Lorsque Marguerite, héritière des Etats de sa sœur, arriva en France pour y remplir ses devoirs de feudataire, ce fut la reine Blanche, mère de Louis IX, qui reçut son acte d'hommage, «pour ce que, y était-il dit, iceluy nostre sire le roy, grevé de maladie, estoit en tel estat que il n'estoit mie expédient que l'on luy fist parole sur ce, pour ce que, par aventure, il ne fust troublé de la mort de nostre dite sœur.»
Louis IX avait pris la croix pendant sa maladie; mais trois années devaient s'écouler avant qu'il exécutât son vœu. Pendant ces trois années, il rétablit l'ordre dans les finances, de telle sorte que le revenu des domaines royaux pût suppléer à tous les impôts et suffire aux frais des plus grandes guerres. Il réprima les abus de pouvoir de ses forestiers et de ses prévôts; il introduisit dans les cours de justice une équité si impartiale, que personne n'était plus empressé que lui-même à condamner les prétentions de ses officiers, dès qu'elles ne paraissaient point justifiées; enfin, il ordonna que tous les marchands étrangers venant en France y fussent protégés avec sollicitude, et favorisa l'extension des relations commerciales, «pourquoy li royaume fu en meilleur estat qu'il n'avait esté au temps de ses devanciers.»
Louis IX était le petit-fils d'Elisabeth de Hainaut: ses traits, raconte Philippe Mouskès, retraçaient ceux des princes dont le sang était le sien. Louis IX, assis sous le chêne de Vincennes, rappelait également ses aïeux les comtes de Hainaut, qui rendaient la justice sous les chênes de Hornu.
Louis IX était appelé à juger en Flandre la grande querelle des fils de Bouchard d'Avesnes et de ceux de Guillaume de Dampierre, «qui rendit cette époque si agitée et si malheureuse, observe le cordelier Jacques de Guyse, que celui qui en veut tracer le tableau ne doit écouter que sa conscience et son zèle pour la justice et la vérité.» Les fils de Bouchard d'Avesnes avaient adressé leurs réclamations à l'empereur Frédéric II, que la guerre de Liége avait irrité contre le comte de Flandre, et dès le mois de mars 1242 (v. st.) une sentence solennelle avait proclamé la légitimité de leur naissance. C'était en vertu de cette déclaration que Jean d'Avesnes demandait à pouvoir intervenir dans l'hommage de sa mère comme héritier de tous ses domaines. Cette discussion était pleine de doutes et d'incertitudes. Si Marguerite de Flandre s'était unie de bonne foi à Bouchard d'Avesnes, ignorant qu'il fût sous-diacre, Guillaume de Dampierre ne l'avait également épousée que parce qu'il considérait son premier mariage comme nul et sans effet. Les fils du sire d'Avesnes s'appuyaient, il est vrai, sur une sentence de l'empereur; mais ceux du sire de Dampierre leur opposaient trois bulles pontificales. Cependant la Flandre avait accepté la dynastie des Dampierre, tandis que le Hainaut persistait à la repousser.
Telle était la situation des choses, lorsque le roi de France obtint de tous les fils de Marguerite qu'ils adhérassent à un compromis par lequel ils choisissaient Louis IX et l'évêque de Tusculum pour arbitres, les autorisant à former deux parts différentes dans l'héritage de Baudouin de Constantinople.
Comme il était aisé de le prévoir, la sentence arbitrale, prononcée au mois de juillet 1246, attribua le Hainaut à Jean d'Avesnes, et la Flandre avec toutes ses dépendances à Guillaume de Dampierre. Les fils de Marguerite promirent de la respecter. Guillaume de Dampierre rendit immédiatement hommage au roi de France; mais Jean d'Avesnes, qui avait épousé, vers le mois de décembre 1246, Alix de Hollande, ne releva son fief de l'évêque de Liége, Henri de Gueldre, que le 26 septembre 1247.
Or, trois jours après, le 29 septembre, le comte Guillaume de Hollande, dont Jean d'Avesnes avait épousé la sœur, fut élu, à Woeringen, roi des Romains par dix-huit princes de l'empire. Jean d'Avesnes, qui trouvait en lui un protecteur puissant, ne tarda point à réclamer les îles de Walcheren, de Zud-Beveland, de Nord-Beveland, de Borssele et les autres îles de la Zélande, le pays des Quatre-Métiers, le pays de Waes et la terre d'Alost, ajoutant que le roi Louis IX n'avait pu accorder à Guillaume de Dampierre, comme dépendances de la Flandre, ces domaines qui ne relevaient pas de la France, mais de l'empire. Le roi des Romains profita des dissensions qui existaient entre la Flandre et la Hollande pour réunir une armée qui débarqua aux bords de l'Escaut et soumit rapidement toute la Flandre impériale. Elle se trouvait près de Termonde, sous les ordres de Jean d'Avesnes, lorsqu'elle surprit, au point du jour, les barons de Flandre qui s'avançaient pour l'attaquer et les réduisit à une fuite honteuse.
La médiation de Louis IX devint de nouveau nécessaire. Le roi de France, considérant que les termes du compromis en vertu duquel il avait exercé son arbitrage étaient absolus, obligea Jean d'Avesnes à renoncer à toutes ses conquêtes. Pour rétablir la paix, il avait fait ratifier par Marguerite et Guillaume de Hollande le traité conclu à Bruges le 27 février 1169 (v. st.). Florent, frère du comte de Hollande, reconnut dans les termes les plus précis les droits de la Flandre sur les îles de la Zélande, et promit d'aller, en forme d'amende honorable, se remettre au pouvoir de la comtesse de Flandre, jusqu'à ce que le duc de Brabant intercédât pour qu'il fût rendu à la liberté.
Cependant Jean d'Avesnes et son frère suppliaient le roi Louis IX de réhabiliter l'honneur de leur nom en confirmant la sentence impériale du mois de mars 1252. Le roi de France croyait que cette question appartenait à l'autorité ecclésiastique; mais il n'est point douteux que ses démarches auprès du pape, qui se trouvait alors à Lyon, n'aient contribué à préparer la bulle pontificale du 9 décembre 1248. Innocent IV y chargeait l'évêque de Châlons et l'abbé du Saint-Sépulcre à Cambray de procéder à une enquête sur la naissance de Jean et de Baudouin d'Avesnes, «attendu que toutes les recherches faites jusqu'à cette époque n'avaient produit aucun résultat.» Ce fut en vertu de cette bulle que l'évêque de Châlons et l'abbé du Saint-Sépulcre assignèrent, au mois de juillet 1249, tous les témoins pour qu'ils s'assemblassent, le 30 août suivant, dans la cathédrale de Soissons.
Là comparurent Gauthier de Pantegnies, qui déclara qu'il était âgé d'environ cent ans et qu'il avait entendu Marguerite, vingt-sept fois et plus, reconnaître Bouchard pour son époux; Gilles de Hautmont, qui déposa que déjà, à la fin du règne de Marguerite d'Alsace, Bouchard prenait part aux combats et aux tournois sans que l'on y connût le moindre empêchement; Roger de Novion, dont le frère avait officié dans la chapelle du Quesnoy; Thierri de la Hamaide, qui, lors de la captivité de Bouchard, avait été l'un de ses otages; Henri d'Houffalize, qui rappela que les deux fils du sire d'Avesnes étaient nés dans l'asile hospitalier que son père lui avait accordé sur les bords de la Meuse. Enfin, le 24 novembre 1249, l'évêque de Châlons et l'abbé de Liessies, délégué par l'abbé du Saint-Sépulcre, jugeant qu'il y avait des preuves suffisantes des faits allégués par Jean et Baudouin d'Avesnes, proclamèrent, après avoir pris l'avis des jurisconsultes, la légitimité de leur naissance.