Ce fut alors que le duc Louis le More forma le dessein de faire un nouveau canal pour conduire de l'eau à Milan: Léonard fut chargé de l'exécution de ce projet, et il s'en acquitta avec un succès qui surpassa tout ce qu'on pouvoit attendre. Ce canal est celui qu'on appelle le Canal de Mortesana; sa longueur est de plus de deux cents milles; il passe par la Valteline et par la vallée de Chiavenna, portant jusques sous les murs de Milan les eaux de l'Adda, et avec elles la fertilité dans les campagnes et l'abondance dans la ville, par le commerce du Pô et de la mer.
Léonard eut bien d'autres difficultés à vaincre en faisant ce canal, que celles qu'on avoit rencontrées en travaillant à l'ancien canal qui porte les eaux du Tesin de l'autre côté de la ville, et qui avoit été fait deux cents ans auparavant, du temps de la République; mais malgré tous les obstacles, il trouva moyen de faire monter et descendre des bateaux par-dessus les montagnes et dans les vallées.
Pour exécuter son dessein, Léonard s'étoit retiré à Vaverola, où messieurs Melzi avoient une maison; il y avoit passé quelques années occupé de l'étude de la philosophie et des mathématiques, et il s'étoit fort appliqué aux parties qui pouvoient lui donner des lumières sur l'ouvrage qu'il entreprenoit. A l'étude de la philosophie, il joignit les recherches de l'antiquité et de l'histoire: en l'étudiant il remarqua comment les Ptolomées avoient conduit l'eau du Nil en différens endroits de l'Égypte, et de quelle manière Trajan établit un grand commerce à Nicomédie, en rendant navigables les lacs et les rivières qui sont entre cette ville et la mer.
Après que Léonard eut travaillé pour la commodité de la ville de Milan, il s'occupa par les ordres du duc à l'embellir et à l'orner de ses peintures. Le prince lui proposa de faire un tableau de la Cène de Notre-Seigneur pour le réfectoire des Dominicains de Notre-Dame de la Grace. Léonard se surpassa lui-même dans cet ouvrage, où l'on voit toutes les beautés de son art répandues d'une manière qui surprend; le dessin est grand et correct, l'expression belle et noble, le coloris charmant et précieux, les airs de têtes y sont bien variés: on admire sur-tout les têtes des deux saints Jacques; car celle du Christ n'est point achevée. Léonard avoit une si haute idée de l'humanité sainte, qu'il crut ne pouvoir jamais exprimer l'idée qu'il s'en étoit formée.
Lorsque Léonard travailloit à ce tableau, le prieur du couvent des Dominicains lui faisoit souvent des plaintes de ce qu'il ne le finissoit point, et il osa même en parler au duc, qui fit venir Léonard, et lui demanda où en étoit son ouvrage. Léonard dit au prince qu'il ne lui restoit plus que deux têtes à faire, celle du Sauveur et celle de Judas; qu'il ne comptoit point finir celle du Christ, parce qu'il ne croyoit point pouvoir exprimer avec le pinceau les perfections de son humanité; mais que celle de Judas, il la finiroit bientôt, parce que pour exprimer le caractère de l'avarice, il n'avoit qu'à représenter le prieur des Dominicains, qui récompensoit si mal la peine qu'il prenoit à finir ce tableau.
Cet ouvrage a toujours été regardé comme le plus beau qui soit sorti des mains de Léonard. Le moment qu'il a choisi de l'histoire qu'il a peinte, est celui où Jésus-Christ déclare à ses Apôtres qu'un d'eux le trahira: les sentimens qui durent naître dans l'ame des Apôtres, sont bien représentés, et les expressions de douleur, de crainte, d'inquiétude, sont admirables: on remarque dans Judas tous les traits qui peuvent faire connoître un scélérat et un homme dévoué au crime: aussi l'expression étoit de toutes les parties de la Peinture celle dans laquelle excelloit Léonard.
François Ier trouva ce tableau si beau lorsqu'il le vit à Milan, qu'il voulut l'avoir, et le faire porter en France; mais cela ne put se faire, parce que cette histoire est peinte sur un mur, et occupe un espace de plus de trente pieds en hauteur et en largeur. On croit que la copie de ce tableau, qui se voit à Paris à S. Germain-l'Auxerrois, a été faite par ordre de François Ier. Lomazzo, disciple de Léonard, en a fait aussi une copie en grand: elle est à Milan, à S. Barnabé. Ces deux copies donneront dans la suite aux Peintres et aux curieux une idée des beautés de l'original: car il est aujourd'hui entièrement gâté, Léonard l'ayant peint à l'huile sur un mur qui n'étoit pas bien sec, et dont l'humidité a effacé les couleurs. On voit, dans le même réfectoire des Dominicains, un tableau où Léonard a peint le duc Louis le More, et la duchesse Béatrix sa femme: ces deux figures sont à genoux; d'un côté on voit leurs enfans, et de l'autre un Christ à la croix. Il peignit encore environ dans le même temps une Nativité de Notre-Seigneur pour le duc Louis: elle est aujourd'hui dans le cabinet de l'Empereur.
Il ne faut pas s'étonner que les tableaux de Léonard fussent si estimés et si recherchés, il leur donnoit beaucoup de force par une étude particulière qu'il avoit faite de l'anatomie; et pour connoître à fond cette partie de la Peinture, si nécessaire à ceux qui veulent dessiner correctement, il avoit eu souvent des conférences avec Marc-Antoine de la Tour, professeur d'anatomie à Pavie, et qui écrivoit sur l'anatomie. Il fit même un livre entier de Dessins, rempli de figures dessinées d'après le naturel, que François Melzi, son disciple, a eu; et un autre pour Gentil Borromée, maître d'armes: ce livre ne contenoit que des combats d'hommes à pied et à cheval, et Léonard avoit eu soin d'y donner des exemples de toutes les règles de l'art, et de les réduire pour ainsi dire en pratique dans les combats qu'il avoit représentés. Il composa aussi divers Traités pour les Peintres de l'académie de Milan, dont il étoit directeur; et ce fut par ses soins et par ses études qu'elle devint bientôt florissante. Après la mort de Léonard, ses ouvrages furent abandonnés, et demeurèrent long-temps chez messieurs Melzi, dans leur maison de Vaverola, et ensuite ils furent dispersés de tous côtés, comme je le dirai dans la suite.
Léonard de Vinci se retiroit souvent à Vaverola chez messieurs Melzi, pour étudier plus tranquillement, sans être interrompu par les visites de ses amis et par les soins de l'académie; et ce fut durant le séjour de plusieurs années qu'il y fit, qu'il composa la plupart de ses ouvrages. Mais les guerres d'Italie troublèrent son repos, et ruinèrent l'académie de Milan. Tous les Peintres que Léonard avoit formés ont si bien imité sa manière, qu'on prend souvent leurs ouvrages pour ceux de Léonard même; ils se dissipèrent après la défaite du duc Louis le More, l'an 1500, qui fut amené prisonnier en France, où il mourut au château de Loches.