De là, toute une série de conséquences qui rendirent rationnelle la classification des minéraux jusqu’alors difficile et arbitraire. Le modeste savant, présenté à l’Académie des sciences par Laplace et Daubanton, développa son système devant l’assemblée, qui, appréciant tout le mérite de sa découverte, l’admit d’emblée dans son sein. Haüy qui, après vingt années de professorat au collége Lemoine, avait droit à sa retraite, n’hésita pas à la prendre pour se consacrer exclusivement aux sciences. Mais peu s’en fallut que la Révolution ne vînt l’arrêter au milieu de ses graves études et qu’on ne le comptât au nombre des victimes de la Terreur. Arrêté pour avoir refusé le serment que condamnait sa conscience, il fut enfermé dans la prison de Saint-Firmin d’où il sortit heureusement, après une assez courte détention, grâce aux efforts courageux de son élève Geoffroy Saint-Hilaire. Tout occupé de ses recherches scientifiques, Haüy ne pouvait croire d’ailleurs au péril dont on le menaçait: «Cellule pour cellule, a dit Cuvier[6], il n’y trouvait pas trop de différence; tranquillisé surtout en se voyant au milieu de beaucoup d’amis, il ne prit d’autre soin que de se faire apporter ses tiroirs et de tâcher de remettre ses cristaux en ordre.»
Aussi lorsque, le 13 août, Geoffroy Saint-Hilaire, muni de l’ordre de mise en liberté, vint pour le faire sortir, le savant répondit doucement:
—Il est trop tard pour aujourd’hui; remettons, mon cher ami, à demain matin; au moins j’aurai la messe avant de quitter la maison.
Et le lendemain, il fallut presque l’entraîner par force, sans doute parce qu’on ne pouvait déménager immédiatement tous ses tiroirs. Quinze jours après, avaient lieu les massacres de septembre, et Haüy comprit enfin que le danger n’était que trop sérieux.
Grâce au certificat de civisme qui lui fut délivré, toujours par l’entremise de Geoffroy Saint-Hilaire, il put échapper à de nouveaux périls. Membre de l’Institut sous le Directoire, et plus tard appelé à la chaire de minéralogie du Muséum d’histoire naturelle, en remplacement de Dolomieu, il fut, lors du rétablissement en France du culte catholique, nommé chanoine de Notre-Dame, puis chevalier de la Légion-d’Honneur par Napoléon, qui le tenait en grande estime comme homme et comme savant. En récompense d’un Traité de physique pour les colléges, que le premier consul lui avait demandé et qui fut rédigé et imprimé en quelques mois, il reçut une pension de 6,000 francs, en outre d’un emploi pour le mari de sa nièce.
En 1815, lors d’une visite que l’Empereur fit au Muséum d’histoire naturelle, il témoigna sa satisfaction de revoir notre savant, et lui dit: «Monsieur Haüy, j’ai emporté votre Physique à l’île d’Elbe, et je l’ai relue avec le plus grand intérêt. Je vous ai nommé officier de la Légion-d’Honneur.»
Un autre jour, remarquant l’absence du vénérable membre de l’Institut et apprenant que sa mauvaise santé en était cause, il dit avec vivacité à ses médecins: «Allons, messieurs, il faut guérir M. Haüy; il est des hommes qu’on ne remplace pas.»
Sous la Restauration, Haüy se vit retirer sa pension de 6,000 fr., qui ne pouvait, d’après de nouveaux règlements, se cumuler avec le traitement d’activité. Dans le même temps, par suite des réformes résultant des économies imposées par les circonstances, son neveu perdit son emploi au ministère des finances et retomba nécessairement à sa charge avec sa famille. Son frère, âgé et infirme, lui arrivait en même temps de Saint-Pétersbourg. Aussi, plus d’une fois il eut à souffrir de la gêne dans le temps même où les personnages les plus illustres de l’Europe: le roi de Prusse, l’empereur François-Joseph, les princes russes, s’empressaient pour lui faire visite et admirer sa magnifique collection de cristaux malheureusement depuis sa mort passée en Angleterre. Le prince royal de Danemark, assidu à ses leçons, avait conçu pour lui une telle vénération que, lorsque Haüy tomba malade, il ne laissait point passer un jour sans le visiter. L’illustre maître semblait convalescent lorsqu’une chute, faite dans la chambre même, détermina de nouveaux et graves accidents qui se terminèrent par la mort (3 juin 1822). «En proie à des douleurs atroces, dit M. de Chantigny, il n’interrompit ni ses exercices de piété, ni le travail nécessaire à une nouvelle édition de son Traité de minéralogie; il ne se montra inquiet que de l’avenir de ses collaborateurs.»
C’était bien là l’homme dont un autre biographe a dit: «Ses devoirs religieux, des recherches profondes suivies sans relâche et des actes continuels de bienveillance occupaient toutes ses journées. Aussi tolérant que pieux, jamais l’opinion des autres n’influa sur sa conduite envers eux, et d’un autre côté, jamais les hautes spéculations auxquelles il se livrait, ne le détournèrent d’aucune pratique prescrite par le rituel. Par la nature de ses recherches, les pierreries les plus précieuses de l’Europe ont passé entre ses mains, et, dans son profond désintéressement, il n’y a jamais vu que des cristaux.»
En tant que savant, Cuvier si compétent, l’apprécie en ces termes: «Comme on a dit avec raison qu’il n’y aura plus un autre Newton, parce qu’il n’y a pas un second système du monde; on peut aussi, dans une sphère plus restreinte, dire qu’il n’y aura point un autre Haüy, parce qu’il n’y aura pas une deuxième structure des cristaux.»