Une rumeur populaire, propagée avec soin, accusait les Templiers d'avoir été les complices des victoires de Salah-Eddin et des revers de saint Louis, mais bientôt, comme si ces bruits n'agissaient point assez fortement sur le peuple, on ajouta qu'ils égorgeaient les enfants nouveau-nés pour mêler leurs cendres à leur breuvage, et qu'ils adoraient solennellement une idole dont la tête avait trois faces et portait une longue barbe d'or.
Clément V avait pris possession du trône pontifical qu'il devait au roi de France. Il venait de confirmer le traité d'Athies, en faisant un grand éloge du zèle et de l'affection que le comte de Flandre montrait à l'égard du roi; et en maintenant à l'archevêque de Reims et à l'abbé de Saint-Denis le droit d'excommunier les Flamands, il avait approuvé cette clause spéciale et exceptionnelle que les censures ecclésiastiques ne pourraient être levées qu'à la requête du roi. Ce fut à Clément V que Philippe le Bel s'adressa pour obtenir l'abolition de l'ordre des Templiers, c'est-à-dire pour s'efforcer de lui imposer un jugement inique après la plus scandaleuse de toutes les procédures. Le pape promit d'interroger le grand-maître de l'ordre du Temple et le grand-maître des hospitaliers, qui résidaient alors l'un dans l'île de Chypre, l'autre à Rhodes; il se trompait en espérant calmer ainsi l'impatience du roi.
Le grand-maître de l'ordre du Temple, Jacques de Molay, avait quitté l'Orient pour répondre à l'appel du pape: il se rendit aussitôt à Poitiers, et il lui fut aisé de se justifier: c'était au douzième siècle, au temps de Salah-Eddin, que les évêques et les historiens avaient rendu le plus pompeux témoignage de l'héroïsme et de la piété des Templiers; à la bataille de Mansourah, ils avaient combattu à l'avant-garde, et quelques années à peine s'étaient écoulées depuis que le grand-maître Guillaume de Beaujeu s'était enseveli avec tous ses compagnons sous les ruines de Ptolémaïde. Jacques de Molay lui-même avait naguère proposé de prêcher une nouvelle croisade; cependant s'il s'excusa devant Clément V, il devint de plus en plus coupable aux yeux du roi; car il revenait d'outre-mer avec cent cinquante mille florins d'or et dix charges d'argent telles qu'en pouvaient porter des bêtes de somme.
La tentation était trop forte: Philippe le Bel n'y résista pas. Mécontent de la modération du pape, il résolut de commencer lui-même violemment la procédure pour le forcer ensuite à la poursuivre: des lettres secrètes furent adressées à tous les baillis et sénéchaux du roi, afin que le même jour et à la même heure les Templiers fassent arrêtés dans toute l'étendue du royaume. Il leur était expressément recommandé de saisir tous leurs biens meubles et immeubles, et de les conserver fidèlement pour les remettre en la main du roi.
On prétend que, dès l'année précédente, le roi de France avait instruit le comte de Flandre de ses desseins secrets. Si Philippe le Bel trouvait parmi les hommes du midi ses ministres les plus dociles, l'ordre du Temple s'appuyait au contraire sur la France septentrionale, et ses chevaliers étaient d'autant plus respectés dans les Etats de Robert de Béthune qu'ils s'étaient ralliés aux communes à la journée de Courtray. C'était d'ailleurs dans la patrie des premiers croisés que l'ordre du Temple retrouvait les souvenirs de son origine. Geoffroy de Saint-Omer et plusieurs autres de ceux qui le fondèrent appartenaient par leur naissance à la Flandre. Geoffroy de Saint-Omer possédait à Ypres un vaste enclos qu'il donna aux «pauvres frères de la milice du temple de Salomon.» Ce fut le berceau de l'ordre du Temple en Europe. En 1225, Jeanne de Flandre reconnut que tous ceux qui relevaient de la maison du Temple à Ypres étaient étrangers à sa juridiction. Une autre charte de la même année porte que les Templiers ne pouvaient être soumis à aucun impôt, que deux échevins de la ville d'Ypres seraient spécialement chargés de s'occuper des griefs qu'ils auraient à exposer, et que toutes les amendes seraient partagées en quatre parts dont trois seraient dévolues aux Templiers. Leur puissance dans nos provinces était si vaste qu'ils avaient reçu pendant quelque temps la garde du comté de Namur. Tandis que le duc Godefroi de Brabant leur accordait la moitié, le tiers ou le quart du droit de relief que lui payaient ses vassaux, Philippe d'Alsace disposait des dîmes de Slype, de Leffinghe et des villages voisins en faveur du maître de Flandre, Baudouin de Lidenghem. Gui de Dampierre avait fait d'autres dons à frère Pierre Uutenzacke, «commandeur de Flandre del ordene de le chevalerie dou Temple.»
Le 12 octobre, Jacques de Molay avait été chargé par le roi de porter le poêle de sa belle-sœur l'impératrice de Constantinople. Le lendemain, c'est-à-dire le vendredi 13 octobre 1307, à l'aube du jour, il est arrêté et conduit à Corbeil; et le même ordre est exécuté dans toute la France, partout où domine l'autorité de Philippe le Bel, à Ypres comme à Paris. D'anciennes traditions populaires racontent qu'en Flandre on vint au milieu de la nuit frapper à la porte des nombreux châteaux habités par les Templiers, et qu'ils furent impitoyablement égorgés. La légende s'est trop hâtée de les faire périr: c'est à l'histoire qu'il appartient de rappeler d'abord leur longue et cruelle captivité.
L'étonnement du pape fut extrême en apprenant que le roi avait osé usurper les attributions de l'autorité ecclésiastique, et porter une main sacrilége sur les biens d'un ordre religieux: il suspendit les juges ordinaires; mais le roi protesta qu'il n'avait pas l'intention d'agir comme accusateur, mais seulement comme champion de la foi et comme défenseur de l'Eglise: il avait résolu de faire intervenir le peuple contre les Templiers, de même qu'il l'avait excité à le soutenir en 1303 contre Boniface VIII, et il convoqua sans délai «les nobles et non nobles» pour recevoir leur conseil sur ce qu'il convenait de faire des Templiers.
Le 26 mars 1307 (v. st.), le roi annonça à Robert de Béthune qu'une assemblée se tiendrait à Tours trois semaines après les fêtes de Pâques pour s'occuper des mesures à prendre contre l'abominable hérésie des Templiers. Le même jour, le roi de France adressa à toutes les villes du royaume une autre lettre, où, en les invitant également à y envoyer leurs députés, il s'étendait sur les blasphèmes et les infamies des Templiers, souffle maudit qui ébranlait et le ciel et la terre, et contre lequel se soulevaient à la fois non-seulement les armes et les lois, mais les animaux eux-mêmes et jusqu'aux éléments de la nature troublés dans leur cours.
Robert de Béthune avait chargé l'aîné de ses fils, Louis, qui avait déjà hérité de sa mère le comté de Nevers, de le représenter à l'assemblée de Tours. Le jeune prince fut l'un de ceux qui se portèrent accusateurs des Templiers; il assista à ces délibérations violentes, non moins menaçantes pour le pape que pour Jacques de Molay, où le roi se faisait dire par ses ministres «que Moïse avait tiré le glaive contre les adorateurs du veau d'or, sans consulter le grand prêtre Aaron, et que le roi très-chrétien possédait le même droit, même vis-à-vis du clergé, si le clergé soutenait les hérétiques.» Philippe le Bel, aisément persuadé par ces discours, se dirigea vers Poitiers, suivi de toute une armée. Douze jours après, Clément V publia un manifeste dans lequel, à la prière du roi, il vantait pompeusement sa générosité et son désintéressement. Il avait déjà levé la suspension des juges ordinaires, et alla même jusqu'à décider que leur enquête aurait lieu dans le diocèse de Sens: l'archevêque de Sens était frère d'Enguerrand de Marigny et l'un des courtisans les plus dévoués du roi.
Au milieu de cette agitation, les députés des communes flamandes réitéraient près du roi leurs protestations contre le traité d'Athies. Il y avait eu des conférences à Beauvais; il y en eut d'autres à Paris; enfin les ambassadeurs flamands (l'un d'eux était Jean Breydel) suivirent le roi à Poitiers: le 28 mars 1307 (v. st.), c'est-à-dire deux jours après les lettres de convocation de l'assemblée de Tours, Philippe le Bel avait déclaré que ses notaires s'étaient trompés, comme le prétendaient les Flamands, dans la désignation des livres tournois mentionnées dans les derniers traités, et qu'au lieu de «monnaie peu forte,» il fallait lire «monnaie faible;» différence importante à une époque où la falsification des monnaies comptait tant de degrés. Il avait voulu par cette concession faciliter en Flandre l'adoption des mesures qu'il préparait contre les Templiers. Mais lorsqu'il eut vu le succès de ses ruses assuré à Poitiers comme à Tours, il se montra de nouveau plus sévère. On disait qu'il avait gagné à ses intérêts Jean de Gavre et Gérard de Sotteghem. Jean de Cuyk ne vivait plus, et Gérard de Moor avait quitté la France, parce qu'il prévoyait que toutes les négociations seraient funestes à sa patrie.