David profita tout à la fois de cet avantage et de leur complaisance pour tracer, d'après une douzaine d'entre eux, le groupe du tableau des Thermopyles, qui se compose des divers personnages peignant leurs cheveux, agrafant leur chaussure, ou présentant des couronnes de fleurs près de celui qui écrit sur le rocher. Ce croquis remarquable, tracé à l'atelier même des élèves, devint le point de départ de l'ensemble de la composition. Car longtemps David resta indécis au sujet de l'attitude de Léonidas, qu'il n'arrêta définitivement qu'en s'inspirant d'une figure à peu près posée de la même manière, gravée sur une pierre antique.
Lorsqu'il commença l'exécution de cet ouvrage, il prit pour l'aider dans ce travail Langlois, l'un de ses élèves, qui alors était devenu dessinateur et praticien fort habile. En cette occasion, David redoubla d'efforts pour purifier encore son dessin et son style, et il était parvenu à ébaucher presque entièrement son tableau, lorsque des événements politiques de la plus haute importance en suspendirent l'exécution.
Bonaparte avait quitté l'Égypte, et après le 18 brumaire (1798) an VIII, s'était emparé des rênes du gouvernement. Il était premier consul de la république française.
David ne tarda pas à faire acte de soumission entre les mains du nouveau chef de l'État. Cependant, pour ne laisser ignorer aucune des oscillations qui agitaient continuellement l'esprit de cet artiste, il faut dire que dans la solitude de son atelier, et l'imagination échauffée par le dévouement des trois cents Spartiates dont il retraçait l'histoire, ses vieilles idées républicaines reprenaient souvent le dessus. «Je veux au moins, disait-il quand il était content de son ouvrage, montrer mon patriotisme sur la toile.» C'était à peu près la disposition d'esprit où il se trouvait, lorsque la révolution du 18 brumaire s'accomplit.
Ce fut précisément Étienne qui vint lui raconter comment les choses s'étaient passées à Saint-Cloud, la fuite des deux conseils et la réussite du nouveau César. «Allons, dit David, j'avais toujours bien pensé que nous n'étions pas assez vertueux pour être républicains… Causa… diis placuit… Comment donc est la fin, Étienne?—Victrix causa diis placuit sed victa Catoni.—C'est ça même, mon bon ami. Sed victa Catoni, répéta-t-il plusieurs fois, en lâchant à chaque reprise une bouffée de fumée de sa pipe, qu'il tenait en ce moment.»
Soit par admiration sincère pour le mérite de David, soit par un instinct prophétique qui lui faisait deviner l'emploi qu'il pourrait faire des talents de cet artiste, Bonaparte lui témoigna toujours de la bienveillance. On n'a pas oublié l'asile qu'il lui offrit à son armée, lors des troubles qui précédèrent la journée du 18 fructidor; le peintre des Horaces fut également un des personnages célèbres qu'il attira près de lui dès les premiers jours du consulat. C'était ordinairement à l'heure de son déjeuner que le premier consul entretenait David. Lorsqu'on organisa les autorités nationales d'après la nouvelle constitution, Bonaparte dit un jour à l'artiste: «qu'il avait mieux aimé le laisser à ses pinceaux que de lui donner une place.—Je n'en ai point de regret, répondit David, le temps et les événements m'ont appris que ma place est dans mon atelier. J'ai toujours un grand amour pour mon art, je m'en occupe avec passion, je veux m'y livrer exclusivement. D'ailleurs, les places passent, et j'espère que mes ouvrages resteront.»
Le pouvoir du premier consul était trop loin d'être tel que Bonaparte le convoitait, pour que cet homme donnât encore beaucoup de temps à des projets dont il ne devait s'occuper qu'un peu plus tard. Sa popularité et sa puissance ayant été bientôt affermies par la victoire de Marengo, à son retour à Paris, il pensa, sérieusement cette fois, à faire faire son portrait par David. Il fit venir le peintre et l'entretint en présence du ministre de l'intérieur, Lucien Bonaparte, son frère.
«Que faites-vous en ce moment? lui demanda le premier consul.
—Je travaille au tableau du Passage des Thermopyles.
—Tant pis; vous avez tort, David, de vous fatiguer à peindre des vaincus.