Gênes était passée de nouveau sous le protectorat du roi de France (1459). D. Juan, roi d’Aragon, réclamait la Corse à l’indignation des Génois. Un mémoire fut rédigé dans lequel on déclara la demande de D. Juan «très injuste (molto iniqua), aucun roi d’Aragon n’ayant jamais eu la possession de cette île, et les souverains aragonais n’ayant jamais, dans leurs traités avec Gênes, prétendu autre chose que réserver leurs droits sur la Corse». D. Juan ne perdait pas de vue la forteresse de Bonifacio qui représentait pour lui la clef de l’île. L’archevêque de Sassari avait des intelligences dans la ville qu’il tenta de faire révolter par des promesses et par des menaces. Le roi offrait des fiefs en Sardaigne et des pensions de cent à deux cents ducats aux Bonifaciens; mais la population issue de sang génois, resta fidèle.
Giocante di Leca était alors le chef du parti aragonais. D. Juan le gratifia de 60 florins (1461) et mit à sa disposition une galère et des troupes. Giocante, ainsi que Polo della Rocca, également bien traité, se réservant de faire tourner au moment opportun les événements à leur profit, s’intéressèrent au mouvement que les réfugiés corses de Sarzane et de Rome préparaient d’accord avec les Fregosi.
Vincentello d’Istria n’avait point pardonné à l’Office de San-Giorgio l’assassinat des Cinarchesi, car c’était sur sa parole que ceux-ci s’étaient rendus à l’invitation déloyale d’Antonio Spinola. D’accord avec l’évêque d’Aleria, Ambrogio qui, à son retour en Corse, avait été accueilli, dit la Chronique, «comme un saint ressuscité», il poussa les Fregosi à rétablir leur autorité. Polo della Rocca et Giocante di Leca se joignirent à eux, mais une vilenie de Lodovico di Campo-Fregoso qui tâcha de faire tomber le comte Polo dans un guet-apens divisa les alliés. Dans le désordre de luttes auxquelles chacun prenait part sans en bien entrevoir le résultat, l’Office voyait le nombre de ses ennemis s’accroître chaque jour. Le gouverneur Spinola en mourut de chagrin. Les Fregosi cherchaient un moyen de prendre possession de la Corse sans bourse délier; comme ils négociaient à Sarzane à ce sujet, les Adorni profitèrent de leur absence pour livrer Gênes à Francesco Sforza, duc de Milan. Sous le coup des mêmes influences, la Banque, par acte du 12 juillet 1463, abandonnait la Corse au duc de Milan moyennant une rente de deux mille livres.
Les Milanais en Corse.—En 1464, Francesco Maletta vint prendre possession de la Corse au nom du duc de Milan; Polo della Rocca et les seigneurs de Cap-Corse lui firent leur soumission. Dans une consulte tenue à Biguglia le 24 septembre, le gouvernement milanais fut acclamé.
Deux années s’écoulèrent en paix. En 1467, Giorgio Pagello, commissaire ducal, appela tous les habitants de la Corse à Biguglia, pour y prêter, entre ses mains, serment de fidélité à Galeaz-Maria Sforza, qui avait succédé au duc Francesco son père. Les feudataires de l’Au-delà-des-Monts se rendirent à son invitation, disposés à rendre hommage à son mandataire; mais une querelle qui dégénéra en rixe entre les habitants du Nebbio et les hommes d’armes de la suite des Cinarchesi, coupa court à ces bonnes dispositions. Irrités de ce que Pagello avait, de sa propre autorité, fait punir les coupables, les seigneurs regagnèrent immédiatement leurs châteaux. La guerre devenait inévitable; déjà Giocante di Leca s’était avancé jusqu’à Morosaglia et avait chassé les avant-postes des Milanais; il avait entraîné dans sa cause les seigneurs della Rocca, d’Ornano et de Bozzi, et les caporali de la Terre-de-la-Commune. Pour parer aux événements, les habitants de l’En-deça-des-Monts se réunirent en diète dans la vallée de Morosaglia, et mirent à leur tête, avec le titre de lieutenant du peuple, Sambocuccio d’Alando (1466), neveu de celui qui avait jadis soulevé les communes. Celui-ci envoya des députés au duc de Milan qui remplaça Pagello par Battista Geraldini, d’Amelia (1468). L’empressement que mit le nouveau gouverneur à lancer des agents du fisc dans toutes les directions, faillit lui être fatal. Assiégé dans Matra, Battista d’Amelia ne dut la vie qu’à l’engagement qu’il prit de se retirer à Bastia et de n’en plus sortir. Sambocuccio d’Alando donna sa démission de lieutenant du peuple, et fut remplacé successivement par Giudicello da Gagio, fils de Mariano et Carlo da Casta dont les efforts furent stériles. Il était réservé à Vinciguerra della Rocca d’apaiser les partis et de mettre fin aux troubles; mais lorsqu’il jugea sa mission terminée, il refusa de conserver le pouvoir et se retira dans ses terres (1473). La sagesse de sa conduite lui avait fait donner le surnom d’ami de la justice. Colombano della Rocca lui succéda et, l’année écoulée, remit le pouvoir aux mains de Carlo della Rocca, frère de Vinciguerra, qui prit le titre de défenseur du peuple, en conservant son frère pour lieutenant.
Après trois années de paix (1476), la guerre recommença entre plusieurs branches des Cinarchesi. Carlo et Vinciguerra furent obligés de se retirer dans leur patrimoine, pour le défendre contre les invasions de leurs parents; d’autre part, la mort du duc Galeaz-Maria rendit à Gênes son indépendance.
En 1479, D. Ferdinand II, roi de Castille, venait de décider une expédition en Corse lorsque le soulèvement des Portugais et la mort de l’amiral Juan Villamari arrêtèrent l’exécution de ses projets. Cependant, en Sardaigne, les intrigues continuaient pour arracher Bonifacio aux Génois. Giovanni Peralta, d’origine sarde, prétextant un voyage de commerce, entra en rapports avec quelques chefs corses et intéressa à son but l’évêque d’Ajaccio, Giacomo Mancozo; mais arrêté par les Génois, il fut mis à la torture et condamné à mort. Un Catalan, Leonardo Esteban, poursuivit l’œuvre de Peralta et subit le même sort. Quant à l’évêque d’Ajaccio, sa culpabilité ayant été prouvée, il fut transféré dans la forteresse de Lerici où il semble avoir été mis à mort.
Dernières luttes des feudataires: Gian-Paolo di Leca et Rinuccio della Rocca.—Par l’entremise du secrétaire d’État Cecco Simoneta, Tomasino de Campo-Fregoso avait obtenu de la duchesse de Milan l’investiture du comté de Corse. Pour assurer son pouvoir, il maria son fils Jano à une fille de Gian-Paolo di Leca, l’un des plus puissants Cinarchesi, et donna sa propre fille à Ristoruccio, fils de ce dernier. Après avoir triomphé des quelques caporali qui lui faisaient opposition, en leur allouant des pensions, il construisit l’enceinte de Bastia qui n’avait été jusqu’alors qu’une forteresse flanquée de deux ou trois pauvres habitations, et décida d’y fixer sa résidence; mais sa tyrannie fut telle qu’il jugea bientôt prudent de laisser à Jano le gouvernement de l’île en attendant qu’il pût l’aliéner; pour cela il lui fallait l’autorisation du gouvernement milanais. Dans cette circonstance délicate, il envoya à Milan le Sarzanais Giovanni Bonaparte (ancêtre direct de Napoléon) qui l’avait accompagné en Corse. Le 18 février 1481, celui-ci exposa la requête de Tomasino devant le conseil de régence qui ne voulut rien entendre.
Sur ces entrefaites, Rinuccio di Leca, jaloux du prestige que valait à Gian-Paolo sa double alliance avec les Fregosi, souleva le peuple et offrit la Corse à Appiano IV, seigneur de Piombino, qui envoya immédiatement son frère Gherardo, comte de Montegna. Dans une consulte tenue à Lago-Benedetto, on fit jurer à Gherardo de ne rien entreprendre contre la constitution du pays, et on l’acclama comte de Corse. Pour ne pas tout perdre, les Fregosi vendirent à l’Office de San-Giorgio moyennant deux mille écus d’or leurs droits sur la Corse. Gherardo, après avoir assisté à la défaite de Rinuccio et de ses partisans exterminés par Gian-Paolo, retourna en Italie.
A l’instigation de Jano, qui déplorait son marché avec la Banque, Gian-Paolo di Leca appela les Corses aux armes. Bien que Campo-Fregoso, convaincu de félonie, eût été incarcéré sur le champ, Gian-Paolo continua la lutte et se fit proclamer comte de Corse et de Cinarca, à l’indignation des seigneurs de la Rocca et d’Istria qui arguaient que les comtes avaient toujours été choisis dans leurs maisons. L’Office encouragea leurs protestations et se montra à l’égard des partisans de Gian-Paolo, d’une excessive sévérité. Gian-Paolo se trouva bientôt isolé. Assiégé dans son château de Leca, il dut capituler, s’estimant heureux de pouvoir passer en Sardaigne avec sa famille.