impression puissante sur son esprit. «Peut-être vous en dis-je trop dans une lettre, écrit-il à Mori, un de ses confidents; mais jamais je n'ai été plus humilié de n'être plus un heureux poëte qu'en ce moment; je passe un délicieux carnaval au milieu d'un cercle nombreux de belles et gracieuses femmes. En vérité, si ce n'était la crainte de paraître trop impressionnable ou trop inconstant en faisant un nouveau choix, j'aurais réfléchi sur laquelle de ces beautés je devais porter mes pensées.»
La grande-duchesse de Toscane, sans doute à l'instigation de la jeune princesse de Mantoue sa fille, envoya au poëte un riche présent en argent, pour payer le voyage qu'il se proposait de faire à Florence. Mais, au lieu de partir pour Florence, il partit pour Bergame où le souvenir de ses aïeux l'attirait. Il ne tarda pas à se lasser de l'accueil que lui fit sa famille et sa ville natale. «Je ne jouis, écrit-il au cardinal Albano, que d'une ombre de liberté; je n'aurai de repos qu'à Rome.» La mort du vieux duc de Mantoue et l'élévation au trône du jeune prince de Mantoue, son ami, le rappelèrent encore dans cette ville. Ce prince s'efforça, même par des refus d'argent, de le détourner de son voyage de Rome. Rien ne put le retenir: il s'achemina au mois d'octobre 1587 vers Rome, sans autre bagage qu'un porte-manteau contenant son linge, et une malle pleine de ses livres et de ses manuscrits. «J'irai en pèlerin, en marchant, à cheval, à pied, par mer ou par terre, mais j'irai, écrit-il à Alario; je suis si malade que je passe pour fou aux yeux des autres et à mes propres yeux.»