Ces jeunes gentilshommes furent donc sous l'influence de ces causes et sous celle de l'irritation produite par la blessure que ressentait leur orgueil; aussi tombaient-ils comme des victimes; et, dans leur désespoir, ils maudissaient le jour où ils avaient quitté leur patrie. L'effet de ces morts affreuses et précoces sur l'esprit public fut tel, que, longtemps après que l'établissement d'Isabella eut été abandonné, des légendes lamentables circulaient sur ces tristes événements, et qu'on affirmait que ses ruines et ses rues désertes étaient parcourues la nuit par les âmes errantes de ces jeunes seigneurs, se traînant lentement avec leurs costumes anciens, saluant les visiteurs avec un silence aussi triste que solennel, et s'évanouissant comme des ombres fugitives quand on s'en approchait. Les ennemis de Colomb ne manquèrent pas de lui attribuer ces désastres et de dire que ces infortunés, qui cependant s'étaient pressés en foule pour briguer l'honneur de l'accompagner, avaient été perfidement séduits par ses promesses décevantes, et sacrifiés par lui pour satisfaire ses intérêts personnels.
Avant que la saison des fortes chaleurs, dont il faut dire que Colomb ignorait parfaitement quelles seraient les funestes influences, fût arrivée, le vice-roi, toujours dans le but principal de soutenir le moral des hommes de son expédition, résolut de faire un voyage à l'île de Cuba ou de Juana; mais auparavant, il voulut mettre les affaires de la colonie sur le meilleur pied possible. Il détacha donc d'Isabella tous les hommes qui ne lui parurent pas nécessaires à la police, aux travaux de cette ville ou aux soins des malades, et il expédia sur Saint-Thomas un corps de deux cent cinquante archers, de cent dix arquebusiers, de dix-huit cavaliers et de vingt officiers; il en donna le commandement à don Pedro-Marguerite, qui devait laisser celui du fort à Ojeda que Colomb employait aussi souvent qu'il le pouvait sans lui faire supporter des fatigues excessives ou sans exciter contre lui la jalousie de ses égaux.
Le vice-roi, dans les instructions écrites et minutieuses qu'il envoya à don Pedro, lui prescrivait de faire une tournée militaire, d'explorer les parties principales et les plus distantes possible qui se trouveraient dans le rayon du fort, lui enjoignait d'entretenir la discipline la plus exacte, de protéger soigneusement les droits ou les intérêts des insulaires, et il lui recommandait par-dessus tout de cultiver leur amitié en tant que ce serait compatible avec sa sécurité.
Malheureusement qu'Ojeda, en se rendant à la forteresse, apprit que les Indiens avaient, au gué d'une rivière, volé les effets de trois Espagnols, et que les coupables avaient été protégés par leur cacique qui avait partagé ce butin avec eux. Ojeda, dont l'esprit était essentiellement militaire, vit là une injure grave et fit rechercher les voleurs; on lui en amena un, il lui fit aussitôt couper les oreilles au milieu de la place publique du village, et il l'envoya lui, le cacique, son fils et son neveu chargés de chaînes, au vice-roi qui, désolé d'apprendre le supplice infligé à l'un d'eux, les mit tous en liberté, mais en déclarant que ce n'était que par pure commisération qu'il ne les condamnait pas à mort.
Le vice-roi, avant de partir pour l'île de Cuba, forma une junte pour gouverner la colonie: son frère Diego en fut le président; les autres membres furent le père Boyle, Pedro Fernandez Coronal, Alonzo Sanchez Caravajal et Jean de Luxan. Il appareilla alors avec trois de ses cinq bâtiments, dont les noms étaient la Santa-Clara le San-Juan et la Cordera. Nous ferons remarquer ici que Colomb, en commémoration de la campagne qu'il avait faite dans son premier voyage sur la Niña, avait donné ce même nom à la Santa-Clara où flottait son pavillon de grand-amiral. Ce fut le 24 avril qu'eut lieu son départ d'Isabella.
Un des desseins qu'il se proposait dans cette expédition était de visiter la partie occidentale de Cuba, afin de s'assurer si cette terre était une île ou un grand promontoire de l'Asie dont alors il se proposait de prolonger la côte pour arriver soit dans l'Inde, soit à Mangi, au Cathay ou autres terres riches et commerçantes qu'il se flattait en ce cas de découvrir, et qui devaient confiner aux États du Grand-Khan, tels qu'en effet ils avaient été décrits par les illustres voyageurs Mandeville et Marco-Paolo.
Le grand-amiral s'arrêta à un ou deux points de l'île qu'il prolongeait par sa côte méridionale; il y prit de l'eau et des vivres frais. Partout, les habitants, émerveillés de voir d'aussi grands bâtiments glisser aussi rapidement sur la surface azurée de l'eau, sortaient de leurs villages, s'embarquaient dans leurs pirogues et venaient offrir en cadeau tout ce qu'ils avaient de plus agréable au goût. Sur leur rapport unanime qu'il y avait dans le Sud une grande île qui contenait beaucoup d'or, Colomb, se décidant à faire cette nouvelle découverte, mit effectivement le cap dans cette direction. Dès le 3 mai, les sommets bleuâtres de l'île qui porte aujourd'hui le nom de la Jamaïque s'offrirent à sa vue; mais il ne put l'atteindre que deux jours après. Il la côtoya jusqu'à un golfe de sa partie occidentale qu'il appela le golfe Buentempio, où il mouilla. Les naturels lui en parurent plus ingénieux, mais aussi plus belliqueux que ceux de Juana et d'Hispaniola. Leurs pirogues construites avec un certain art, avaient des ornements sculptés à la poupe ainsi qu'à la proue; quelques-unes étaient même fort grandes, mais toutes provenaient d'un seul arbre creusé qui était ordinairement de l'espèce de l'acajou. Le grand-amiral mesura une de ces pirogues, dont il consigna dans son journal les principales dimensions, lesquelles étaient de 96 pieds de long sur 8 de large. Chaque cacique en possédait une à peu près de cette grandeur, qu'il semblait considérer comme les souverains considéraient alors en Europe une galère royale.
Les Espagnols furent reçus avec hostilité par ces fiers insulaires; mais, après quelques escarmouches, les naturels, voyant la supériorité des armes des nouveaux débarqués, se décidèrent à établir des relations amicales. Christophe Colomb eut bientôt reconnu que l'or qui pouvait exister dans l'île ne se trouvait, pour la plus grande partie, que dans des mines qu'il fallait exploiter. Il crut alors son voyage assez utilisé par la découverte d'une terre d'une aussi grande fertilité, et il se détermina à en appareiller pour aller continuer son exploration de Cuba. Au moment de son départ, un jeune Indien se rendit à son bord et demanda aux Espagnols de l'emmener avec eux. Presque au même moment, arrivèrent ses parents qui le supplièrent de renoncer à ce projet. Pendant quelque temps, il fut indécis entre son désir d'aller visiter le pays de ces étrangers qui l'impressionnaient si vivement et la tendresse de sa famille; mais la curiosité, jointe au penchant de la jeunesse pour les voyages, l'emporta; il s'arracha aux embrassements de ses amis et, pour ne plus être témoin de leurs larmes ou de leurs instances, il se précipita dans la cale du bâtiment où il se blottit dans l'endroit le plus caché. Le vice-roi, touché de cette scène attendrissante, se sentit pris d'un intérêt extrême pour ce jeune homme résolu, et il ordonna qu'il fût traité avec les plus grands égards. De nos jours, on aurait attaché beaucoup de prix à étudier, chez ce sauvage aux idées si arrêtées, l'effet qu'auraient produit en lui le contact des marins, les merveilles savantes de la navigation et, plus tard, la vue et l'habitation de notre monde civilisé; mais, telles ne furent pas les préoccupations des Espagnols dans cette période, et rien n'a plus transpiré sur ce que devint ce jeune Indien, ni sur les émotions qu'il éprouva dans sa nouvelle existence.
La Niña atterrit le 18 mai à Cuba près d'un grand cap auquel fut donné le nom de cap de la Croix qu'il porte encore; continuant sa route à l'Ouest, elle se trouva au milieu d'un labyrinthe de petites îles et de caves qui rendaient la navigation très-dangereuse et qui exigeaient la plus active surveillance. Les cayes sont des bancs dont le sommet est plat, assez étendu, peu éloigné du niveau de la mer, et qui sont formés de sable mou, de vase, de coraux et de madrépores; quelques-unes ont des arbustes qui verdoient au-dessus de la mer, mais dont le pied est dans l'eau. Les cayes ont acquis depuis lors une grande célébrité, comme ayant servi d'asile et de refuge presque inaccessible aux navires des fameux flibustiers, à ceux des pirates et d'une infinité de corsaires qu'on a vus faire une guerre des plus acharnées, principalement à ces mêmes Espagnols qui alors, sous la conduite de Christophe Colomb, faisaient la conquête des Antilles, et qui sous Cortez, Pizarre et autres vaillants guerriers, devaient compléter celle des deux Amériques. À ces îles et à ces cayes ornées d'une si fraîche verdure, Colomb donna le nom d'Archipel des Jardins de la Reine. De nos jours, les cayes sont, en général, le repaire des contrebandiers.
Quittant l'Archipel des Jardins de la Reine, la flottille trouva, pendant trente-cinq lieues, une mer libre, qu'elle parcourut en côtoyant la partie de l'île qui se trouvait à sa droite, et qui s'appelait Ornofay. La vue des navires européens y excita la joie des naturels qui s'empressaient de se rendre à bord avec des fruits et des présents. Le soir, quand la brise de terre s'élevait, et après les ondées de pluie qui accompagnaient sa venue, on respirait à bord la fraîche douceur d'un air embaumé, apportant en même temps les chants des insulaires ainsi que le bruit des tam-tams ou autres instruments qui leur servaient à célébrer, par des danses et par des chants nationaux, le passage de ces merveilleux étrangers.