Jusqu’à l’époque carolingienne, la Corse fit partie officiellement de l’Empire byzantin. Rattachée pour l’administration politique et ecclésiastique à la Sardaigne, elle semble avoir été soumise à l’autorité particulière d’un cinarque (Κυρνου αρχων, archonte ou juge de Corse—ou συναρχων, archonte-adjoint), sous la haute surveillance de l’archonte de Sardaigne ou du tétrarque d’Italie.
Si l’on en croit les lettres de saint Grégoire le Grand, la tyrannie exercée par les fonctionnaires de Byzance sur les pays italiens, et particulièrement la Corse, dépassa toute mesure. Quiconque détient un commandement veut renforcer son autorité administrative d’une fortune territoriale qu’il accroît par les moyens les plus éhontés. Les charges et les honneurs sont vendus à qui les peut acquérir; ce sont généralement de vains titres empruntés aux hiérarchies en usage à Byzance; groupés sous le nom générique de consules, ces dignitaires revêtus de charges auliques, sont les plus gros propriétaires indigènes; les autres, plus ambitieux, achètent les fonctions locales et entrent dans les cadres administratifs de l’empire, ce sont les juges ou αρχοντες. Pour payer les faveurs dont ils sont l’objet, ils sont autorisés à lever les taxes les plus arbitraires, et ces catégories diverses de tyrans réduisent les Corses à une misère telle que, pour acquitter leurs impôts, ceux-ci sont contraints, dit saint Grégoire, de vendre leurs propres enfants. Ces magistrats, byzantins ou indigènes, autorisent les païens à exercer leurs rites moyennant finances. La détresse est à son comble; et l’exaspération populaire, longtemps contenue, éclate enfin. A Ravenne, à Naples, à Rome des soulèvements se produisent; de certains points de la Corse les habitants s’enfuient auprès des Lombards dont la barbarie païenne leur paraît préférable à l’oppression de leurs coreligionnaires d’Orient.
Les origines du Pouvoir temporel.—C’est dans ce milieu favorable que naît et se développe lentement mais sûrement le Pouvoir temporel.
Aux IVᵉ, Vᵉ, VIᵉ siècles, les empereurs avaient doté l’Église romaine de biens situés sur différents points des pays italiens, notamment de la Corse. Ces fonds de terre ou massæ constituaient dans leur ensemble une circonscription dite patrimoine. En Corse, un agent ecclésiastique appelé défenseur ou notaire est préposé par le pape à la régie de ces biens, constamment accrus par la libéralité des souverains et des fidèles. L’administration des massæ est entre les mains des conductores, ou fermiers à bail. «Sans doute, sur ces terres, dit M. Diehl, l’évêque de Rome n’exerce d’autres droits que ceux d’un propriétaire soumis comme tout autre aux lois de l’État; mais, par l’immense revenu qu’il en retirait et l’usage charitable qu’il en faisait, il acquérait une influence toujours croissante; par les intendants qu’il entretenait, il faisait sentir bien au delà du patrimoine son action et son contrôle.» En effet, en étendant la compétence des défenseurs et des notaires, en leur attribuant la haute surveillance du clergé et des évêques, saint Grégoire jeta les fondements du pouvoir temporel.
En Corse, l’action du pape est constante: ses lettres non seulement nous dépeignent l’état lamentable de l’île, mais encore y cherchent un remède. Il en appelle à l’empereur des exactions qui sont commises par ses officiers. Par lui, le patrice d’Afrique, Gennadius, est invité à veiller à la sûreté du pays que menacent des invasions d’infidèles. Un gouverneur de la Corse, le tribun Anastase, «qui avait su gagner les cœurs par la sagesse de son administration», est signalé au tétrarque comme utile au pays. A Boniface, défenseur de la Corse, il reproche de ne pas hâter l’élection des évêques; il lui recommande de protéger les pauvres et de ne pas permettre qu’un «évêque soit traduit devant les tribunaux laïques»: c’est là une affirmation d’indépendance à l’égard des empereurs et de patronage vis-à-vis des peuples disposés déjà à courir au-devant de cette autorité paternelle et bienfaisante.
Telle est l’origine des droits si contestés du Saint-Siège sur la Corse. Les invasions des Lombards et les incursions sarrasines donnèrent aux papes l’occasion d’en revendiquer la possession. En 753, Etienne II appelant à son aide Pépin le Bref contre les Lombards, lui demande de lui faire restituer ses patrimoines, et le roi franc s’engage à Kiercy à donner la Corse au Saint-Siège. Une lettre de Léon III, en 808, nous apprend que Charlemagne avait renouvelé l’engagement pris par son père.
Longtemps mise en doute par les historiens, la promesse de Pépin a triomphé à peu près définitivement des raisons qui la faisaient contester et le pouvoir temporel des papes en Corse dès l’époque carolingienne semble prouvé. Il était d’ailleurs d’autant plus facile aux papes de revendiquer la Corse que les Carolingiens ne l’avaient pas incorporée à leurs Etats, mais l’avaient considérée comme un poste avancé pour tenir les Sarrasins loin du continent. Le titre même de défenseur de la Corse porté par les commandants des marches de Toscane, semble constituer une fonction qui ne pouvait être conférée que par l’autorité du pontife.
Plus tard (1077), Grégoire VII rappellera aux Corses et aux Génois que la suzeraineté de l’île appartient au Saint-Siège; ce grand pontife dont le but sera de réformer la chrétienté, échouera dans ses vues sur la Corse où il semblera servir des ambitions plutôt que des consciences. Après avoir mis aux prises les Génois, les Pisans et les Aragonais, le Saint-Siège ne pourra jamais, malgré la constance de ses revendications disposer de la Corse, et les princes à qui il l’inféodera ne parviendront jamais à en prendre possession.
Incursions sarrasines.—En 704, les Maures ravagent les côtes de la Corse. Au IXᵉ siècle, leurs incursions deviennent périodiques: en 806, ils quittent la Corse, fuyant devant la flotte de Pépin, roi d’Italie; en 807, ils pillent une ville du littoral; Charlemagne envoie contre eux le connétable Burchard qui leur prend treize bateaux; en 808, 809, nouvelles incursions; en 813, Ermengard, comte d’Ampurias, défait la flotte sarrasine à Majorque et délivre cinq cents Corses captifs; en 825, une nouvelle expédition est décidée par l’empereur Lothaire: le comte Bonifacio et son fils Adalbert (844) sont tour à tour chargés de la défense de la Corse. En 852, les Corses s’enfuient en masse à Rome. Revenus à la fin du IXᵉ siècle, les Maures n’abandonnèrent les îles de Corse et de Sardaigne qu’après la défaite de Mugahid (1014), contre qui les communes et les seigneurs italiens se sont coalisés. C’est sur cette victoire qui porte un coup décisif au fléau mauresque en Italie que Pisans et Génois basent leurs prétentions traditionnelles à la possession de la Corse: l’origine de ces prétentions sera précisée plus loin.
Quelque nombreuses qu’aient été les descentes des Sarrasins en Corse, quelques traces funestes qu’ait laissées leur passage, les chroniques locales ont exagéré l’importance de leur domination. Le plus autorisé des chroniqueurs arabes, Ibn-el-Athir (1160-1223), ne consacre qu’un seul chapitre à toutes les entreprises des Musulmans sur la Sardaigne, et il affirme que, durant leur séjour, elle était administrée par le Rûm, c’est-à-dire l’élément italien.