Bobadilla arriva à San-Domingo le 23 août 1500. Avant d'entrer dans le port, il fut informé par les hommes d'une pirogue qui accosta son bâtiment, que le vice-roi et l'Adelantado étaient en tournée dans l'intérieur de l'île, et que c'était leur frère Don Diego qui exerçait le commandement pendant leur absence. Il apprit également la récente insurrection de Moxica, le châtiment qu'avaient reçu plusieurs assassins dont sept venaient d'être pendus et celui de cinq rebelles qui étaient renfermés dans la forteresse de San-Domingo. Parmi ceux-ci se trouvaient Pedro Reguelme, et Guevara dont la passion pour Higuenamota avait été la cause première de la révolte. Bobadilla put même voir en entrant deux potences dressées, une de chaque côté du port, où, selon l'usage des temps de laisser les suppliciés pendant quelques jours exposés aux regards de la multitude, étaient encore suspendus deux des condamnés à mort.
Dès qu'on sut à San-Domingo qu'un commissaire royal était à bord du navire qui venait d'arriver, on s'empressa d'aller au-devant de lui et de rechercher sa faveur; on remarqua, plus particulièrement, parmi ces courtisans, les hommes qui auraient dû avoir le plus à craindre de la justice du commissaire, si lui-même était venu avec des intentions impartiales. Or, ce furent ceux-là mêmes qui obtinrent le meilleur accueil et qui reçurent tout encouragement pour articuler des plaintes contre le vice-roi; on peut donc affirmer qu'avant le débarquement de Bobadilla, la culpabilité de Colomb était un point arrêté dans son esprit.
Ce qui le prouve jusqu'à l'évidence, c'est qu'il publia aussitôt des proclamations dans lesquelles il donnait des extraits de ses lettres patentes, d'où il résultait qu'il était autorisé à faire toutes sortes de recherches sur l'état des choses et à poursuivre les délinquants; qu'en conséquence il exigeait la mise en liberté de Reguelme et de Guevara pour entendre leurs dépositions.
Don Diego déclara qu'il ne pouvait rien faire sans les ordres du vice-roi de qui il tenait ses pouvoirs, et qu'il ne relâcherait pas les prisonniers demandés; il ajouta qu'il était convenable qu'il lui fût délivré une copie exacte des lettres patentes du commissaire afin qu'il les envoyât à son frère; mais cette demande, pourtant si naturelle, fut refusée. Bobadilla, espérant plus de succès d'une nouvelle proclamation, en fit publier une autre le lendemain, par laquelle il prenait les titres et l'autorité de gouverneur de toutes les îles et du continent nouvellement découverts: c'était excessivement outre-passer ses instructions qui ne lui permettaient de se qualifier de gouverneur que dans le cas où Colomb serait trouvé coupable, et il n'avait encore été ni entendu ni même vu. À l'issue de cette étrange publication, il exigea de nouveau la remise des prisonniers entre ses mains, mais Don Diego qui, pour être un savant très-pacifique, n'en était pas moins doué d'une grande fermeté, demeura inflexible, alléguant d'abord les devoirs d'un subordonné envers celui de qui il tenait son mandat, et ensuite les titres du vice-roi qui tenait des souverains espagnols des pouvoirs beaucoup plus élevés que ceux sur lesquels Bobadilla s'appuyait.
Le commissaire imagina alors d'informer les habitants qu'il était nanti d'un mandat de la couronne, enjoignant à Christophe Colomb et à ses frères de livrer entre ses mains tous les forts, tous les bâtiments ou navires, tout enfin ce qui appartenait à l'État, et ordonnant que tout arriéré quelconque de solde fût payé par eux à qui de droit. Cette dernière injonction fut accueillie avec de grands transports de la joie la plus bruyante par la multitude charmée.
Cette popularité acquise par un si pitoyable moyen qui n'était d'ailleurs qu'un leurre, puisqu'il n'était au pouvoir de personne de tenir la solde à jour lorsque la métropole laissait les caisses publiques de la colonie presque constamment vides; cette popularité, disons-nous, accrut l'audace de Bobadilla, qui déclara que si Don Diego ne lui remettait pas les prisonniers, il irait lui-même les chercher et les délivrer. Don Diego persista avec énergie dans son refus; alors le commissaire se rendit au fort et somma Michel Diaz, qui le commandait, de faire sortir les prisonniers. Michel Diaz répondit qu'il n'y consentirait que sur l'ordre du vice-roi; à cette réponse, Bobadilla ne connut plus de bornes, il fit débarquer les matelots de son navire, se fit suivre par la lie de la population; et à la tête d'une tourbe ardente et ameutée, il attaqua le fort qui, peu en état de se défendre, fut pris par ce ramassis de gens sans aveu. Les prisonniers furent ainsi délivrés; mais, pour conserver une apparence de justice dans ce renversement de toute légalité, ils furent mis sous la surveillance d'un alguazil.
Ainsi débuta le haut commissaire royal, qui venait cependant pour rétablir l'ordre, scruter avec impartialité la conduite de chacun, et faire régner les lois et l'équité. Conséquent avec ce premier acte, il prit domicile dans la maison de Colomb, s'y installa en maître, se mit en possession de ses armes, de ses objets précieux, de ses chevaux, de ses livres, de ses lettres, de ses manuscrits particuliers, n'établissant aucun compte de ce dont il s'emparait, payant quelque arriéré à ceux qu'il favorisait le plus, avec les deniers de Colomb, et disposant du reste comme il l'entendait sous prétexte qu'il avait tout confisqué au profit de la couronne. Puis, il donna des autorisations de vingt années pour se livrer à la recherche de l'or, n'imposant que le onzième du produit net pour l'État au lieu du tiers qui avait été exigé jusque-là; enfin, il tint le langage le plus véhément contre Colomb, et dit publiquement qu'il avait pouvoir de le renvoyer en Espagne chargé de fers, affirmant que jamais plus ni lui ni personne de sa famille n'exercerait le commandement de l'île.
Tels furent les premiers actes de ce commissaire, qui était le même Bobadilla que, dans ses entretiens avec le docteur Garcia Fernandez, Christophe Colomb, avant son départ de Cadix pour son second voyage d'Amérique, avait signalé comme un de ses ennemis les plus prononcés: et encore, il était impossible qu'il put alors prévoir jusqu'à quel point l'âme perverse d'un tel homme pousserait la violence de l'inimitié. Nous allons dire quels furent les excès où il osa se laisser aller.
Ce fut au fort de la Conception que Colomb apprit ces étranges nouvelles. Malgré la connaissance qu'il eut des proclamations de Bobadilla, il aimait à se flatter qu'il ne devait voir en lui qu'un premier chef de la justice dont il avait plusieurs fois demandé l'envoi à ses souverains, et que tout au plus celui-ci avait des pouvoirs particuliers pour s'enquérir des troubles qui avaient récemment éclaté: tout ce qui, selon lui, sortait de ces limites, était, comme on l'avait vu pour Aguado, une extension d'autorité que le nouveau commissaire assumait de son fait. Le sentiment qu'il avait de ses services, de son intégrité, de sa confiance en Leurs Majestés lui permettait peu de soupçonner toute la vérité.
Sous l'empire de ces idées, il écrivit des lettres aussi modérées que conciliantes à Bobadilla et, à son tour, il fit des proclamations pour contre-balancer l'effet de celles du commissaire. Des émissaires lui furent alors expédiés porteurs de lettres royales où il lui était ordonné, s'il en était requis par Bobadilla, de lui obéir en quoi que ce fût; en même temps il fut mandé immédiatement à San-Domingo pour comparaître devant le nouveau gouverneur.