Dès ce moment tout change: la fortune de Gui de Dampierre s'ébranle et s'abaisse; à la paix succèdent les discordes et les guerres.
Philippe le Bel devait représenter, au treizième siècle, les tendances les plus mauvaises de la royauté absolue. Il avait résolu que le roi gouvernerait seul le royaume, et que, dans les domaines de ses vassaux, rien ne se ferait sans son assentiment. Il alla chercher dans la lie des courtisans Pierre Flotte, les frères le Portier, qui s'intitulèrent seigneurs de Marigny, Nogaret, l'un des juges-mages de Nîmes, Plasian, petits-fils d'un hérétique albigeois, dont il fit ses ministres; et ce fut avec le concours de ces chevaliers ès lois, comme ils s'appelaient eux-mêmes, qu'il aborda l'accomplissement de son œuvre. La Flandre se présenta la première à ses regards; ses princes étaient l'appui le plus solide de l'influence des grands vassaux, et il avait compris qu'à l'ombre de leur autorité se cachait l'élément non moins redoutable de la puissance des communes. Les divisions que Gui avait excitées si imprudemment dans les principales cités semblaient lui offrir l'occasion de détruire à la fois le pouvoir des comtes et la prospérité des bourgeois, en encourageant leurs haines mutuelles: tous les efforts de Philippe le Bel tendront à atteindre ce but.
Dès les premiers jours de son règne, il exige que Gui de Dampierre jure l'observation du traité de Melun, et cela ne lui suffit point: il veut que les chevaliers et les communes de Flandre prêtent le même serment, comme si les règnes de Louis IX et de Philippe III n'avaient déjà point effacé les tristes souvenirs de la captivité de Ferdinand. Ces prétentions soulèvent une longue opposition en Flandre, enfin elles triomphent: et dans une assemblée solennelle tenue à Bergues, les députés du roi, Jacques de Boulogne et Nicolas de Molaines, reçoivent les engagements des bourgeois et des nobles: il n'est point permis à la Flandre d'oublier que sa liberté ne lui appartient plus.
Si le roi de France établit manifestement l'existence de ses droits sur la Flandre, ce n'est point afin de s'attribuer, comme son pieux aïeul, le soin d'y maintenir la paix. N'est-il pas conforme aux intérêts de sa politique que la maison d'Avesnes renouvelle ses interminables luttes avec la maison de Dampierre? L'arbitrage des évêques de Metz et de Liége n'avait produit aucun résultat; le roi des Romains ratifia à l'assemblée de Wurtzbourg la sentence qui accordait aux fils de Bouchard d'Avesnes toutes les terres situées au nord et à l'est de l'Escaut, et le 7 avril 1286 (v. st.), l'évêque de Tusculum somma le comte de Flandre d'y obéir sous peine d'excommunication. Cependant, dès le 10 mai 1287, Gui de Dampierre fit publier, au château de Male, une protestation où il rappelait que les comtes de Flandre ses aïeux avaient joui, dans tous les temps et sans opposition, des terres d'Alost, de Grammont, des Quatre-Métiers et de Waes, ainsi que des îles de Walcheren, de Beveland, de Borssele et des autres îles de la Zélande, et interjetait appel au pape.
Gui n'avait point cessé de conserver la possession des pays situés à l'est de l'Escaut. Il avait aussi exercé paisiblement ses droits sur les îles de la Zélande. La souveraineté des comtes de Flandre sur toutes les terres situées entre l'Escaut et Hedinzee, formellement reconnue par le traité du 27 février 1167 (v. st.), avait été confirmée de nouveau en 1256, lorsque Marguerite, en cédant les îles de la Zélande à Florent de Hollande, s'en réserva expressément l'hommage. Pendant longtemps, l'alliance de la Hollande et de la Flandre parut stable et sincère. Cependant, quelques années plus tard, des dissensions fondées sur des jalousies commerciales se manifestèrent. Le roi Édouard Ier, considérant les sentiments hostiles que Marguerite et Gui avaient montrés à plusieurs reprises, transporta à Dordrecht l'étape, c'est-à-dire le dépôt de toutes les marchandises anglaises, quoiqu'il avouât lui-même que «ni les portz, ni les arrivages de Hollande, ne sont mie si bons, ne si connus des mariners come ceux de Flandres.» Les bourgeois flamands virent avec indignation les priviléges accordés aux marchands zélandais, et Gui s'associa à leurs sentiments. A cette époque, la plupart des nobles de Zélande, que le comte Florent poursuivait de ses exactions et de ses violences, avaient formé un complot pour le renverser, et ils saisirent avec empressement le prétexte de recourir à l'autorité de leur chef-seigneur pour donner à leurs démarches l'apparence de la légitimité en même temps qu'ils fortifiaient leur faction. Jean de Renesse, Thierri de Brederode, Wulfart, Florent et Rasse de Borssele, Hugues de Cruninghe et d'autres chevaliers ne tardèrent point à engager le comte de Flandre à envoyer une armée dans l'île de Walcheren; peut-être Gui se souvenait-il que Florent de Hollande avait été l'un des vainqueurs de West-Capelle, et espérait-il réparer sa honte sur les rivages qui en avaient été les témoins. Middelbourg, où s'était réfugiée la comtesse de Hollande, fut assiégé par les hommes d'armes de son père, et Florent s'étant avancé jusqu'à Biervliet, où il devait avoir une entrevue avec Gui, y fut retenu prisonnier, puis conduit à Gand.
Cependant la paix fut conclue presque aussitôt, grâce à la médiation du duc de Brabant; Florent V se reconnut vassal du comte de Flandre pour les îles de la Zélande, et lui remit l'arbitrage de tous les différends qui existaient entre les nobles confédérés et lui. Gui de Dampierre allait cesser de combattre l'influence anglaise: le 6 avril 1292, il avait obtenu un sauf-conduit pour aller à Londres, et le 8 mai suivant, il signa un traité où il rappelait «qu'il s'était rendu en personne près du roi Edouard pour apaiser toutes les discordes et rétablir la paix.» Six années s'étaient à peine écoulées depuis l'avénement de Philippe le Bel, lorsque le pupille des héros de Bouvines se vit réduit à s'allier au petit-fils de Jean sans Terre.
Philippe le Bel poursuivait activement l'accomplissement de la tâche que l'impopularité de Gui de Dampierre rendait plus aisée. Il voulait réduire le comte de Flandre à être le docile instrument de ses ordres, et lorsque l'exécution de ses ordres mêmes aurait rendu son autorité plus sévère, persuader au peuple que le roi de France était son unique protecteur et renverser le comte de Flandre. Dès 1287, Philippe le Bel intervient dans les querelles des magistrats de Gand et du comte de Flandre pour soutenir les Trente-Neuf. Deux ans plus tard, il envoie le prévôt de Saint-Quentin à Gand, et, afin qu'il puisse prendre connaissance de la situation de toutes les affaires, il exige qu'elles soient traitées en langue française. Par d'autres ordonnances, il déclare que les biens des Gantois ne pourront point être saisis pour délit de désobéissance vis-à-vis du comte, sans l'assentiment du roi, et s'attribue le droit de recevoir tous les appels.
Ce n'est pas assez que Philippe le Bel ébranle l'autorité du comte de Flandre: il a recours à d'autres moyens pour l'appauvrir et le ruiner. En élevant la valeur des monnaies royales, il arrête la circulation des monnaies du comte dont l'alliage est le même; puis il s'empare en Flandre, sous je ne sais quel prétexte de croisade en Orient, de tous les legs pieux; enfin, après y avoir fait arrêter tous les marchands lombards sans que Gui ait part à leurs dépouilles, il s'allie aux argentiers d'Arras dont l'usure n'est pas moins criante que celle des Lombards. Le plus célèbre d'entre eux, Jaquemon Garet dit le Louchard, issu d'une famille de Juifs de Hongrie, n'est en 1289 que sergent du roi, mais déjà il possède des armoiries qui ne sont autres que les fleurs de lis royales; un an après, il est panetier de la cour de France. Tel est l'orgueil de cet homme qu'en 1288 il oblige les magistrats de Bruges à lui faire élever une statue dans l'église de Saint-Donat. Philippe le Bel le protége sans cesse, afin que les créances de Louchard deviennent entre ses mains un moyen d'étendre son influence sur ses débiteurs, c'est-à-dire sur le comte et sur les villes de Flandre.
Gui se trouvait en France, où il s'était rendu pour répondre à l'assignation d'un chevalier de Bourgogne, nommé Guillaume de Montaigu, lorsque l'aîné de ses fils, Robert de Béthune, dont le caractère énergique s'était déjà signalé dans les guerres d'Italie, crut pouvoir sauver la Flandre et l'autorité de son père des piéges que l'habileté de Philippe le Bel avait tendus de toutes parts. Il accourut à Gand, et là il proposa aux Trente-Neuf et aux bourgeois une réconciliation sincère et l'oubli réciproque de tous leurs différends, qui furent, à sa demande, soumis à l'arbitrage des échevins de Saint-Omer. Quelque humiliant que fût le jugement de ces longs démêlés, où toutes les exactions du comte furent successivement rappelées et condamnées, Gui le confirma à son retour et promit de l'exécuter. En même temps il permit aux bourgeois de Gand, de Bruges et d'Ypres, de fortifier leurs remparts. Il n'ignorait point que, par ces mesures, il violait les dispositions de la paix de Melun; mais peu lui importait d'être coupable, si les bourgeois étaient ses complices: le ressentiment de Philippe le Bel ne pouvait que les réunir dans une même alliance pour défendre leurs intérêts communs contre le roi de France.
Philippe le Bel était trop habile: il dissimula et feignit d'ignorer les atteintes portées au traité du 12 avril 1225. Son langage, naguère si menaçant, était devenu doux et affectueux: il semblait ne chercher qu'à convaincre Gui de Dampierre que, malgré leurs longues contestations, l'autorité du roi était toujours la protection la plus assurée de la sienne, et qu'il avait écouté de mauvais conseils en reconnaissant aux villes flamandes le droit de juger mutuellement les différends qu'elles auraient avec lui. Gui le crut trop aisément, et un arrêt de la cour du roi cassa la sentence arbitrale des magistrats de Saint-Omer.