Le règne de Baudouin le Magnanime et de Marguerite d'Alsace s'achevait au milieu des combats. Tandis que le sang rougissait les plaines du Maine et du Poitou, la Flandre était pleine de trouble et d'agitation. La reine Mathilde y avait formé un complot dans lequel était entré Roger de Courtray. Thierri de Beveren réclamait le comté d'Alost et avait réussi à s'emparer de Rupelmonde. Le duc de Brabant, qui, comme neveu de Philippe d'Alsace, était naturellement l'ennemi et le rival de Baudouin, le marquis de Namur, qui voulait révoquer la donation de ses Etats qu'il lui avait faite précédemment, l'évêque de Liége, leur constant allié, soutinrent sa rébellion. Les plus fiers barons des marches de la Meuse avaient réuni leurs vassaux sous leurs bannières. Le roi de France s'alarma de cette vaste confédération féodale, et ordonna à ses hommes d'armes d'envahir le Brabant avec les milices de Flandre et de Hainaut. Une bataille décisive se livra, le 1er août 1194, près de Noville, sur les bords de la Méhaigne. Le triomphe de Baudouin fut complet: quatre cents chevaliers et vingt mille fantassins périrent en cherchant à l'arrêter. Le marquis de Namur fut fait prisonnier et perdit ses Etats. Le duc de Brabant demanda aussitôt la paix, et la reine Mathilde suivit leur exemple; mais son humiliation fut plus profonde, car ce ne fut point assez qu'elle se soumît au jugement du roi et renonçât à toutes ses prétentions et à tous les accroissements qu'avait subis son domaine: Philippe-Auguste, qui craignait peut-être qu'elle n'offrît sa main à quelque haut baron de France, dans lequel elle trouverait un vengeur, la força d'épouser l'un des princes qui lui étaient les plus dévoués, le duc Eudes de Bourgogne. A peine ce mariage avait-il été célébré qu'il fut rompu par l'autorité ecclésiastique pour des motifs de consanguinité, et la fière princesse portugaise se vit de nouveau réduite à promettre au roi qu'elle ne chercherait point à contracter un autre mariage sans avoir obtenu son assentiment préalable.

A cette guerre succéda une expédition dirigée contre le comte de Hollande, qui voulait opposer ses entraves à l'activité de la navigation flamande. Il ne put défendre l'île de Walcheren et se hâta de redresser les griefs de la Flandre.

Marguerite avait rendu le dernier soupir le 15 novembre 1194: Baudouin le Magnanime ne lui survécut qu'une année. L'héritier des comtés de Flandre et de Hainaut portait le même nom que son père, et il lui était réservé de l'illustrer plus qu'aucun de ses aïeux.

Lorsque Baudouin, fils de Marguerite, arriva à Compiègne pour y rendre hommage des terres qu'il tenait en fief, Philippe-Auguste célébrait ses noces avec Agnès de Méranie. La présence du neveu d'Elisabeth au milieu de ces fêtes rappela-t-elle à Agnès de Méranie les infortunes de deux autres reines? Baudouin put-il oublier, en assistant à ces pompeuses cérémonies, qu'une princesse de la maison de Hainaut avait occupé ce même trône et en était descendue pour vivre dans l'exil? Philippe-Auguste n'était point devenu plus généreux: il voyait dans le comte de Flandre un jeune homme de vingt-trois ans, qui ne pouvait posséder ni l'expérience, ni l'influence nécessaires pour consolider sa puissance récente. Soit qu'il surprît sa bonne foi, soit qu'il employât les moyens d'intimidation que donne une autorité supérieure, il réussit à modifier complètement l'acte d'hommage tel qu'il avait eu lieu jusqu'à cette époque; et Baudouin s'engagea non-seulement à obliger quarante barons de Flandre et de Hainaut à répéter le même serment, mais de plus il abandonna au roi les fiefs de Boulogne, de Guines et d'Oisy, et déclara solennellement requérir les évêques de Reims, de Cambray, de Tournay et de Térouane, de l'excommunier s'il manquait en quelque chose à ses devoirs de vassal. Les lettres patentes qu'il scella à cet égard furent remises au roi, et il fut expressément convenu que l'excommunication ne pourrait être levée tant que le roi de France n'aurait pas obtenu réparation de ses griefs. Le pape Innocent III confirma cet engagement.

Cependant Baudouin, en rentrant dans ses Etats, entendit s'élever autour de lui les murmures de ceux qui lui reprochaient de subir, comme son père, le joug odieux de Philippe-Auguste, et dès ce moment il rechercha l'amitié du roi d'Angleterre.

Peu de semaines après le retour du comte de Flandre, l'archevêque de Canterbury se rendit à sa cour et y fut reçu avec honneur. Henri de Hainaut, frère du comte, Renier de Trith, Baudouin de Béthune, Baudouin de Commines, Nicolas de Condé et d'autres nobles l'accompagnèrent à Rouen, où un traité d'alliance fut signé le 8 septembre 1196. La pension annuelle du comte de Flandre y fut fixée à cinq mille marcs. Le comte de Mortain, frère du roi Richard, et le marquis de Namur, frère du comte Baudouin, adhérèrent à ces conventions. Bientôt après, les comtes de Champagne et de Bretagne s'unirent au roi d'Angleterre par de semblables alliances. Parmi les barons qui entrèrent dans cette confédération se trouvaient Renaud de Dammartin, Baudouin de Guines, Guillaume de Béthune.

Dès les premiers jours de l'année 1197, les hérauts du comte de Flandre allèrent sommer Philippe-Auguste de restituer l'Artois. Son refus fut le signal de la guerre. Baudouin assembla une armée et conquit tour à tour Douay, Roye et Péronne; puis, après avoir menacé Compiègne, il se dirigea vers les bords de la Scarpe et chercha à s'emparer d'Arras. Une armée considérable que le roi de France lui-même commandait s'approchait d'Arras. Baudouin, réduit à se retirer devant des forces supérieures, conçut un plan habile et l'exécuta avec bonheur. Se confiant dans la garnison qu'il avait laissée à Douay et dans la neutralité des Tournaisiens favorables à sa cause, il se replia vers le nord-ouest afin d'attirer les ennemis dans une contrée couverte de bois, de rivières et de marais, où la défense était facile et le succès des invasions toujours subordonné aux conditions variables des éléments et des saisons. Le roi avait traversé la Lys et s'était avancé jusqu'auprès de Steenvoorde, lorsqu'il apprit que les routes et les ponts avaient été coupés de toutes parts autour de lui; tous les convois de vivres étaient interceptés, et les secours qu'il attendait n'arrivaient point. Les chefs de l'armée représentaient à Philippe-Auguste qu'il s'exposerait à une perte certaine en cherchant à pénétrer plus loin dans un pays privé de communications. Il s'arrêta et comprit les dangers qui le menaçaient: déjà la terreur se répandait chez tous les hommes d'armes que la faim tourmentait depuis trois jours. Les milices flamandes entouraient son camp, et les femmes elles-mêmes accouraient pour prendre part à l'extermination des ennemis. Dans cette situation grave, le roi de France envoya des députés près du comte Baudouin: ils lui adressèrent de longues harangues pleines de vaines protestations trop mal justifiées, et demandèrent qu'une conférence eût lieu entre les deux princes. L'entrevue fut fixée à Bailleul. Dès que le roi aperçut le comte, il descendit de cheval pour le saluer, protestant que, bien qu'il eût envahi la Flandre avec une armée, il n'y était venu que pour engager Baudouin à une réconciliation sincère; qu'il se souvenait d'ailleurs que le comte de Flandre était le vassal et l'un des pairs du royaume, et qu'il était prêt lui à restituer l'Artois et tous les châteaux enlevés à ses domaines. Il s'engageait à faire publier solennellement toutes ces conventions et à les confirmer par son serment, dans une assemblée solennelle qui devait se tenir, le 18 septembre, entre Vernon et Andely; mais à peine s'était-il éloigné, qu'il se déclara dégagé d'une promesse que la nécessité seule avait dictée.

Pendant l'hiver, le comte de Flandre se rendit en pèlerinage à Canterbury, où il eut sans doute quelque entrevue secrète avec le roi d'Angleterre. Au mois de mars, il se trouvait à Aix où il assista au couronnement d'Othon de Saxe, neveu de Richard, que l'évêque de Durham et Baudouin de Béthune venaient de faire élire empereur, malgré Philippe-Auguste.

La guerre reprit en France dès que les moissons eurent été recueillies. Trois années de tempêtes et d'orages avaient engendré une grande disette, et suspendu les combats. Lorsqu'ils recommencèrent, Richard était plus puissant que jamais; les comtes du Perche, de Blois et de Saint-Gilles l'avaient rejoint. Tandis que le roi d'Angleterre, soutenu par Mercader de Beauvais et ses routiers flamands, dispersait l'armée française à la bataille de Gisors, Baudouin s'emparait de Saint-Omer, d'Aire, de Lillers et de la plupart des cités de l'Artois. Arnould de Guines eut part à ces victoires avec ses karls d'Ardres et de Bourbourg: il avait reçu de Baudouin une somme énorme de deniers sterling, prise dans les tonneaux d'or et d'argent que le roi d'Angleterre avait envoyés en Flandre pour exciter le zèle de ses amis.

A ces menaces, Philippe-Auguste opposa l'une des armes les plus redoutables de la puissance royale, et ce fut en vertu du serment prêté à Compiègne que l'archevêque de Reims fut requis de frapper d'interdit toute la Flandre. Une désolation profonde se répandit au loin. Dans plusieurs villes, le peuple employa la violence pour forcer le clergé à célébrer les divins mystères. Les uns éclataient en gémissements stériles, les autres cherchaient dans l'hérésie une excuse et un prétexte pour leur désobéissance. En vain l'évêque de Tournay écrivait-il à l'archevêque de Reims pour le supplier de ne pas faire peser l'anathème prononcé contre Baudouin sur tous ses sujets: le comte de Flandre se vit réduit à interjeter appel au pape, et la Flandre ne respira que lorsque Innocent III eut ordonné aux évêques d'Amiens et de Tournay de lever l'excommunication, en déclarant qu'il protégeait le comte Baudouin et la comtesse Marie comme les enfants bien-aimés de l'Eglise.