A cette nouvelle, la Convention se sent perdue, se croyant trahie par la troupe. Menou est mis en état d’arrestation ; les généraux Desperrières, Debor et Duhoux sont destitués. Cependant, le temps presse ; un nouveau général est nécessaire, il en faut un dans la nuit même : la cause est devenue tellement personnelle pour les conventionnels, qu’ils ne veulent plus abandonner le commandement à un étranger ; c’est un représentant qu’on désire en charger, et tous les yeux se sont tournés vers le général du 9 thermidor. Le représentant Barras est donc investi du commandement supérieur.
Barras, dont les goûts antimilitaires, dont la vie molle et voluptueuse était peu en harmonie avec les devoirs dont il était chargé, se trouva fort embarrassé devant l’état d’extrême confusion de l’armée, et fit part de ses doléances à Carnot, qui lui conseilla de s’adjoindre un général. — « Mais lequel ? » dit Barras. Carnot mit en avant les noms de Brune, de Verdières et de Bonaparte. Quelques représentants proposèrent aussi d’autres généraux. « Non, répondit Barras, ce ne sont point des généraux de plaine qu’il faut ici, c’est un général d’artillerie. » Là-dessus, Fréron, l’amoureux passionné de Pauline, insista sur le choix de Bonaparte, alla sur-le-champ le chercher et le conduisit près de Barras. Celui-ci, apercevant Bonaparte, le prend à part aussitôt et lui propose le commandement en second de l’armée de la Convention. Ne recevant pas de réponse immédiate de son interlocuteur : « Je vous donne trois minutes pour réfléchir », dit Barras. Et tous deux demeurèrent debout dans un immobile silence.
Trois minutes ! et le sort de Napoléon, de la France et de l’Europe allait être décidé.
En ces trois minutes, rentrant en lui-même, Bonaparte se demande où est le devoir ? Il pouvait douter, car renverser la Convention, dont le nom signifiait terreur et carnage, chasser les incapables envieux dont il avait tant souffert, c’était le programme des sections qui n’était pas pour lui déplaire. Il allait décliner le commandement quand, envisageant toutes les conséquences de la situation, il voit en son esprit apparaître soudain, déjà prêts à l’attaque, les Autrichiens avec cinquante mille hommes aux portes de Strasbourg, et les Anglais avec quarante vaisseaux devant Brest.
Alors, il n’hésite plus, son parti est pris, et il conçoit le principe qui est resté la base même de notre patriotisme à tous : quand le territoire est menacé, le premier devoir de tout citoyen est de se rallier à ceux qui détiennent le gouvernement.
Le sentiment patriotique qui amène, en cet instant, le général à servir ceux qu’il déteste est le même qui, en 1815, poussera l’Empereur, vaincu à Waterloo, ayant abdiqué, à s’humilier devant les traîtres du gouvernement provisoire pour obtenir la faveur de commander une dernière fois, parce qu’il sent qu’une chance subsiste de battre les envahisseurs, dont les plans d’investissement de Paris présentent, à ses yeux, une lacune considérable.
Fort de sa décision : « J’accepte, dit Napoléon à Barras, mais je vous préviens que l’épée hors du fourreau, je ne la remettrai qu’après avoir rétabli l’ordre. »
L’homme tout entier s’est révélé, le patriote aussi bien que le guerrier qui n’entendra jamais être gêné dans ses actes par les politiciens.
Cette scène se passait le 13 vendémiaire, à une heure du matin. Le soir même, Barras put se présenter à l’Assemblée et annoncer la victoire des troupes de la Convention.
Le lendemain, 14 vendémiaire, Napoléon est promu au grade de général de division, et le 18 son nom est enfin prononcé à la Convention, en séance publique. « N’oubliez pas, dit Fréron, que le général d’artillerie Buonaparte, nommé dans la nuit du 12 au 13, n’a eu que la matinée du 13 pour faire les dispositions savantes dont vous avez vu les effets. » Après Fréron, Barras vient appeler l’attention de ses collègues sur les services de son lieutenant, et fit rendre le décret qui confirmait celui-ci dans l’emploi de commandant en second de l’armée de l’intérieur.